Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

pysam模块 因为要分析sam文件中序列的情况,因此要对reads进行细分,所以之前想用数据库将sam文件信息存储,然后用sql语句进行分类.后来发现很麻烦,pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块,可以轻松地对reads进行操作. 1.安装Pysam $ pip install pysam 2.检查是否安装成功 import pysam # 注意,此步是进入python交互环境 3.读取bam文件 import pys

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

安装pysam后,import之,结果,出现报错: Library not loaded: libcurl.4.dylib 尝试很多办法,最终发现应当这样解决: # 首先重装curl brew install curl # 然后执行下面命令 .dylib /usr/lib/libcurl..dylib.bk .dylib /usr/lib/libcurl..dylib Ref http://stackoverflow.com/questions/23089718/using-pycurl-in-

什么是soft-clipped reads 当基因组发生某一段的缺失,或转录组的剪接,在测序过程中,横跨缺失位点及剪接位点的reads回帖到基因组时,一条reads被切成两段,匹配到不同的区域,这样的reads叫做soft-clipped reads,这些reads对于鉴定染色体结构变异及外源序列整合具有重要作用. 什么是multi-hits reads 由于大部分测序得到的reads较短,一个reads能够匹配到基因组多个位置,无法区分其真实来源的位置.一些工具根据统计模型,如将这类reads

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

Summary Info: Logical Reads :    Reading Data pages from CachePhysical Reads :    Reading Data pages from Hard DiskBuffer Cach Hit Ratio:  (logical reads – physical reads)/logical read * 100% Logical ReadsLogical read indicates total number of data p

ERROR 1418 (HY000): This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declaration and binary logging is enabled (you *might* want to use the less safe log_bin_trust_function_creators variable) 错误的原因: Mysql配置了复制,复制功能也就意味着Master

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方

主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集合,我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法. 为了提高计算速度,它有一些后台代码是使用C来实现的,为了方便一些简单的前端是用Python编写的. Falcon不是一个傻瓜的组装工具(除了很小的基因组),为了得到最好的结果,你可能需要了解各种分布式计算系统和一些基本的基因组组装理论.FAQ

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装. 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装.long insert library; preprocessed; Overlap-Layout-Consensus algorithm 混合de novo组装.combination of PacBio and short read d

改编: python ~/tools2assemble/run_fastuniq.py SHT-3K-1_1.fq.gz SHT-3K-1_2.fq.gz 好像不支持gz文件,要先解压 http://sourceforge.net/projects/fastuniq/ 下载: http://sourceforge.net/projects/fastuniq/files/FastUniq-1.1.tar.gz/download 如果下载下来文件名是download 改一下名字 这是个tar.gz文

/* * Copyright (C) 2016 Stephen Ostermiller * http://ostermiller.org/contact.pl?regarding=Java+Utilities * * This program is free software; you can redistribute it and/or modify * it under the terms of the GNU General Public License as published by *

就是指唯一比对的reads 现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了,而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果.因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性,MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10,那就是1/10的概率会出现这个比对结果,如果我们认为0.05%是一个小概率的话,那个mapq值为15就可以用于筛选了, 如果认为0.01%是个小概率的话,mapq值为20就可以用于筛选了.但是人们往往从30这个值开始试起(1/1000的概率),如果它

14.5.2.4 Locking Reads 锁定读: 如果你查询数据然后插入或者修改相关数据在相同的事务里, 常规的SELECT 语句不能给予足够的保护. 其他事务可以修改或者删除你刚查询相同的记录,InnoDB 支持2个锁定读的类型提供额外的安全: /******************* 测试MYSQL RR 的重复读: CREATE TABLE `t3` ( `sn` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT COMMENT '自增编号', `phoneNo` in

14.5.2.3 Consistent Nonlocking Reads 一致性非锁定读 一致性读意味着 InnoDB 使用多版本来实现一个查询数据库的快照在某个时间点. 查看看到的事务做出的改变被提交了在那个时间点前, 随后没有改变或者没有提交的事务. 这个例外是这个规则是查询看到的改变通过早期的语句在相同的事务里, 这个列外导致下面的异常: 如果事务隔离级别是REPEATABLE READ (the default level),所有一致性读在相同的事务 读取通过第一次这样的读在事务里创建的

  原址:http://blog.chinaunix.net/uid-20639775-id-3031821.html   This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL解决办法 创建存储过程时 出错信息: ERROR 1418 (HY000): This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declaration and binary loggi

Session 1: Session 2: mysql> show variables like '%tx_isolation%'; +---------------+-----------------+ | Variable_name | Value | +---------------+-----------------+ | tx_isolation | REPEATABLE-READ | +---------------+-----------------+ 1 row in set (

14.3.2.4 Locking Reads 锁定读 如果你的查询数据,然后插入或者更新相关的数据 在同一个事务, 普通的SELECT 语句不足以给予足够保护. 其他事务可以更新或者删除相同的你要查询的记录,InnoDB 支持2种类型的锁定读,提供额外的安全: 1.SELECT ... LOCK IN SHARE MODE 设置一个共享的lock 在任何被读取的记录上. 其他会话可以读记录, 但是不能修改它们直到你的事务提交. 如果这些行中的任何记录被其他会话修改,而没有提交, 你的查询等待直到

14.3.2.3 Consistent Nonlocking Reads 一致性非锁定读 一致性读 意味着 InnoDB 使用多版本来保护查询一个数据库在当前时间点的快照. 查询看到被事务做出的修改, 在那个时间点之前提交的, 随后没有改变或者没有提交事务. 例外是查询看到了在同一个会话里的更早的语句的修改.. 这个例外导致了下面的异常:如果你更新表的一些记录,一个SELECT 看到的更新记录的最新的版本, 但是也看到了老版本的记录.如果其他会话同时更新相同的表,异常意味着你会按到数据库中从未出