安装clustalw很简单,不提了. 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1.输入 ./clustalw2  进入交互模式 2.选择1 并输入文件名字 3.输入2, 进行多序列比对 4.如果要修改输入格式,则点9 5.若要输出格式为phylip,则点4,并关闭1 6.按下回车,后退 7.选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile, 所以这里直接改名字infile,并退出软件即可 安装phylip 减压后,进入src 并输入 make -f Makefile.unx

VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 tar -zxvf VCF2DisXXX.tar.gz cd VCF2DisXXX make # 添加环境变量即可 2 示例文件进行简单使用 Usage: VCF2Dis -i <in.vcf> -o <p_dis.mat> #1.0) Parameters can used as short letter Such as : [-i] short for [-InPut], [-o] for [-Ou

构建进化树的工具有: muscle mega 进化树的可视化: 本地可视化软件 Figtree (网址:http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/) 该软件是java开发的,运行在JVM上,下载后解压即可,无需安转. 在线可视化软件http://www.evolgenius.info/evolview.html (已注册)http://itol2.embl.de/index.shtml (已注册)

本文作者:余光创,目前就读于香港大学公共卫生系,开发过多个R/Bioconductor包,包括ChIPseeker, clusterProfiler, DOSE,ggtree,GOSemSim和ReactomePA. 进化树看起来和层次聚类很像.有必要解释一下两者的一些区别. 层次聚类的侧重点在于分类,把距离近的聚在一起.而进化树的构建虽然也可以说是一个聚类过程,但侧重点在于推测进化关系和进化距离(evolutionary distance). 层次聚类的输入是距离,比如euclidean或ma

分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们的OTU获得了物种注释,并学习OTU表的各种操作————添加信息,格式转换,筛选信息.   接下来我们学习对OTU序列的进化分析.同时计算Alpha和Beta多样性值.   16. 进化树构建 进化树是基于多序列比对的结果,可展示丰富的信息,我们将在R绘图中详细解读.此处只是建树,用于Alpha, Beta多样性分析的输入文件. # clustalo多序列比对,如果没有请安装Clustal Omega clustal

thinking more after reading. Don't just read the papers.in addition, at begining, you'd better focus on abstract, introduction and discussion. little by little, spend more time on materials and methods.Don't note down when you are reading. but you ca

shannon菌群多样性指数 H=-∑(Pi)(㏑Pi) Pi=样品中属于第i种的个体的比例,如样品总个体数为N,第i种个体数为ni,则Pi=ni/N: 各种之间,个体分配越均匀,H值就越大.如果每一个体都属于不同的种,多样性指数就最大:如果每一个体都属于同一种,则其多样性指数就最小 Dominance:随即取两条序列,来自同一个样品的概率Σ (Si(Si-1))/N(N-1): simpson 菌群多样性指数 随机取样的两个个体属于不同种的概率=1-随机取样的两个个体属于同种的概率:越均匀,值

qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装 根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo:                   pick_de_novo_otus.py  closed-reference:      pick_closed_reference_otus.py open-reference OTU: pick_open_reference_otus.py    不同算法的优缺点: de novo:    pick_de_novo_otus.py  优

激活qiime2的执行环境:source activate qiime2-2019.4如何查看conda已有的环境:conda info -e 以下分析流程参考:https://docs.qiime2.org/2019.4/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/ 1.数据准备 现在我们常用的就是这种格式的数据,每个样品一对数据文件 数据来源:https://docs.qiime2.org/2019.7/tutorials/

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因

目录 1. 简介 2. BLUP类模型 3. Bayesian类模型 4. 机器学习 5. GWAS辅助的GS 6. 杂交育种 7. 多性状 8. 长期选择 9. 预测准确性评估 10. GS到植物育种 11. 未来展望 2020年10月张志武老师联合多家单位的大佬撰写的植物GS育种的最新进展,目前还只是预印版(改到第二版).这篇综述涉及到GS在植物领域应用的最新进展,长达48页.不同于其他的综述描写空洞宽泛,这一篇特别对模型方法进行了介绍,正好解决了我的需求.缺点就是可能重点说明了他们自己开发

通过前面几节的准备工作,对于 npm / node / gulp 应该已经有了基本的认识,本节主要介绍如何构建一个基本的前端自动化开发环境. 下面将逐步构建一个可以自动编译 sass 文件.压缩 javascript 文件.多终端多浏览器同步测试的开发环境,并且还可以通过 piblish 命令对项目下的文件进行打包操作. 相关连接导航 在windows下安装gulp —— 基于 Gulp 的前端集成解决方案(一) 执行 $Gulp 时发生了什么 —— 基于 Gulp 的前端集成解决方案(二) 常

