目前有很多的数据库都存储了蛋白序列,比如NCBI Refseq, protein, swissprot 等,在各个数据库之间,或者是在某个数据库中,蛋白序列有大量冗余:为了方便使用,ncbi 构建了nr 库, 全称是 RefSeq non-redundant proteins: Non-redundant protein sequences from GenPept,  Swissprot, PIR, PDF, PDB, and NCBI RefSeq 完整的nr 数据库的蛋白序列和预先构建好的

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至

生物信息学方法的目的有二:1.常规找鉴定已知蛋白2.鉴定新蛋白 控制数据库大小可以通过增多酶切使得大数据库灵敏性增高数据量变小: 分步搜索是对于经典方法使用后找不到的新蛋白进行补充挖掘,预测蛋白与高可靠蛋白混合,高可靠蛋白变少,新蛋白检出率低: NCBI使用的便是此方法. nr是蛋白种类最多的数据库,但新蛋白新可变剪接是参考数据库中没有的: 整合数据库是据相似度纳入数据库,比如先纳入最可信的数据库,然后纳入的数据库要在纳入之后打分,如果分值降低则不纳入: 六相位翻译软件: 六相位翻译使得数据库大

2.系统结构 本章主要介绍系统的总体结构,关键部件之间的交互,以及运行在什么环境. 2.系统结构 2.1 需求和设计目标 2.2 操作系统模型 2.3 总体结构 2.3.1 可移植性 2.3.2 对称多处理 2.3.3 可伸缩性() 2.3.4 客户和服务器版本的区别 2.3.5 版本检查 2.4 关键的系统组件 2.4.1 环境子系统和子系统dll 2.4.1.1 Windows子系统 2.4.1.2 POSIX子系统 2.4.1.3 OS/2子系统 2.4.2 NTDLL.DLL 2.4.3

在class文件中,“常量池”是最复杂也最值得关注的内容. Java是一种动态连接的语言,常量池的作用非常重要,常量池中除了包含代码中所定义的各种基本类型(如int.long等等)和对象型(如String及数组)的常量值还,还包含一些以文本形式出现的符号引用,比如: 类和接口的全限定名:  字段的名称和描述符:  方法和名称和描述符. 在C语言中,如果一个程序要调用其它库中的函数,在连接时,该函数在库中的位置(即相对于库文件开头的偏移量)会被写在程序中,在运行时,直接去这个地址调用函数: 而在J

在class文件中,“常量池”是最复杂也最值得关注的内容. Java是一种动态连接的语言,常量池的作用非常重要,常量池中除了包含代码中所定义的各种基本类型(如int.long等等)和对象型(如String及数组)的常量值还,还包含一些以文本形式出现的符号引用,比如: 类和接口的全限定名: 字段的名称和描述符: 方法和名称和描述符. 在C语言中,如果一个程序要调用其它库中的函数,在连接时,该函数在库中的位置(即相对于库文件开头的偏移量)会被写在程序中,在运行时,直接去这个地址调用函数: 而在Jav

简单的写了一个爬取www.seebug.org上poc的小玩意儿~ 首先我们进行一定的抓包分析 我们遇到的第一个问题就是seebug需要登录才能进行下载,这个很好处理,只需要抓取返回值200的页面,将我们的headers信息复制下来就行了 (这里我就不放上我的headers信息了,不过headers里需要修改和注意的内容会在下文讲清楚) headers = { 'Host':******, 'Connection':'close', 'Accept':******, 'User-Agent':*

了解到lua的一个protobuf库,接口帅气,比之前用过的一些lua protobuf库要好很多,深得我心.而且能保持更新,比其他库几年没更新要放心. lua-pb动态解析protobuf协议,无需生成一大坨难看的预定义lua代码,要的就是这个帅气清爽. lua-pb需要用到lpeg和struct2个c库,因此你自己项目基本需要重新编译一遍. 我用的是slua,不熟,找slua的c代码都费了很久,结果竟然在slua工程下的build目录下找到,话说在群里随口问问竟然无一人热心解答,人心不古.

