Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

pysam模块 因为要分析sam文件中序列的情况,因此要对reads进行细分,所以之前想用数据库将sam文件信息存储,然后用sql语句进行分类.后来发现很麻烦,pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块,可以轻松地对reads进行操作. 1.安装Pysam $ pip install pysam 2.检查是否安装成功 import pysam # 注意,此步是进入python交互环境 3.读取bam文件 import pys

sam文件怎么打开 (Security Accounts Manager安全帐户管理器)负责SAM数据库的控制和维护.SAM数据库位于注册表HKLM\SAM\SAM下,受到ACL保护,可以使用regedt32.exe打开注 册表编辑器并设置适当权限查看SAM中的内容. SAM数据库在磁盘上就保存在%systemroot%system32\config\目录下的sam文件中,在这个目录下还包括一个security文件,是安全数据库的内容,两者有不少关系 最近没有事情就翻翻自己的系统文件夹, 走到C

JDBC程序优化--提取配置信息放到属性文件中 此处仅仅优化JDBC连接部分,代码如下: public class ConnectionFactory { private static String driver; private static String dburl; private static String user; private static String password; private static final ConnectionFactory factory=new Co

对于文件比较复杂的时候,为了获取文件中的信息,需要一些比较特殊的函数,比如,getline().replace().atoi,atof等 例子一,读取以下文件中的数据,并保存进一个类里面. 首先,类的定义如下,感觉是struct,但是按照struct的处理,我这段代码出错了,不知道什么问题,暂时po出来吧,有空看看. struct ImageLabel{ std::string imagePath;//save图片路径名 ];//输入点集的最外层包络矩形rect四个参数 *LandmarkPoi

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

论文系统Step1:从日志记录中提取特定信息 前言 论文数据需要,需要实现从服务器日志中提取出用户的特定交互行为信息.日志内容如下: 自己需要获取"请求数据包一行的信息"及"OUTSTR"下一行的信息. 思路 考虑使用正则表达式提取特定信息. 示例代码: Pattern pattern = Pattern.compile("请求数据包信息:\"(.+?)\""); Matcher matcher = pattern.match

在整理照片/视频时想根据实际拍摄时间重命名文件,但 System.IO.FileInfo 只能获取到文件的创建时间或最后写入时间,不符合要求,遂寻找解决方案 方案 1: System.Drawing c#从相机拍摄的照片中提取拍摄时间 static void Main(string[] args) { var file = @"D:\image\IMG_6789.JPG"; var image = Image.FromFile(file); var propItems = image.

写了2个脚本,分别是v1版本和v2版本 都是python调用mediainfo工具提取视频元数据信息 v1版本是使用pycharm中测试运行的,指定了视频路径 v2版本是最终交付给运营运行的,会把v2版本打成exe运行 先看v1版本 import os,subprocess,json,re,locale,sys import xlwt,time,shutil #获取当前文件所在绝对目录路径 # this_path=os.path.abspath('.') # print('当前路径为----',

在讲解提取css之前,我们先看下项目的架构如下结构: ### 目录结构如下: demo1 # 工程名 | |--- dist # 打包后生成的目录文件 | |--- node_modules # 所有的依赖包 | |--- app | | |---index | | | |-- views # 存放所有vue页面文件 | | | | |-- index.vue | | | | |-- list.vue | | | |-- components # 存放vue公用的组件 | | | |-- js

摘自 Ajax获取 Json文件提取数据 1. json文件内容(item.json) [ { "name":"张国立", "sex":"男", "email":"zhangguoli@123.com", "url":"./img/1.jpg" }, { "name":"张铁林", "sex&quo

