PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据: --ld rs123 rs134: R-sq = 0.0313386       D' = 1 Haplotype Frequency Expectation under LE --------- --------- -------------------- TG 0 0.022549 CG 0

计算等位基因频率有两种方式,第一种用vcftool计算: /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行,file.vcf指的是你要输入的vcf文件,--freq表示计算等位基因频率,--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体,当然,你也可以选择你想计算的染色体区域,filefreq指的是输出的文件名. 结果如下图所示: 第二种用plink计算: /path/to/plink-1.07-x86

之前我写过一篇文章群体遗传分析分层校正,该选用多少个PCA?,里面提到可以通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分,后续就可以将显著的主成分加入协变量中. 这篇文章主要是讲如何通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分. 1下载安装EIGENSTRAT 1.1 下载 下载地址:https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz wget https://data.broadinstitute.org/a

为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说,如果数据存在群体分层,却不加以控制,那么很容易得到一堆假阳性位点. 当群体出现分层时,常规手段就是将分层的群体独立分析,最后再做meta分析. 1.如何判断群体是否分层 先用plink计算PCA,具体方法详见链接:GWAS群体分层 (Population stratification):利用plink对基因型进行PCA 随后画出PC1和PC2在不同群体的散点图,观察群体之间是否明显分开,如果明显分开,说明群体

一般来说有两种解决方案. 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error:  Could not open temporary file.报错,于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数,成功运行,具体如下: /bin/vcftools --vcf 1000Gen

下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1.通过vcftools计算FST 命令行如下: ./vcftools --vcf input_data.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out pop1_vs_pop2 其中,input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt,只有一

这篇文章是对之前啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)这篇文章的一个补坑. LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外,还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性. 1 下载.安装ldsc git clone https://github.com/bulik/ldsc.git cd ldsc 2 安装ldsc依赖的环境 conda env create --file environment.yml source activate ldsc 3 测试是否安装成功

Plink是一个基于Flink的流处理平台,旨在基于 [Apache Flink]封装构建上层平台. 提供常见的作业管理功能.如作业的创建,删除,编辑,更新,保存,启动,停止,重启,管理,多作业模板配置等. Flink SQL 编辑提交功能.如 SQL 的在线开发,智能提示,格式化,语法校验,保存,采样,运行,测试,集成 Kafka 等. 由于项目刚刚启动,未来还有很长的路要走,让我们拭目以待. 在 Windows 上部署 Plink Plink 进行独立单机部署,可以在 Windows 上进行

记得大学时候,专业课的网页设计书籍里面讲过css选择器权重的计算:id是100,class是10,html标签是5等等,然后全部加起来的和进行比较... 我只想说:真是误人子弟,害人不浅! 最近,在前端群里还发现以上观点类似的奇葩聊天,真是*** 其实,也是在很久以前,看了腾讯ISUX的一位前端工程师-麦时分享的一篇技术文章(个人站点已失效,就不贴出来了),才了解到真正的css选择器权重计算. 以下是css选择器权重计算精华所在,翻译自国外的文档(记得是W3C给出的计算规则) 如果一个声明来自s

分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间) 很多时候我们都需要计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间 这里共享一个脚本 CREATE TABLE #tablespaceinfo ( nameinfo ) , rowsinfo BIGINT , reserved ) , datainfo ) , index_size ) , unused ) ) ); DECLARE Info_cursor CURSOR FOR SELECT '[' + [name]

问题描述 编写一个程序,计算员工的周薪.薪水的计算是以小时为单位,如果在一周的时间内,员工工作的时间不超过40 个小时,那么他/她的总收入等于工作时间乘以每小时的薪水.如果员工工作的时间在40 到50 个小时之间,那么对于前40 个小时,仍按常规方法计算:而对于剩余的超额部分,每小时的薪水按1.5 倍计算.如果员工工作的时间超过了50 个小时,那么对于前40 个小时,仍按常规方法计算:对于40-50 个小时之间的部分,每小时的薪水按1.5 倍计算:而对于超出50 个小时的部分,每小时的薪水按2