为什么我觉得Python烂的要死? https://www.toutiao.com/a6636558446030225923/ 作为机器学习程序员的首选编程语言,Python成为世界范围内最受大学生欢迎的编程语言.但凡事有例外,近日,一位开发者讲述了他无法忍受Python的8大原因,引发网友大量回应. 作为机器学习程序员的首选编程语言,Python近年来可谓如日中天,人气连年暴涨.由于AI热潮持续不断,Python在今年更是取代Java,成为世界范围内最受大学生欢迎的编程语言.很多机器学习领域的

1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入  metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通过 NCBI SRA数据库中的metadata信息 作用. 首先dbConnect ()接入 R system 中的local database systems, 所有的搜索就在本地文件的基础上进行.the queries we

在class文件中,“常量池”是最复杂也最值得关注的内容. Java是一种动态连接的语言,常量池的作用非常重要,常量池中除了包含代码中所定义的各种基本类型(如int.long等等)和对象型(如String及数组)的常量值还,还包含一些以文本形式出现的符号引用,比如: 类和接口的全限定名: 字段的名称和描述符: 方法和名称和描述符. 在C语言中,如果一个程序要调用其它库中的函数,在连接时,该函数在库中的位置(即相对于库文件开头的偏移量)会被写在程序中,在运行时,直接去这个地址调用函数: 而在Jav

Golang学习系列:(一)介绍和安装 Java程序员带你来到Go的世界,让我们开始探索吧! Go是一种新的语言,一种并发的,带有垃圾回收的.快速编译的语言,它具有一下特点: 他可以在一台计算机上用几秒钟的时间编译一个大型的Go程序 Go为软件构造提供了一种模型,它使依赖分析更加容易,且避免了大部分C风格include文件与库的开头. Go是静态类型的语言,它的类型系统没有层级.因此用户不需要在定义类型之间的关系上花费时间,这样感觉起来比典型的面向对象语言更轻量级. Go完全是垃圾回收型的语言,

OpenCV学习笔记(二):对opencv.hpp头文件的认识 - 安东的技术博客 - CSDN博客 https://blog.csdn.net/xidiancoder/article/details/50865351 1.opencv.hpp位置 该头文件位于*\opencv\sources\include\opencv2 比如下面就是该文件在我的机器上位置: D:\opencv2.4.10\opencv\sources\include\opencv2\opencv.hpp 2.opencv.

java 自动装箱与拆箱 这个是jdk1.5以后才引入的新的内容,作为秉承发表是最好的记忆,毅然决定还是用一篇博客来代替我的记忆: java语言规范中说道:在许多情况下包装与解包装是由编译器自行完成的(在这种情况下包装成为装箱,解包装称为拆箱): 其实按照我自己的理解自动装箱就可以简单的理解为将基本数据类型封装为对象类型,来符合java的面向对象:例如用int来举例: //声明一个Integer对象 Integer num = 10; //以上的声明就是用到了自动的装箱:解析为 Integer

20145239杜文超<网络对抗>- Web基础 基础问题回答 1.什么是表单? 表单是一个包含表单元素的区域. 表单元素是允许用户在表单中(比如:文本域.下拉列表.单选框.复选框等等)输入信息的元素. 表单使用表单标签(<form>)定义. 2.浏览器可以解析运行什么语言? 支持HTML(超文本标记语言).XML(可扩展标记语言)以及Python.PHP.JavaScript.ASP等众多脚本语言. 3.WebServer支持哪些动态语言? 常用的有ASP语言,PHP语言和JSP

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简介 Go语言是一种新的语言,一种并发的.带垃圾回收的.快速编译的语言.它具有以下特点: 1.它可以在一台计算机上用几秒钟的时间编译一个大型的Go程序. 2.Go语言为软件构造提供了一种模型,它使依赖分析更加容易,且避免了大部分C风格include文件与库的开头. 3.Go语言是静态类型的语言,它的类型系统没有层级.因此用户不需要在定义类型之间的关系上花费时间,这样感觉起来比典型的面向对象语言更轻量级. 4.Go语言完全是垃圾回收型的语言,并为并发执行与通信提供了基本的支持. 按照其设计,Go打

csredis GitHub https://github.com/2881099/csredis 看了github上的开源项目,上面真的只是单纯的使用文档,可能对于我这种人(菜鸟)就不太友好, 我知道他对标的是ServiceStack.Redis, 一开始csredis只支持. net 版本,但原作者没有继续维护,作者使用 . net core重写后,逐渐演化的一个. net core 版本的redis 驱动, 使用这个类库可以方便的地在 c#中访问redis数据库,官方介绍 低门槛.高性能,

安装go及配置go 安装go 写这篇博客时,我的电脑的windows已经安装过了go,用的是标准包安装,不过我的linux操作系统还没安装,可以考虑用第三方工具安装,因为看了goweb这本书,我才知道安装go有三种方式.这本书对三种操作系统的安装方式都有介绍 Go源码安装:这是一种标准的软件安装方式.对于经常使用Unix类系统的用户,尤其对于开发者来说,从源码安装可以自己定制. Go标准包安装:Go提供了方便的安装包,支持Windows.Linux.Mac等系统.这种方式适合快速安装,可根据自己