前言 标注数据导出文件是json格式的,也就是python的dict格式,需要读取标注结果,可以使用c++或者python,本文使用c++实现的. JsonCpp简介 JsonCpp是一种轻量级的数据交换格式,是个跨平台的开源库,可以从github和sourceforge上下载源码.查找资料的过程中发现另一个开源库RapidJson,有时间可以了解一下. JsonCpp使用 1.安装JsonCpp开源库: $ sudo apt-get install libjsoncpp-dev 2.根据jso

jks是JAVA的keytools证书工具支持的证书私钥格式.pfx是微软支持的私钥格式. cer是证书的公钥. 如果是你私人要备份证书的话记得一定要备份成jks或者pfx格式,否则恢复不了. 简单来说,cer就是你们家邮箱的地址,你可以把这个地址给很多人让他们往里面发信.pfx或jks就是你家邮箱的钥匙,别人有了这个就可以冒充你去你家邮箱看信,你丢了这个也没法开邮箱了 ===================== ===================== https://blog.csdn.n

说明: ①Elm格式: PLMD ID    Uniprot Accession    Position     Type     Sequence   Species    PMIDsPlMD编号 Uniprot数据库编号         位点 翻译后修饰类型 序列信息 物种 PMID PLMD-1   O00115     52     Ubiquitination  MIPLLLAALLCVPAGALTC Homo sapiens   21963094;23266961 ②代码说明:从上述

方法1: 原版PFX证书 openssl pkcs12 -in myssl.pfx -nodes -out server.pem 提取私钥 openssl rsa -in server.pem -out server.key 提出公钥 openssl x509 -in server.pem -out server.crt 方法2: 2.从pfx提取密钥信息,并转换为key格式(pfx使用pkcs12模式补足) (1)提取密钥对 openssl pkcs12 -in 1.pfx -nocerts

从APNIC提取IP信息 https://blog.csdn.net/nullzeng/article/details/17538009 Apnic介绍简而言之,Apnic是全球5个地区级的Internet注册机构(RIR)之一,负责亚太地区的以下一些事务:(1)分配IPv4和IPv6地址空间,AS号(2)为亚太地区维护Whois数据库(3)反向DNS指派(4)在全球范围内作为亚太地区的Internet社区的代表更详细的Apnic介绍文档请参见:http://www.apnic.net/abou

给你一个SAM文件,如何提取出登录密码? SAM文件 ① LMHASH Administrator:500:0182bd0bd4444bf867cd839bf040d93b:c22b315c040ae6e0efee3518d830362b::: Guest:501:aad3b435b51404eeaad3b435b51404ee:31d6cfe0d16ae931b73c59d7e0c089c0::: HelpAssistant:1000:132893a93031a4d2c70b0ba3fd876

前一阵子我们介绍了如何启动Scrapy项目以及关于Scrapy爬虫的一些小技巧介绍,没来得及上车的小伙伴可以戳这些文章: 手把手教你如何新建scrapy爬虫框架的第一个项目(上) 手把手教你如何新建scrapy爬虫框架的第一个项目(下) 关于Scrapy爬虫项目运行和调试的小技巧(上篇) 关于Scrapy爬虫项目运行和调试的小技巧(下篇) 今天我们将介绍在Scrapy中如何利用Xpath选择器从HTML中提取目标信息.在Scrapy中,其提供了两种数据提取的方式,一种是Xpath选择器,一种是C

1. RPM 包校验 $ rpm -V 已安装的包名 选项 释义 -V (verify) 校验指定 RPM 包中的文件 (1) 验证内容中的 8 个信息的具体内容如下 信息名称 释义 S 文件大小是否改变 M 文件的类型或文件的权限 (rwx) 是否被改变 5 文件 MD5 校验和是否改变(可以看成文件内容是否改变) D 设备的主从代码是否改变 L 文件路径是否改变 U 文件的属主(所有者)是否改变 G 文件的属组是否改变 T 文件的修改时间是否改变 (2) 文件类型 类型名称 释义 c (co

delphi获取Exe文件版本信息的函数 Type TFileVersionInfo = Record FixedInfo:TVSFixedFileInfo; {版本信息} CompanyName:String; {公司名称} FileDescription:String; {说明} FileVersion:String; {文件版本} InternalName:String; {内部名称} LegalCopyright:String; {版权} LegalTrademarks:String;