#!/usr/bin/perl -w use strict; die "Usage: $0 <file>\n" unless (@ARGV == 1); my $lines = 0; my $bases = 0; while (my $line = <>){ # <> operator reads one line at a time from the file specified by $ARGV[0]. chomp $line; next if

最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "test.fasta"; $meta = array(); $meta = parse_fasta($fasta); write_res($meta); function parse_fasta($fasta) { $meta = array(); $file_handle = fopen($fasta,

目标如题,有多个fasta文件和一个文件名列表,将文件名列表中包含的文件匹配出来并提取第一条序列合并成一个fa文件. 这个采用perl实现,用法和代码如下: 1 #!/usr/bin/perl -w 2 use strict; 3 4 sub usage{ 5 die "usage:perl $0 <fa.list> <Fasta_Dir> <merged.fa>\n",unless(@ARGV==3); 6 } 7 usage(); 8 9 ope

在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中,出了上述4种碱基之外,还包括其他的碱基,可以代表不同类型的碱基 代码 英文含义 中文含义 G   Guanine 鸟嘌啉 A   Adenine 腺嘌啉 T (U) Thymine (Uracil) 胸腺嘧啶 (尿嘧啶) C   Cytosine 胞嘧啶 R (A or G) PuRine 嘌啉 Y

# 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr1_seq = 'ATATATATAT' chr2_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCG' chr3_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT' chr4_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG' chr5_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT' # 求和 tot

一.关于程序: FUN:计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比,输出最大值及其id INPUT:FASTA格式文件 >seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACGCCGTCTGGCACATGCAACGAGCTGTAGCAGAC >seq2 ATGCCTAGAACGTTCGAGACTTCTCGGGTGCGGTAGAATTAGCCATTCGACCGACTTCCA GCATCTGCGAGCCGCCTGTTGATTGCATCCGCCGGGGACGCAACAAGGCAAG

最近接触一些需要csv,txt,excel文件之间的转换,根据一些网上搜索加上自己的改动,实现自己想要的结果为主要目的,代码的出处已经找不到了,还请见谅,以下主要是针对csv&excel 和txt&excel写的perl脚本. 主要用到的模块是:   Text::CSVSpreadsheet::WriteExcel Spreadsheet::ParseExcel Spreadsheet::ParseExcel::FmtUnicode Unicode::Map 可以支持中文,具体也没有要仔细

这个perl文件将执行的任务是, 按照指定的文件夹目录,自动将该文件夹下的所有文件上传到指定ftp站点的指定目录下 本应用程序设计的几个基本理念是:工具箱再利用:尽可能利用已有的工具:简化运行步骤:不引入过多的业务逻辑,满足的需求越简单越好. 所以,我们定义了本应用程序依赖于以下几个工具的运行:ActivePerl-5.8.4.810-MSWin32-x86Upload.plUpload.config 我们将主要的执行逻辑都放在Perl源文件Upload.pl中了,配置文件为Upload.con

Shell脚本统计文件行数 转自 http://www.jb51.net/article/61943.htm    示例:row_count.sh文件 awk '{print NR}' row_count.sh | tail -n1 awk 'END{print NR}' row_count.sh grep -n "" row_count.sh|awk -F: '{print '} | tail -n1 sed -n '$=' row_count.sh wc -l row_count.

使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014:07:38:59 +0800] "GET / HTTP/1.0" 200 10 "-" "-" 171.104.119.22 - - [06/Aug/2014:08:55:01 +0800] "GET / HTTP/1.0" 20

索引 1.统计fasta.fa和fastq文件的长度,统计fastq的reads个数,单个reads长度,reads总长度:统计fasta文件中contig的个数,列出名称,单条的长度,以及总长度. 2.1局部组装:创建目录,将比对好的reads按100k为单位,用samtools切,并用awk工具提起reads,分别存放在对应文件夹内 2.2局部组装:用得到的reads_name,去原始的下机reads里提取reads序列 2.3局部组装:使用canu/soapdenovo按窗口组装 基本套路

  原文地址:  http://blog.csdn.net/johnny710vip/article/details/8905239   这是一篇关于perl脚本测试的总结性文章,其中提到了很多实用的模块,如果文中介绍的不够详细,请到cpan上搜索该模块并查阅其文档.  1基本语法检查 Perl语言的哲学是“There is more than one way to do it”,很多讨厌Perl的人总是拿Perl的这个特性来攻击Perl,而喜欢Perl的人却又极力推崇它.这里不讨论这个特性是好

