prefetch 用ASCP下载

2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据

目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连接不上镜像源问题首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题.即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错. CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsi 尝试了很多方法:换源,删除.co

NCBI下载sra数据（新）

今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t

<二代測序> 下载 NCBI sra 文件

本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 随着測序技术的不断提高.二代測序数据成指数增长. NCBI提供了SRA数据库存储这些数据. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 为了方便更好的分析这些数据,NCBI提供了下载的命令行工具:sra-toolkit. 包含下面命令: 官方文档: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi

preload 与 prefetch 的区别

Preload 浏览器会在遇到如下link标签时,立刻开始下载main.js(不阻塞parser),并放在内存中,但不会执行其中的JS语句. 只有当遇到script标签加载的也是main.js的时候,浏览器才会直接将预先加载的JS执行掉. <link rel="preload" href="/main.js" as="script"> Prefetch 浏览器会在空闲的时候,下载main.js, 并缓存到disk.当有页面使用的时候,

preload、prefetch的认识

预加载现在的网络情况虽然很乐观,但是 defer和async 当浏览器碰到 script 脚本的时候: <script src="script.js"></script> 没有 defer 或 async,浏览器会立即加载并执行指定的脚本,"立即"指的是在渲染该 script 标签之下的文档元素之前,也就是说不等待后续载入的文档元素,读到就加载并执行. <script async src="script.js"&g

带你玩转prefetch, preload, dns-prefetch，defer和async

现代浏览器性能优化-JS篇众所周知,JS的加载和执行会阻塞浏览器渲染,所以目前业界普遍推荐把script放到</body>之前,以解决js执行时找不到dom等问题.但随着现代浏览器的普及,浏览器为我们提供了更多强大的武器,合理利用,方可大幅提高页面加载速度. 理解渲染过程(HTML Parser) 首先我们从浏览器的角度解释一下从输入URL到页面展示经历了些什么,以如下html文档举例 <html> <head> <link rel="styleshe

7、sraToolkit安装使用

参考:http://blog.csdn.net/Cs_mary/article/details/78378552 ###prefetch 参数解释 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/#SRA_download.how_do_i_use_the_sra_toolki ## convert data into a particular format (fastq-dump等) https://github.com/ncbi

8、SRR数据下载https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/

1.prefetch SRRxxxxxx -/ncbi/public/sra 2.fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3.SRA.SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metad

通读SDWebImage①--总体梳理、下载和缓存

本文目录下载操作SDWebImageDownloaderOptions和下载过程实现下载管理SDWebImageDownloader 缓存SDImageCache SDWebImageManager:按需下载->完成缓存->缓存管理等一系列完整的流程线要写点关于SDWebImage的文章了,这段时间看的不少,总体的感受是SDWebImage的代码不如AFN那么规整.有条理,并没有吐槽的意思,稍微细细看一下就会有这样的感受.本篇文章不会用大量的篇幅来介绍SDWebImage如何使用,而是更

HTML a标签、4个伪类、常用属性(下载)、锚链接（待扩展：邮件、电话、短信、GPS）

HTML 超链接<a> 1.超链接可以是一个字.一个词.一组词.一幅图像,您可以点击这些内容来跳转到新的文档或者当前文档中的某个部分. 2.当您把鼠标指针移动到网页中的某个链接上时,箭头会变为一只小手. 3.标签<a> 中使用了href属性来描述链接的地址. 默认情况下,链接将以以下形式出现在浏览器中: 一个未访问过的链接显示为蓝色字体并带有下划线. 访问过的链接显示为紫色并带有下划线. 点击链接时,链接显示为红色并带有下划线. 注意:如果为这些超链接设置了 CSS 样式,展示样式

下载SRA文件

sratoolkit.2.6.2-centos_linux64/bin/prefetch 下载SRA文件 fastq-dump --split-3 SRR2923014.sra 转成fq文件

详解HTML5中rel属性的prefetch预加载功能使用

在HTML5中,有个很有用但常被忽略的特性,就是预先加载(prefetch),它的原理是: 利用浏览器的空闲时间去先下载用户指定需要的内容,然后缓存起来,这样用户下次加载时,就直接从缓存中取出来,效率就快了. 举个例子说明:比如要预先加载某个页面,可以这样: XML/HTML Code <link rel="prefetch" href="http://www.example.com/">  但如果是googl

NCBI原始数据下载by Aspera Connect

主要参考这篇文章: http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693a1a1f8163960e99812a6d7473aa0&scene=23&srcid=0831PboACKYo6omCEfKhXLhV#rd 因为昨天刚装了centOS,所以这里只贴出linux下的操作: 1. 进入linux服务器,下载aspera. 输入:wgethttp://downlo