问题描述 输入一个正整数n,输出n!的值. 其中n!=1*2*3*-*n. 算法描述 n!可能很大,而计算机能表示的整数范围有限,需要使用高精度计算的方法.使用一个数组A来表示一个大整数a,A[0]表示a的个位,A[1]表示a的十位,依次类推. 将a乘以一个整数k变为将数组A的每一个元素都乘以k,请注意处理相应的进位. 首先将a设为1,然后乘2,乘3,当乘到n时,即得到了n!的值. 输入格式 输入包含一个正整数n,n<=1000. 输出格式 输出n!的准确值. 样例输入 10 样例输出 3628

输入11个整数,计算它们的最大值和最小值. 样例输入 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 样例输出 10 0   #include<stdio.h> int main(){ ]; ; i<; i++){ scanf("%d",&a[i]); } ;i<-;i++) { ;j<;j++){ if(a[i]>a[j]){ int t = a[i]; a[i] = a[j]; a[j] = t; } } } printf(],a[]);

异常处理汇总-服 务 器 http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4522983.html 无法向会话状态服务器发出会话状态请求.请确保 ASP.NET State Service (ASP.NET 状态服务)已启动,并且客户端端口与服务器端口相同.如果服务器位于远程计算机上,请检查HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\aspnet_state\Parameters\AllowRemoteConnec

前言 上一节我们详细讲解了计算列以及计算列持久化的问题,本节我们依然如前面讲解来看看二者查询性能问题,简短的内容,深入的理解,Always to review the basics. 持久化计算列比非持久化计算列性能要好 我们开始创建两个一样的表并都插入条数据来进行比较,对于计算列我们重新进行创建计算列和非计算列持久化. CREATE TABLE [dbo].[ComputeColumnCompare] (ID INT, FirstName VARCHAR(), )) GO INSERT INT

前言 上一节我们结束了Hash Match Aggregate和Stream Aggregate的讲解,本系列我们来讲讲关于SQL Server中的计算列问题,简短的内容,深入的理解,Always to review the basics. 初探计算列持久化(Compued Column Persisted) 在SQL Server 2005就引入了计算列,我们首先稍微看下在msdn关于计算列的定义:计算列由可以使用同一表中的其他列的表达式计算得来.表达式可以是非计算列的列名.常量.函数,也可以

逆波兰式表示法,是由栈做基础的表达式,举个例子: 5 1 2 + 4 * + 3 -  等价于   5 + ((1 + 2) * 4) - 3 原理:依次将5 1 2 压入栈中, 这时遇到了运算符 + , 那么,出栈两个元素 2 1,用 + 运算符计算两个数的结果(2 + 1)得到结果为3, 压入栈中,继续往下,将4压入栈中,此时栈中元素为 [5, 3, 4], 又遇到了 * 运算符, 出栈两个元素,分别是 4 3 ,计算(4*3)得到12,压入栈中,继续往下遇到 + 运算符,出栈两个元素...

转载注明出处 改成了一个单独的js文件,并修改代码增加了通用性,点击这里查看 今天写小程序,有一个需求就是用户选择时间,然后我这边就要开始倒计时. 因为小程序的限制,所以直接选用时间选择器作为选择定时器的小时和分钟.唯一的缺点就是不能选择秒. 一开始的想法是选择的到一个字符串以后,截取字符串转换成数字然后和以前一样不停的计算.什么计算秒数,换算成分数啊之类的 想想虽然不难但还是太麻烦了.就想有没有简单易懂的实现方法. 首先想到的就是js中的Date() 因为这个函数可以传字符串获取毫秒数,传毫秒

先说结论: 前几天写了几个非常简单的移动端小游戏,其中一个拼图游戏让我郁闷了一段时间.因为要获取每张图片的位置,用`<style>`标签写的样式,直接获取计算后样式再用来交换位置,结果就悲剧了,出现了一些不理解的情况.这个错误比较低级,不过还是被我遇到了,就拿来记录一下. 注意: 在交换每张图片位置的时候,我对它们设置了CSS中transition属性,有了缓冲动画效果,这样一来,每次打乱图片的时候,用getComputedStyle获取计算后样式,但是,动画有时长,而获取样式在触发时就完成了

先看下面的html: 计算div内的checkbox个数:$('#divmod input[type="checkbox"]').length 计算div内checkbox被disabled的个数:$('#divmod input[type="checkbox"]:disabled').length