#!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; input_fastq trim_length}; ; my ($fastq, $trim_length) = @ARGV; open(FASTQ, $fastq) or die "Can't open $fastq\n"; while (my $readid = <FASTQ>) { chomp $readid; chomp (my $sequence = <FASTQ>

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX

二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of

Perl遍历查找文件 使用Perl查找当前目录下的所有PDF文件 ****************************************************************************************************************************** #!/usr/bin/perl -w use strict; use warnings; use File::Find; my $local_file = "./"; s

使用Perl批量读取文件最后行 面对成百上千个文件,有时我们需要查看它的最后行,单个文件打开将耗费大量时间,而通过Perl提取出最后行,将快速的帮助我们处理繁琐的事务. 特性 整个目录完全遍历,自动提取最后行 提取出的文件结构 Perl代码 #!/usr/bin/perl use warnings; ########################################### #./readlast_line.pl log/ ##############################

将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n"

之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta

从函数复用开始:eval和do执行perl文件 当我们定义了一个功能比较通用的子程序,比如获取数值的绝对值.想要到处使用这个子程序,就得不断复制.粘贴这段绝对值函数的定义文本.显然,这是不太理想的方式. 于是,就将包含这个子程序的代码放进一个perl文件,然后通过特殊的语法去导入这个文件. 例如,文件sum.pm包含一个sum子程序,该子程序返回参数相加之和. #!/usr/bin/env perl # 注意,这里为了测试,没加use strict sub sum { my $sum; $sum

replace # replace #!/usr/bin/perl my @data = (); my ($fname ,$rp, $nfname)= @ARGV; my ($o, $n) = split("/", $rp); open(of, "<$fname") or die "$fname 文件打开失败!$!"; while(<of>){ chomp; $_ =~ s/$o/$n/; push @data, "$

文件测试主要用于查看如文件是否存在.文件大小.文件更新时间等信息. 文件测试操作符 -e  测试文件是否存在: die "Oops!A file called '$filename' already exists.\n" if -e $filename; -M 测试文件是否保持持续的更新,比如测试某个程序的日志文件是否保持每一周或两周更新. 此处测试的是文件句柄. warn "Config file is looking pretty old!\n" if -M C

今天第一天写博客,写的不好请大家多多指教,废话不多说了,干货送上: ############################################################# #!/usr/bin/perl use warnings; use strict; my %hash; my $source_file=$ARGV[0]; #输入文件 my $dest_file = $ARGV[1];#输出文件 open (FILE,"<$source_file") or

在Perl中可以用open或者sysopen函数来打开文件进行操作,这两个函数都需要通过一个文件句柄(即文件指针)来对文件进行读写定位等操作.下面以open函数为例:1:读:open(文件句柄,"<文件名")/open(文件句柄,"文件名"),前提文件必须已经存在,否则会返回0,出错信息在$!中.2:写:open(文件句柄,">文件名"),文件如果不存在,那么创建之,如果存在,内容被清空,长度截为0,$!中有出错信息.3:追加:ope

目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/FastqCount 统计指标包括: Total Reads Total Bases N Bases Q20 Q30 GC 2. 使用 压缩文件可搭配pigz使用更香. 单个fastq(.gz)文件: ./FastqCount input.fastq 多文件: pigz -dc R1.fastq.gz R2

修改可读取压缩格式文件 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #include <zlib.h> 5 6 #define RLEN 1024 7 8 static void getfq(char *fq); 9 10 int main(int argc, char *argv[]){ 11 12 if(argc!=2){ 13 fprintf(stderr,&qu

目标如题,有多个fasta文件和一个文件名列表,将文件名列表中包含的文件匹配出来并提取第一条序列合并成一个fa文件. 这个采用perl实现,用法和代码如下: 1 #!/usr/bin/perl -w 2 use strict; 3 4 sub usage{ 5 die "usage:perl $0 <fa.list> <Fasta_Dir> <merged.fa>\n",unless(@ARGV==3); 6 } 7 usage(); 8 9 ope

#!/usr/bin/perl `find /bak/ >list.txt`; open LIST,"/root/list.txt"; while (<LIST>){ chomp; open TEST,"$_"; if ( -d TEST ){ close TEST; } else{ close TEST; $mtime= -M $_; if ($mtime > 60){ print "$_ old than 60 day!!\n&

#!/usr/bin/perl -w use strict; die "Usage: $0 <file>\n" unless (@ARGV == 1); my $lines = 0; my $bases = 0; while (my $line = <>){ # <> operator reads one line at a time from the file specified by $ARGV[0]. chomp $line; next if

mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >>