OTU聚类中保留序列总数大于是什么意思

2024-08-21

OTU（operational taxonomic units），即操作分类单元

转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953 1.OTU是什么? OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元.通过一定的距离度量方法计算两两不同序列之间的距离度量或相似性,继而设置特定的分类阈值,获得同一阈值下的距离矩阵,进行聚类操作,形成不同的分类单元.专业解释太书面不好理解?没事儿,给你举个“栗子”就明白了! 2.OTU在16S测序中有何用? 高通量测序得到的16S序列有成千上万条,如果对每条序列都进行物种注释的话,工作量

使用mothur进行OTU聚类

微生物16S的OTU聚类工具有很多,最常用的就是 usearch.cdhit-OTU.mothur. 这些工具大多都是针对二代测序平台的,usearch的64bit版本是收费的. 如果要跑PacBio的OTU聚类,目前就只能用 mothur 了. mothur有着非常详细的说明文档! General operations Sequence processing OTU-based approaches Hypothesis testing approaches Frequently asked

寻找数组中的第K大的元素，多种解法以及分析

遇到了一个很简单而有意思的问题,可以看出不同的算法策略对这个问题求解的优化过程.问题:寻找数组中的第K大的元素. 最简单的想法是直接进行排序,算法复杂度是O(N*logN).这么做很明显比较低效率,因为不要求别的信息只要计算出第K大的元素.当然,如果在某种情况下需要频繁访问第K大的元素就可以先进行一次排序在直接得出结果. 第一种方式是这样,用选择排序,冒泡法,或者交换排序这类的排序,对前K个元素进行排序.这三种算法也许不是最快的排序算法.但是都有个性质:计算出最大(小)的元素的算法复杂度是O(N

c/c++关于内存分配的知识（非常详细的比较，且VirtualAlloc分配内直接在进程的地址空间中保留一快内存）

一个由c/C++编译的程序占用的内存分为以下几个部分 1.栈区(stack)— 由编译器自动分配释放 ,存放函数的参数值,局部变量的值等.其操作方式类似于数据结构中的栈. 2.堆区(heap) — 一般由程序员分配释放, 若程序员不释放,程序结束时可能由OS回收 .注意它与数据结构中的堆是两回事,分配方式倒是类似于链表,呵呵. 3.全局区(静态区)(static)—,全局变量和静态变量的存储是放在一块的,初始化的全局变量和静态变量在一块区域, 未初始化的全局变量和未初始化的静态变量在相邻的另一块

寻找两个已序数组中的第k大元素

寻找两个已序数组中的第k大元素 1.问题描述给定两个数组与,其大小分别为.,假定它们都是已按照增序排序的数组,我们用尽可能快的方法去求两个数组合并后第大的元素,其中,.例如,对于数组,.我们记第大的数为,则时,.这是因为排序之后的数组,第4大的数是4.我们针对这一个问题进行探讨. 2.算法一第一眼看到这个题的时候,我们能够很快地想出来最基本的一种解法:对数组和进行合并,然后求出其第大的数,即找到答案.合并的过程,我们可以参考归并排序的合并子数组的过程,时间复杂度为.下面给出算法: int

二叉树遍历，先序序列+中序序列=后序序列，Poj(2255)

这里我参考了JHF大神的写法啦,直接把输出写在了建树的过程中了. 思路: 先根据先序序列找到根节点,在找该节点在中序序列中的位置,这样,左右子树有分开了.这里的细节值得注意一下,不然很容易建树出错.(要减去inl,inl之前的已经成为别的子树的一部分了) 左树:make(prel+1,prel+1+pos-inl,inl,pos); 右树:make(prel+1+pos-inl,prer,pos+1,inr); #include <stdio.h> #include <string.h&

kmeans聚类中的坑基于R shiny 可交互的展示

龙君蛋君 2015年5月24日 1.背景介绍最近公司在用R 建模,老板要求用shiny 展示结果,建模的过程中用到诸如kmean聚类,时间序列分析等方法.由于之前看过一篇讨论kmenas聚类针对某一特定数据类型,聚类结果非常不靠谱的文章,于是这个周末突发奇想,用shiny可交互的展示kmeans聚类中的坑...这篇博文就当是记录学习shiny和加深对kmeans.层次聚类的理解吧. 2.知识引用与学习 1)大数据分析之——k-means聚类中的坑 2)Shiny Gallery-This ga

Delphi 中内存映射对于大文件的使用

这篇文章主要介绍了Delphi 中内存映射对于大文件的使用的相关资料,希望通过本文能帮助到大家,需要的朋友可以参考下 Delphi 中内存映射对于大文件的使用平时很少使用大文件的内存映射,碰巧遇到了这样的要求,所以把过程记录下来,当给各位一个引子吧,因为应用不算复杂,可能有考虑不到的地方,欢迎交流. 对于一些小文件,用普通的文件流就可以很好的解决,可是对于超大文件,比如2G或者更多,文件流就不行了,所以要使用API的内存映射的相关方法,即使是内存映射,也不能一次映射全部文件的大小,所以必须采取

深度学习中的序列模型演变及学习笔记（含RNN/LSTM/GRU/Seq2Seq/Attention机制）

[说在前面]本人博客新手一枚,象牙塔的老白,职业场的小白.以下内容仅为个人见解,欢迎批评指正,不喜勿喷![认真看图][认真看图] [补充说明]深度学习中的序列模型已经广泛应用于自然语言处理(例如机器翻译等).语音识别.序列生成.序列分析等众多领域! [再说一句]本文主要介绍深度学习中序列模型的演变路径,和往常一样,不会详细介绍各算法的具体实现,望理解! 一.循环神经网络RNN 1. RNN标准结构传统神经网络的前一个输入和后一个输入是完全没有关系的,不能处理序列信息(即前一个输入和后一个输入是

js获取页面中图片的总数

查看效果:http://keleyi.com/keleyi/phtml/image/9.htm 下面是完整代码: <html><body><div id="keleyiimagescount" style="background:url(http://keleyi.com/keleyi/phtml/picnext/images/k05.jpg);width:550px;height:380px;"></div><

