参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

/* 假设有两种微生物 X 和 Y X出生后每隔3分钟分裂一次(数目加倍),Y出生后每隔2分钟分裂一次(数目加倍). 一个新出生的X,半分钟之后吃掉1个Y,并且,从此开始,每隔1分钟吃1个Y. 现在已知有新出生的 X=10, Y=89,求60分钟后Y的数目. 如果X=10,Y=90 呢? 本题的要求就是写出这两种初始条件下,60分钟后Y的数目. 题目的结果令你震惊吗?这不是简单的数字游戏!真实的生物圈有着同样脆弱的性质!也许因为你消灭的那只 Y 就是最终导致 Y 种群灭绝的最后一根稻草! 请忍住

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系

微生物增殖 假设有两种微生物 X 和 Y X出生后每隔3分钟分裂一次(数目加倍),Y出生后每隔2分钟分裂一次(数目加倍). 一个新出生的X,半分钟之后吃掉1个Y,并且,从此开始,每隔1分钟吃1个Y. 现在已知有新出生的 X=10, Y=89,求60分钟后Y的数目. 如果X=10,Y=90 呢? 本题的要求就是写出这两种初始条件下,60分钟后Y的数目. 题目的结果令你震惊吗?这不是简单的数字游戏!真实的生物圈有着同样脆弱的性质!也许因为你消灭的那只 Y 就是最终导致 Y 种群灭绝的最后一根稻草!

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分

System.Threading.Tasks.Parallel类提供了Parallel.Invoke,Parallel.For,Parallel.ForEach这三个静态方法. 1 Parallel.Invoke 尽可能并行执行所提供的每个操作,除非用户取消了操作. 方法: 1)public static void Invoke(params Action[] actions); 2)public static void Invoke(ParallelOptions parallelOption

在asp或asp.net中为了方便网站的结构清晰,通常把具有类似功能的页面放到一个文件夹中,用户管理功能都放在Admin文件夹下,用户功能都放在Member文件夹下,在MVC中,通常使用区域(Areas)来组织,在.Net Core MVC 之前的MVC版本,区域都包含在Areas文件夹下,.Net Core MVC 与以前的版本还是有所不同,固定位置的限制,控制器和视图等都可以放置在任何地方,只要在控制器上注明区域名称就可以了. 创建区域的方式如下: 1.在项目的Startup.cs文件中注册

目前.Net Core上没有System.Drawing这个类库,想要在.Net Core上处理图片得另辟蹊径. 微软给出了将来取代System.Drawing的方案,偏向于使用一个单独的服务端进行各种图片处理 https://github.com/dotnet/corefx/issues/2020 https://github.com/imazen/Graphics-vNext 但目前仍然没有一个可用的实现. 下面我介绍一些目前确实可用于代替System.Drawing的类库,包括我发布的ZK

参考:https://msdn.microsoft.com/en-us/library/97af8hh4.aspx 测试代码: using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Text; namespace GuidToString { class Program { static void Main(string[] args) { Console.WriteLine(" -->

问题 Mail服务器在安装TFS服务(含SQLServer2016)后启动不了网页服务. 排查问题 使用命令查看端口占用情况 netstat -nao | find ":80" netstat -b   使用GUI 工具查看     问题解决 将IIS的绑定修改不再绑定80端口 将SQLServer ReportService从80端口改到8081,8082等   参考 Stop http.sys from listening on port 80 in Windows Port 80

最近在使用maven,项目测试的时候出现了这么一个错.-Dmaven.multiModuleProjectDirectory system property is not set. Check $M2_HO  网上找到了一个解决办法. 1.添加M2_HOME的环境变量 2.Preference->Java->Installed JREs->Edit 选择一个jdk 添加    -Dmaven.multiModuleProjectDirectory=$M2_HOME

.Net中我们通常使用Random类生成随机数,在一些场景下,我却发现Random生成的随机数并不可靠,在下面的例子中我们通过循环随机生成10个随机数: ; i < ; i++) { Random random1 = new Random(); Console.WriteLine(random1.Next()); } 测试生成随时基本都是相同的结果: 很显然上面的结果是不靠谱的,为什么会这样呢,因为微软的Random类,发现在C#中生成随机数使用的算法是线性同余法,这种算法生成的不是绝对随机,而

正则表达式的本质是使用一系列特殊字符模式,来表示某一类字符串.正则表达式无疑是处理文本最有力的工具,而.NET的System.dll类库提供的System.Text.RegularExpressions.Regex类实现了验证正则表达式的方法.Regex 类表示不可变(只读)的正则表达式.它还包含各种静态方法,允许在不显式创建其他类的实例的情况下使用其他正则表达式类. 正则表达式的字符代表的说明: Normal 0 7.8 磅 0 2 false false false EN-US ZH-CN

先看看System.arraycopy()的声明: public static native void arraycopy(Object src,int srcPos, Object dest, int destPos,int length); src - 源数组. srcPos - 源数组中的起始位置. dest - 目标数组. destPos - 目标数据中的起始位置. length - 要复制的数组元素的数量. 该方法用了native关键字,说明调用的是其他语言写的底层函数. 再看Arra

解决方法:添加System.Data.Linq.dll引用 http://www.cnblogs.com/m84641693/archive/2010/07/26/1785100.html http://www.myexception.cn/c-sharp/1406525.html

System类代表系统,系统级的很多属性和控制方法都放置在该类的内部.该类位于java.lang包. 平时产生随机数时我们经常拿时间做种子,比如用System.currentTimeMillis的结果,但是在执行一些循环中使用了System.currentTimeMillis,那么每次的结果将会差别很小,甚至一样,因为现代的计算机运行速度很快.后来看到java中产生随机数函数以及线程池中的一些函数使用的都是System.nanoTime,下面说一下这2个方法的具体区别.  System.nano

public static void exit(int status) 终止当前正在运行的 Java 虚拟机.参数用作状态码:根据惯例,非 0 的状态码表示异常终止. 该方法调用 Runtime 类中的 exit 方法.该方法永远不会正常返回. 调用 System.exit(n) 实际上等效于调用: Runtime.getRuntime().exit(n) 参数: status - 退出状态.  通过启动虚拟机的关闭序列,终止当前正在运行的 Java 虚拟机.此方法从不正常返回.可以将变量作为一

在xamarin中对json字符串进行解析,使用System.Json时出现怪问题: json-string = { "ret" : "OK" } 使用如下代码解析: /// <summary>解析 : { "ret":"xxxxx" } /// </summary> /// <param name="jsonStr"></param> /// <ret