本例子尝试使用Perl脚本借助Expect模块实现如下目的: 登陆多台设备 设备登陆信息按如下格式存放于文件中. $ cat hosts.txt 192.168.30.7:node1:telnet:bee1:123456 192.168.30.66:node2:ssh:bee2:123456 在每台设备上批量执行命令 要执行的命令集合按如下格式存放于文件中. $ cat cmds.txt date w ifconfig more mylog.txt Perl脚本实现,使用了Expect模块 借助

前情提要: 最近elasticsearch集群总出问题,之前虽然修复了,现在又出现新的问题,于是PM要求拉取elasticsearch每天建立的索引有多少,索引有多大,需要对机器进行评估 客户现场无法接触到elasticsearch集群(生产环境,客户方不许可),通过dashboard开启一个pod(资源有限,无法流畅的操作),只好另寻妖路,从dashboard操作获取索引信息,再将文件传输到本机 下面,我要开始装13了(我是菜13,狗头保命) # curl -XGET "localhostIp

在新装的Linux服务器上部署了一个作业监控磁盘空间并提前告警,在shell脚本里面调用了一个perl脚本发送告警邮件.结果出现了一个很奇怪的现象:如果手工执行该脚本/home/oracle/scripts/disk_capatiy_alarm.sh能发出告警邮件,但是在crontab里面发现脚本没有发出告警邮件.检查了/var/log/cron后发现该作业执行了.最后发现shell执行了,但是perl脚本没有执行.搜索了相关资料后,了解到一般出现这种情况要么是因为环境变量,要么是因为使用了相对

最近在搞一个shell脚本启动jar文件个关闭jar文件的东东.搞得我都蛋疼了.今天晚上终于弄好了 话说,小弟的linux只是刚入门,经过各方查资料终于搞定了.话不多说,下面开始上小弟写的shell脚本 #!/bin/bash #description: 启动重启server服务 #端口号,根据此端口号确定PID PORT= #启动命令所在目录 HOME='/usr/etc/server/java/server' #查询出监听了PORT端口TCP协议的程序 pid=`netstat -anp|g

linux 全自动提权 exp perl脚本 作者: admin 日期: 2013/01/19发表评论 (0) 查看评论   国外流传过来的 地址 http://dl.packetstormsecurity.net/UNIX/penetration/rootkits/var.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39

转自:http://www.jbxue.com/article/12638.html 使用perl命令批量替换文件内容. 对linux下的文件内容进行替换,有时不用编写perl脚本,用perl命令就可以实现. perl 命令可以批量替换文件中的一些内容,操作起来非常高效. 几个例子: perl -pi -e "s/aaa/bbb/gi" test.txt 把test.txt文件中的字符aaa替换成bbb perl -pi.bak -e "s/aaa/bbb/gi"

刚学习perl脚本的时候,喜欢频繁使用defined关键字判断一个hash中某个key是否存在,后来程序出了问题才去perl官方文档查看关于defined关键字的准确使用方法.因此,这里我把perl中几个关键字的用法和区别加以介绍,希望大家能够有所借鉴. defined()和exists(): 在perl脚本中,undef是一个非常特殊的整数,这个整数用来表示失败.系统错误.文件末尾.未初始化的变量以及其他一系列的异常情况.了解了undef这个变量,那么就可以来看defined变量的作用了.当d

刚毕业那会儿有一次去台湾公司面试,我问多行代码怎么写.我从来没有想过这个问题,粗略计算,.惊叹:大概几十万行不行. 最近整理资料,看着eclipse左边全面上市,我觉得这个东西.代码共同拥有的行倒底总数?--windows下要么找工具.要么编程序.又想到linux里的命令统计非常方便,于是打算用个命令来完毕. 可分析来分析去,恐怕一行命令是搞不定的--又涉及递归查找,又涉及指定文件类型,又涉及对文件全路径进行操作.终于还是用了一段shell脚本才达到目的. #!/bin/bash declare

来源:http://www.veryhuo.com/a/view/38338.html 今天想把 perl 脚本编译成 exe 以便脱离 perl 解释器独立运行.都可以生成PERL的PE文件,在PERL官网有介绍. perl脚本编译成exe 一般有4种方法: 1. 使用 perl2exe 工具(需要购买,当然也有破解版或绿色版,不过网上只找到5.0版本的,而我的是5.12版本,版本太低所以不能使用) exe文件体积大 运行慢 2. 使用 ActiveState 公司的 Perl Dev Kit