在Web App和Hybrid App横行的时代,为了拥有更好的用户体验,单页面应用顺势而生,单页面应用简称`SPA`,即Single Page Application,就是只有一个HTML页面的应用程序,应用中所有的视图都包含在这个HTML页面中,并通过JavaScript控制相关视图的显示和隐藏,这种模式可以让用户在Web App感受Native App的速度和流畅.本篇文章的目的就是教你如何来快速的构建一个H5单页面切换骨架. 一. 页面设计 在构建SPA应用时,首先要确定你的应用需要包含

.NET Core中间件的注册和管道的构建(3) ---- 使用Map/MapWhen扩展方法 0x00 为什么需要Map(MapWhen)扩展 如果业务逻辑比较简单的话,一条主管道就够了,确实用不到Map.不过当业务逻辑比较复杂的时候,有时候我们可能希望根据情况的不同使用特殊的一组中间件来处理HttpContext.这种情况下如果只用一条管道,处理起来会非常麻烦和混乱.此时就可以使用Map/MapWhen建立一个分支管道,当条件符合我们的设定时,由这个分支管道来处理HttpContext.使用

.NET Core中间件的注册和管道的构建(2)---- 用UseMiddleware扩展方法注册中间件类 0x00 为什么要引入扩展方法 有的中间件功能比较简单,有的则比较复杂,并且依赖其它组件.除了直接用ApplicationBuilder的Use()方法注册中间件外,还可以使用ApplicationBuilder的扩展方法UseMiddleware()注册中间件.这种情况下可以注册类型,这个方法会通过反射解析这个类型,并把它包装成Func<ReuqestDelegate,RequestDe

.NET Core中间件的注册和管道的构建(1)---- 注册和构建原理 0x00 问题的产生 管道是.NET Core中非常关键的一个概念,很多重要的组件都以中间件的形式存在,包括权限管理.会话管理.路由等.所以搞明白中间件是如何注册并最终构建成管道的很重要.园子里很多先驱早已经开始了这方面的研究学习,也写了很多文章,不过我看了后有些地方还不是特别明白.毕竟每个人都是不同的,有些内容作者觉得是常识不需要多写的地方对我来说可能就是个盲区.幸好.NET Core整个项目都是开源的,找到源码看了下解

返回<.Net中的AOP>系列学习总目录 本篇目录 开始一个新项目 没有AOP的生活 变更的代价 使用AOP重构 本系列的源码本人已托管于Coding上:点击查看. 本系列的实验环境:VS 2013 Update 5(建议最好使用集成了Nuget的VS版本,VS Express版也够用),安装了PostSharp. 这篇博客覆盖的内容包括: 为项目创建需求 从零编写代码来满足需求 不使用AOP重构凌乱的代码 使用AOP来重构代码 这一节会构建一个汽车租赁系统,先是给定业务需求,然后逐渐地添加代

提到构建WebService服务,大家肯定第一个想到的是使用WCF,因为简单快捷嘛.首先要说明的是,本人对WCF不太了解,但是想快速建立一个WebService,于是看到了MSDN上的这一篇文章 Building Cross-Platform Web Services with ServiceStack,所以这里简要介绍一下如何使用ServiceStack快速建立一个WebService服务. 当然,在开始之前,首先要说明一下ServiceStack是个什么东西. 在国内用ServiceStac

首先为什么要自己编写Dockerfile来构建 nginx.php.mariadb这三个镜像呢?一是希望更深入了解Dockerfile的使用,也就能初步了解docker镜像是如何被构建的:二是希望将来可以定制自己的images,特别是能针对不同的系统环境与目标需求适当对镜像进行调整改进.在编辑Dockerfile过程中也参考了以下相关范例: https://hub.docker.com/_/php/ https://hub.docker.com/_/mysql/ https://hub.dock

使用webstorm+webpack构建简单入门级"HelloWorld"的应用&&构建使用jquery来实现 1.首先你自己把webstorm安装完成. 请参考这篇文章进行安装和破解http://www.cnblogs.com/chengxs/p/6245281.html 2.然后需要你的电脑安装了node.js. 可以参考这篇文章http://www.cnblogs.com/chengxs/p/6221393.html 2.第一种方法:使用命令行窗口.可以在你要创建