plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files. ./vcftools --vcf input_data.vcf --

什么是JSON JSON(JavaScript Object Notation)是一种优美的JavaScript对象创建方法.JSON也是一种轻量级数据交换格式.JSON非常易于人阅读与编写,同时利于机器解析与生成.JSON是在AJAX中代替XML交换数据的更佳方案. JSON格式与语法 var jsonobject= {         //对象内的属性语法(属性名与属性值是成对出现的)         propertyname:value, //对象内的函数语法(函数名与函数内容是成对出现的

链接:http://www.jb51.net/softjc/222135.html https://jingyan.baidu.com/article/25648fc162f2899190fd0042.html 1.准备工具:IE11浏览器或谷歌浏览器或360浏览器或猎豹浏览器或火狐浏览器或等等浏览器,IE6我没试过,IE8貌似也不好找.教程就用谷歌浏览器吧,其他的大同小异. 2.进入你要下载的视频网站,并确定可以播放了. 3.按F12键,一般浏览器都是F12,如果没效果,那么就去找“开发人员工

public static Map<String, Object> parseJSON2Map(String jsonStr) { Map<String, Object> map = new HashMap<String, Object>(); // 最外层解析 JSONObject json = null; try { json = JSONObject.fromObject(jsonStr); } catch (Exception e) { logger.error

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:

一般来说有两种解决方案. 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error:  Could not open temporary file.报错,于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数,成功运行,具体如下: /bin/vcftools --vcf 1000Gen

目录 前言 原因 解决方法 方法一:修改样本名 方法二:修改--id-delim 方法三:加入--double_id或--const-fid参数 前言 将vcf转化为plink格式时,命令如下: plink --vcf snp.vcf --recode --allow-extra-chr --out test 出现错误: Error: Multiple instances of '_' in sample ID. If you do not want '_' to be treated as a

当我们进行群体遗传分析时,得到vcf后,可利用plink进行主成分(PCA)分析: 一.软件安装 1 conda install plink 二.使用流程 第一步:将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out testacc --const-fid --allow-extra-chr 2 3 4 # --vcf vcf 或者vcf.gz 5 # --recode 输出格式 6 # --out 输入前缀 7

YUV格式具有亮度信息和色彩信息分离的特点,但大多数图像处理操作都是基于RGB格式. 因此当要对图像进行后期处理显示时,需要把YUV格式转换成RGB格式. RGB与YUV的变换公式如下: YUV(256 级别) 可以从8位 RGB 直接计算: Y = 0.299 R + 0.587 G + 0.114 B U = - 0.1687 R - 0.3313 G + 0.5 B + 128 V = 0.5 R - 0.4187 G - 0.0813 B + 128 反过来,RGB 也可以直接从YUV

Atitit.常见软件 数据 交换格式 标准 1. 常见的数据格式txt ,doc ,pic,music ,vodio1 2. 通用格式json yaml phpstr1 3. 专用格式1 4. 用户信息vcf 通讯录导出的一种格式1 5. News  ,rss vs atom2 6. 商品信息excel2 1. 常见的数据格式txt ,doc ,pic,music ,vodio 2. 通用格式json yaml phpstr 3. 专用格式 作者::  ★(attilax)>>>   

这是默认的日期格式如下图:

时间格式转化成string工具类: package cn.javass.util; import java.text.DateFormat; import java.text.SimpleDateFormat; import java.util.Date; public class DateFormatUtil { private DateFormatUtil(){} public enum DateFormatStyleEnum{ YMD("yyyy-MM-dd"),YMDHMS(&

涉及到处理excel文件中日期格式数据 这里自己整理下 两种方法 代码如下: @classmethod def get_time(cls, table, nrows): testtime = [] for i in range(1, nrows): # data = xlrd.xldate.xldate_as_datetime(table.cell(i, 6).value, 1) # 日期格式转化成datetime对象 data = xlrd.xldate_as_tuple(table.cell

YUV格式具有亮度信息和色彩信息分离的特点,但大多数图像处理操作都是基于RGB格式. 因此当要对图像进行后期处理显示时,需要把YUV格式转换成RGB格式. RGB与YUV的变换公式如下: YUV(256 级别) 可以从8位 RGB 直接计算: Y = 0.299 R + 0.587 G + 0.114 B U = - 0.1687 R - 0.3313 G + 0.5 B + 128 V = 0.5 R - 0.4187 G - 0.0813 B + 128 反过来,RGB 也可以直接从YUV

[视频处理]YUV与RGB格式转换 YUV格式具有亮度信息和色彩信息分离的特点,但大多数图像处理操作都是基于RGB格式. 因此当要对图像进行后期处理显示时,需要把YUV格式转换成RGB格式. RGB与YUV的变换公式如下: YUV(256 级别) 可以从8位 RGB 直接计算: Y = 0.299 R + 0.587 G + 0.114 B U = - 0.1687 R - 0.3313 G + 0.5 B + 128 V = 0.5 R - 0.4187 G - 0.0813 B + 128

[视频处理]YUV与RGB格式转换 YUV格式具有亮度信息和色彩信息分离的特点,但大多数图像处理操作都是基于RGB格式. 因此当要对图像进行后期处理显示时,需要把YUV格式转换成RGB格式. RGB与YUV的变换公式如下: YUV(256 级别) 可以从8位 RGB 直接计算: Y = 0.299 R + 0.587 G + 0.114 B U = - 0.1687 R - 0.3313 G + 0.5 B + 128 V = 0.5 R - 0.4187 G - 0.0813 B + 128

弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因,haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因,因此我们要去掉超过两位等位基因的SNP才能做连锁分析. 用到命令:--min-alleles 2 --max-alleles 2 先在linux上下载安装vcftools软件,下载地址“https://vcftools.github.io/man_latest.html” 具体命令如下 : software/vcftools-vcf

1)将vcf转化为plink格式,假定输入的vcf文件名为:17893893-17898893.vcf,也可以参考链接:将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态 /vcftools --vcf 17893893-17898893.vcf --plink-tped --out 17893893-17898893 /plink --tfile 17893893-17898893 --recode --out 17893893-17898893 2) 用PLINK确定要研究的位点是否

---恢复内容开始--- 我们经常说幻想着使用已有数据发表高分文章,的确,这样的童话故事每天都在发生,但如何走出第一步我们很多小伙伴不清楚,那么我们就从水稻SNP数据库的使用来讲起. http://snp-seek.irri.org/ 这是3k的水稻变异库,上面保存着现成的SNP,由于数据过大,网站的维护方使用了Plink的格式来给我们在线储存SNP的信息,可以理解毕竟3025个水稻的全基因组SNP,怎么算都不是个小数. Plink格式是如下三个文件: base_filtered_v0.7.be