(26)odoo中的序列运用

* 模块中增加序列 __openerp__.py : ... 'data': [ 'product_data.xml', ], ... ------ product_data.xml: <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> <openerp> <data noupdate="1">

Js 和 PHP 中保留小数点后X位数的方法 toFixed、round、number_format、sprintf

在 Javacript 中保留小数点后两位数的方法为 toFixed(2),其中的2为保留两位,写多少就保留多少了,满5进1. Javacript例子: var num = 24.54789523; alert( num.toFixed() ); //alert number 24.55 然后在PHP中方法就多了,难怪别人都说PHP是个函数库..选它没错.. $num = 24.54789523; echo number_format($num,); //24.55 echo number_fo

linux内核中分配4M以上大内存的方法

在内核中, kmalloc能够分配的最大连续内存为2的(MAX_ORDER-1)次方个page(参见alloc_pages函数, "if (unlikely(order >= MAX_ORDER)) return NULL;"), page的大小一般是4K bytes, MAX_ORDER缺省定义为11, 所以如果不修改内核, kmalloc能够分配的最大连续内存一般是4M bytes. 内核中获取4M以上大内存的方法有三种: 1.修改MAX_ORDER,

【算法与数据结构】在n个数中取第k大的数（基础篇）

(转载请注明出处:http://blog.csdn.net/buptgshengod) 题目介绍在n个数中取第k大的数(基础篇),之所以叫基础篇是因为还有很多更高级的算法,这些以后再讨论.本文用两种最基本的方法来解决这个问题.使用java语言描述.例子是十个数中取第三大的. 算法一用冒泡法将n个数从大到小排序,再取第k大. public class test { public static void main(String []args) {

STL之nth_element()（取容器中的第n大值）

nth_element()函数头文件:#include<algorithm> 作用:nth_element作用为求第n大的元素,并把它放在第n位置上,下标是从0開始计数的,也就是说求第0小的元素就是最小的数. 如:a[start,end]元素区间.排序后a[n]就是数列中第n+1大的数(下标从0開始计数).要注意的是a[start,n), a[n,end]内的大小顺序还不一定. 仅仅能确定a[n]是数列中第n+1大的数. 当然a[start,n)中的数肯定不大于 a[n,en

据序和中序序列或者也许为了一个二进制序列，恢复二进制和打印图像（c语言）

首先要预购和序,以恢复它: 1.首先,我们使用的是递归的方式来完成 2.递归的最小单位:一个空的树和书的前言和第一序.该序列的第一个元素是树的第一序列根,调用这种方法 3.递归的终止条件是.当这棵树的中序序列为空的时候就停止. 同理依据后序和中序序列也是一样的道理: 我们能够发现兴许序列就是先序序列的倒置 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> #define MAXNODE 100 #inc

48. leetcode 105题由树的前序序列和中序序列构建树结构

leetcode 105题,由树的前序序列和中序序列构建树结构.详细解答参考<剑指offer>page56. 先序遍历结果的第一个节点为根节点,在中序遍历结果中找到根节点的位置.然后就可以将问题拆分,递归求解. /** * Definition for a binary tree node. * struct TreeNode { * int val; * TreeNode *left; * TreeNode *right; * TreeNode(int x) : val(x), left(N

算法-找出与目标数字相同的digit组成的整数中比该数字大的数集中的最小数字

题目: 给出1个正整数,找到用与这个数字相同的digit组成的整数中比这个数字大的数集中的最小数字.比如:12352874 的结果是 12354278 分析: 这道题目的考虑目标是数组的查找与排序. 当然, 前提是你得明白这道题目的思路是什么样子的. 把正整数转化为char数组a, 长度为n, 末尾字符是a[n-1], 然后对该数组逆序查找, 会发现, 第一个a[n-1]比小的字符是a[i], 然后字符a[i]跟a[n-1]交换, 最后对数组中i到n-1的部分进行升级排序, 你会发现, 正是最后

Java由先序序列和中序序列还原二叉树

还原本来的二叉树并不是一个非常简单的事,虽然思想比较简单,但过程却是比较繁琐.下面我拿先序序列和中序序列来讲一下原理吧. 从先序序列中我们一下子就可以得到二叉树的根节点是第一个元素,然后再中序序列中我们也可以找到这个元素(假设二叉树中所有的元素的值不相同)这样我们就可以把中序序列分成两部分,前部分和先序序列可求得左子树,后部分与先序序列可求得右子树.下面以左部分为例,在除去根节点的前序序列中的第二个元素,就是我们左子树的的第一个节点,然后继续在中序序列的前部分中找到相同的元素,再次对中序序列进行

[LeetCode] Kth Largest Element in a Stream 数据流中的第K大的元素

Design a class to find the kth largest element in a stream. Note that it is the kth largest element in the sorted order, not the kth distinct element. Your KthLargest class will have a constructor which accepts an integer k and an integer array nums,

REQUIRES_NEW 如果不在一个事务那么自己创建一个事务如果在一个事务中自己在这个大事务里面在创建一个子事务相当于嵌套事务双层循环那种

REQUIRES_NEW 如果不在一个事务那么自己创建一个事务如果在一个事务中自己在这个大事务里面在创建一个子事务相当于嵌套事务双层循环那种不管是否存在事务,业务方法总会自己开启一个事务,如果在已有事务的环境中调用,已有事务会被挂起,新的事务会被创建,直到业务方法调用结束,已有事务才被唤醒.

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