提取样本见命令行: plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID) 同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”

一.合并文件 plink合并文件需要用到“merge”参数 如果是ped和map格式文件,则用以下命令: plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge 如果是二进制文件和ped,map格式文件,则用以下命令: plink --bfile data1 --merge data2.ped data2.map --make-bed --out merge 如果都是二进制文件,则用以下命令: plink --bfi

shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute.除此之外,还能提取SNP和样本,同样的,也能去除SNP和样本.下面简单介绍这两个功能. 一.提取SNP 提取SNP用到“--include-snp”参数,具体命令为: time shapeit \ -convert \ --input-haps data.phased \ --output-haps data.phased.subset \ --include-snp include_marker.site 其中,in

笔记转载于GitHub项目:https://github.com/NLP-LOVE/Introduction-NLP 9. 信息抽取 信息抽取是一个宽泛的概念,指的是从非结构化文本中提取结构化信息的一类技术.这类技术依然分为基于规则的正则匹配.有监督学习和无监督学习等各种实现方法.我们将使用一些简单实用的无监督学习方法.由于不需要标注语料库,所以可以利用海量的非结构化文本. 本章按照颗粒度从小到大的顺序,介绍抽取新词.关键词.关键短语和关键句的无监督学习方法. 9.1 新词提取 概述 新词是一个

英文名:Genetic architecture of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum 中文名:疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析 期刊:Nature Genetics影响因子:29.352一.研究背景以青蒿素为主的联合疗法一直以来都是治疗疟疾的有效方法,值得关注的是横跨亚洲到非洲都出现了对一线药物的抗药性.阻止出现更高水平的抗药性以及阻止抗药性扩散到非洲刻不容缓.为了更好同抗药性进行斗争,了解遗传因素在抗药性的混合和传播中的作用非常重要

tructure是与PCA.进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是SNP.indel.SSR.相比于PCA,进化树,群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 conda install -c bioconda admixture admixture **** ADMIXTURE Version 1.3.0 **** **** Copyright 2008-2015 **** **** David Alexander, Suyash

批处理之FOR语句祥解 FOR这条命令基本上都被用来处理文本,但还有其他一些好用的功能! 看看他的基本格式(这里我引用的是批处理中的格式,直接在命令行只需要一个%号) FOR 参数 %%变量名 IN (相关文件或命令) DO 执行的命令 参数:FOR有4个参数 /d   /l   /r   /f   他们的作用我在下面用例子解释 %%变量名 :这个变量名可以是小写a-z或者大写A-Z,他们区分大小写,FOR会把每个读取到的值给他; IN:命令的格式,照写就是了; (相关文件或命令) :FOR要把

1. 本周学习总结 1.1 以你喜欢的方式(思维导图或其他)归纳总结集合与泛型相关内容. 1.2 选做:收集你认为有用的代码片段 答:主要以泛型为主 //简单的泛型类的定义,T为类型参数 public class Pair<T> { public Pair(T first, T second) { this.first = first; this.second = second; } public T getFirst() { return first; } public void setFi

在For命令语踞饽参数F中,最难理解的就是Delims和Tokens两个选项,本文简单的做一个比较和总拮.“For /f”常用来解析文本,读取字符串.分工上,delims负责切分字符串,而tokens负责提取字符串.如果把字符串当作蛋糕,Delims像刀子,用来切蛋糕,tokens像叉子,用来取切好的蛋糕.下面我们用实例来进行理解. 把以下内容保存为文本文件“歌曲列表.txt”,注意扩展名为“.txt”:序号.歌手名-歌曲名.后缀名1.饶天亮-玫瑰爱人.wma2.高一首-我不愿错过.mp33.黃

0x00 前言 今天在对windows进行提权之前的系统信息收集的时候,需要使用到一条批处理语句把特定部分的内容从一个txt的文本当中提取出来:该条语句是如下: for /f "tokens=2,3 delims==" %%a in (tmplist.txt) do (echo %%a >> software.txt) 当时跟着流程操作的时候,对这条语句的了解也只是仅限于知道这条语句的作用是将tmplist.txt文本文件里面的内容按照一定规则取出想要的部分的内容输出到so

目录 sort命令 sort命令的基本用法 uniq命令 join命令 cut命令 paste命令 split命令 tr命令 tar命令 sort命令 sort命令是Linux系统一种排序工具,它将输入文件看作由多条记录组成的数据流,而记录由可变宽度的字段组成,以换行符为定界符.sort命令与awk类似,可将记录分成多个域来处理,默认的域分隔符是空格符,域分隔符也可由用户指定.sort命令的基本格式如下: sort [选项] [输入文件] 常用sort命令选项及其意义如下: 选项 意义 -c 测

攻击方式:tcpdump 进行嗅探,获取报文消息:然后用tcpreplay回放攻击 arp欺骗可以使用 arpspoof kali linux有这三个工具 转载地址https://www.cnblogs.com/jiayy/p/3447027.html 一.  嗅探 1.1  嗅探技术简介 1.1.1  目标 嗅探的目标:获取在网络上传输的各种有价值信息:账号.密码.非公开协议 1.1.2  原理 嗅探的原理:大多数嗅探都是在以太网内,利用数据链路层技术进行的嗅探,依照嗅探器部署的位置不同,它们

一.  嗅探 1.1  嗅探技术简介 1.1.1  目标 嗅探的目标:获取在网络上传输的各种有价值信息:账号.密码.非公开协议 1.1.2  原理 嗅探的原理:大多数嗅探都是在以太网内,利用数据链路层技术进行的嗅探,依照嗅探器部署的位置不同,它们为达到这个目的所采用的技术也不尽相同 1.1.3  类型 1.1.3.1  共享以太网中的嗅探 共享以太网中的通信的方式:要传送的所有数据都是广播到整个网络中去的,数据帧会流经每个结点. 正常情况下,结点只会对发给自己的数据或者广播数据进行响应,一看到数

在For命令语踞饽参数F中,最难理解的就是Delims和Tokens两个选项,本文简单的做一个比较和总拮.“For /f”常用来解析文本,读取字符串.分工上,delims负责切分字符串,而tokens负责提取字符串.如果把字符串当作蛋糕,Delims像刀子,用来切蛋糕,tokens像叉子,用来取切好的蛋糕.下面我们用实例来进行理解. 把以下内容保存为文本文件“歌曲列表.txt”,注意扩展名为“.txt”:序号.歌手名-歌曲名.后缀名1.饶天亮-玫瑰爱人.wma2.高一首-我不愿错过.mp33.黃

原文地址: for /f命令之—Delims和Tokens用法&总结 作者:别逗了好么 在For命令语踞饽参数F中,最难理解的就是Delims和Tokens两个选项,本文简单的做一个比较和总拮.“For /f”常用来解析文本,读取字符串.分工上,delims负责切分字符串,而tokens负责提取字符串.如果把字符串当作蛋糕,Delims像刀子,用来切蛋糕,tokens像叉子,用来取切好的蛋糕.下面我们用实例来进行理解. 把以下内容保存为文本文件“歌曲列表.txt”,注意扩展名为“.txt”: 序

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些位点上存在差异,这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性.SNPedia是一个SNP调査百科,它引用各种已经发布的文章,或者数据库信息对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息.我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息,也可以根据相关疾病,症状来寻找相关的SNP. 初次使用SNPedia   SNPedia主页网址为http://snpedia.com/index.php/SNPedia,比如我想

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据: --ld rs123 rs134: R-sq = 0.0313386       D' = 1 Haplotype Frequency Expectation under LE --------- --------- -------------------- TG 0 0.022549 CG 0

最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_

le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$b"}' | less -S >indel_site