HTML5的页面资源预加载技术(Link prefetch)加速页面加载

不管是浏览器的开发者还是普通web应用的开发者,他们都在做一个共同的努力:让Web浏览有更快的速度感觉.有很多已知的技术都可以让你的网站速度变得更快:使用CSS sprites,使用图片优化工具,使用.htaccess设置页面头信息和缓存时间,JavaScript压缩,使用CDN等.我曾经介绍过本站上使用的一些速度优化技术.而在HTML5里,出现了一个新的用来优化网站速度的新功能:页面资源预加载/预读取(Link prefetch). 页面资源预加载/预读取(Link prefetch)是什么?

页面资源预加载(Link prefetch)功能加速你的页面加载速度

有了浏览器缓存,为何还需要预加载? 用户可能是第一次访问网站,此时还无缓存用户可能清空了缓存缓存可能已经过期,资源将重新加载用户访问的缓存文件可能不是最新的,需要重新加载页面资源预加载/预读取(Link prefetch)是什么? 页面资源预加载(Link prefetch)是浏览器提供的一个技巧,目的是让浏览器在空闲时间下载或预读取一些文档资源,用户在将来将会访问这些资源.一个Web页面可以对浏览器设置一系列的预加载指示,当浏览器加载完当前页面后,它会在后台静悄悄的加载指定的文档,并把

使用HTML5的页面资源预加载(Link prefetch)功能加速你的页面加载速度

不管是浏览器的开发者还是普通web应用的开发者,他们都在做一个共同的努力:让Web浏览有更快的速度感觉.有很多已知的技术都可以让你的网站速度变得更快:使用CSS sprites,使用图片优化工具,使用.htaccess设置页面头信息和缓存时间,JavaScript压缩,使用CDN等.我曾经介绍过本站上使用的一些速度优化技术.而在HTML5里,出现了一个新的用来优化网站速度的新功能:页面资源预加载/预读取(Link prefetch). 页面资源预加载/预读取(Link prefetch)是什么?

Preload，Prefetch 和它们在 Chrome 之中的优先级

前言上周五到的时候,想起之前在手游平台上有处理dns-prefetch的优化,那这篇分享的就更仔细了.今日早读文章由@gy134340翻译并授权分享. 正文从这开始- 今天我们来深入研究一下 Chrome 的网络协议栈,来更清晰的描述早期网络加载(像 <link rel="preload" 和 <link rel="prefetch">)背后的工作原理,让你对其更加了解. 像其他文章描述的那样,preload 是声明式的 fetch,可以强制浏览

Web 性能优化：Preload与Prefetch的使用及在 Chrome 中的优先级

摘要: 理解Preload与Prefetch. 原文:Web 性能优化:Preload,Prefetch的使用及在 Chrome 中的优先级作者:前端小智 Fundebug经授权转载,版权归原作者所有. 这是 Web 性能优化的第 6 篇,上一篇在下面看点击查看: Web 性能优化:使用 Webpack 分离数据的正确方法 Web 性能优化:图片优化让网站大小减少 62% Web 性能优化:缓存 React 事件来提高性能 Web 性能优化:21种优化CSS和加快网站速度的方法 Web 性能优

DNS预解析prefetch

前面的话本文将详细介绍DNS预解析prefetch的主要内容概述 DNS(Domain Name System, 域名系统),是域名和IP地址相互映射的一个分布式数据库.DNS 查询就是将域名转换成 IP 的过程,这个过程短的话 2ms 几乎无感,长则可能达到几秒钟当浏览器访问一个域名的时候,需要解析一次DNS,获得对应域名的ip地址.在解析过程中,按照浏览器缓存.系统缓存.路由器缓存.ISP(运营商)DNS缓存.根域名服务器.顶级域名服务器.主域名服务器的顺序,逐步读取缓存,直到拿到IP

资源预加载preload和资源预读取prefetch简明学习

前面的话基于VUE的前端小站改造成SSR服务器端渲染后,HTML文档会自动使用preload和prefetch来预加载所需资源,本文将详细介绍preload和prefetch的使用资源优先级在介绍preload和prefetch之前,首先要介绍浏览器的资源优先级在Chrome浏览器中,不同的资源在浏览器渲染的不同阶段进行加载的优先级不同一共分成五个级别 Highest 最高 Hight 高 Medium 中等 Low 低 Lowest 最低其中主资源HTML和CSS的优先级最高,其他

prefetch 用ASCP下载

热门专题