OMIM数据库:大神私藏的数据库,99.9%的人都不知道! 2019-03-04 11:00乳腺癌/医生/肺癌 “ GEO.NCDB.TCGA.SEER数据库这些我都知道,但OMIM是什么鬼? OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)数据库,中文称在线人类孟德尔遗传数据库.OMIM包括了现在所有已知的遗传病和超过15000个基因的信息.OMIM侧重于疾病表型与其致病基因之间的关联. ” 也就是说当你知道某个病的时候,但不知道它受什么基因影响 ——选OMI

之前写过一篇极为罗嗦的二分查找,非常得意地以为以后就可以避免踩坑了,但是今天才知道二分查找可以写的既简洁又鲁棒,唉!还是要多学习啊! 给一个按照从大到小的顺序排序好的数组a[]={1,2,3,4,7,7,7,8,9,10}; 用二分查找分别求等于4,大于7的第一个数,大于等于7的第一个数,小于7的最大的数,小于等于7的最大的数. 如果写的不小心的话非常容易陷入死循环,有的时候写二分可能也会面临是l = mid还是l=mid+1这样的纠结,所以本文要证明,这几种查询的方式是可以 统一在一起的,只需

find()函数可以帮助你在两个字符串之间,查找很多他们的关系... #include<iostream> #include<string> using namespace std; int main() { string s,s2; int n; cin>>n; while(n--) { cin>>s>>s2; string flag; int position = s.find(s2); if (position != s.npos) cou

程序及分析 /* * FileName : lookup_table.cpp * Author : xiahouzuoxin @163.com * Version : v1.0 * Date : Sun 01 Jun 2014 04:35:37 PM CST * Brief : * * Copyright (C) MICL,USTB */ #include <cv.h> #include <highgui.h> using namespace std; using namespac

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

目录 Making queries 进行查询 创建一个对象(一条数据记录) 保存修改的表对象 保存外键字段或多对多字段(ForeignKey or ManyToManyField fields) Retrieving objects 查出对象(QuerySet) Retrieving all objects 查出所有对象 Retrieving specific objects with filters 通过 filter 查出指定的对象 Retrieving a single object wi

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一

做了好久的RNA-seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面. 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底. 老是说基因表达,那么什么是基因表达?我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型表型类似. 常规的转录组分析本质上都是表型分析,clustering.pseudotime.DEG.marker,在这些分析中,每个基因都是独立的维度,属于静态的分析,此时我们关注的是某个基因的功能分析,比如

本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型. 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因和基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因之间的作用.GRN是生物体内控制基因表达的机制,基因表达的主要过程是转录+翻译 GRN构建方法:多数方法使用静态数据来分析基因网络,如基因表达矩阵,该矩阵是一个时刻的基因表达情况.实际上,我们需要考虑动态网络,

所谓一对多查找,就是根据一个条件,把多个符合条件的结果全部找出来. 其实吧,一对多查找不是什么,尤其是O365的Filter函数横空出世震撼全场之后,简直就是瞬间把所有传统的数组解法甩出去七八十来条街-- 但是! 这世上有一种人,叫"没了Vlookup就吃不好睡不香",但凡和查找搭上半点关系的问题,都必须肯定一定确定要用早已油腻的Vlookup大叔来解决. Vlookup大叔表示,心累! 比如表格结构如下图的一个一对多查找问题: 好在V大叔有个特别之处,就是他的参数常常会弄出些意外,比

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

原贴地址:https://www.douban.com/group/topic/44383918/ ------------------------------------------------------------------------------------------ 作者: 蜀人 牙病与我们的身体健康息息相关.中国的一句老话说:“挑马勘牙,选郎见齿”.意思是一个有经验的马夫挑选一匹好马,首先是看马的牙齿好坏.如果要判定一个人是否健康,也应该第一眼观察他的牙齿状况.一个人牙的问题,反

背景:项目中用了富文本编辑器,讲写完的内容存入了数据库,但是取出的时候因为有些展示地方并不需要样式,只想获取到内容,所以需要将带了html编码的信息解析出来. 原始信息如下 [task_desc] => <h1 class="mb-5" accuse="qtitle" style="margin: 0px 0px 5px; padding: 0px; word-break: break-all; "><span class

MetaboAnalyst是做代谢的R包,功能十分强大.也开发了web版本,代谢组学的分析这里不介绍,主要讲讲它开发的多组学分析的相关内容. 既然是做代谢的工具,即使是增加了多组学内容,肯定也是以代谢为核心.以代谢组为中心的多组学分析想想无非就是以下几点:多元变量统计分析.网络分析.pathway分析以及mGWAS或宏组学等,这个工具就有网络分析和pathway分析.下面我们一起来试试. 网络分析 我们先看看网络分析.我这里使用软件提供的demo数据,点击进去后,会有两种ID类型供选择.第一种是

4.(2021.6.24)Briefings-生物信息学中的图表示学习:趋势.方法和应用 论文标题: Graph representation learning in bioinformatics: trends, methods and applications 论文期刊: Briefings in Bioinformatics 2021 论文地址: https://www.researchgate.net/profile/Haicheng-Yi/publication/354327323_G

论文标题: Mining On Alzheimer's Diseases Related Knowledge Graph to Identity Potential AD-related Semantic Triples for Drug Repurposing 论文地址: https://arxiv.org/pdf/2202.08712 论文期刊: BMC Bioinformatics 2022 9.(2022.2.17)BMC Bioinformatics-挖掘阿尔茨海默病相关KG来确定潜在

2.(2021.3.15)Bioinformatics-MUFFIN:用于DDI预测的多尺度特征融合 论文标题: MUFFIN: multi-scale feature fusion for drug–drug interaction prediction 论文地址: https://www.researchgate.net/profile/Jianmin-Wang-3/publication/350100336_MUFFIN_Multi-Scale_Feature_Fusion_for_Dru

5.(2021.7.12)Bioinformatics-KG4SL:用于人类癌症综合致死率预测的知识图神经网络 论文标题:KG4SL: knowledge graph neural network for synthetic lethality prediction in human cancers 论文地址:https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/Supplement_1/i418/6319703 论文期刊:Bioinformati

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Neo4j 使用cypher语言进行操作 Cypher语言是在学习Neo4j时用到数据库操作语言(DML),涵盖对图数据的增删改查  neo4j数据库简单除暴理解的概念: Neo4j中不存在表的概念,只有两类:节点(Node)和关联(Relation),可以简单理解为图里面的点和边.在数据查询中,节点一般用小括号(),关联用中括号[].当然也隐含路径的概念,是用节点和关联表示的,如:(a)-[r]->(b),表示一条从节点a经关联r到节点b的路径.  备份Neo4j的数据: )停掉数据库. )备