我们的云平台上的GO富集分析工具,需要输入的文件表格和参数很简单,但很多同学都不明白其中的原理与结果解读,这个帖子就跟大家详细解释~ 一.GO富集介绍:       Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表(controlled vocabulary)来全面描述生物体中基因和基因产物的属性.GO总共有三个ontology(本体),分别描述基因的分子功能(molecular function).细胞组分(cellular compon

来源商业新知网,原标题:15步,你就能拥有自己的Python程序包 全文共 3192 字,预计学习时长 6 分钟 每个软件开发员和数据科学家都难免要做程序包.本文推荐一篇 Python开源程序包的制作指南,希望这个包含了具体操作步骤的指南能让你在构建程序包时不用花那么多耐心和时间. ( 适用于macOS系统的Python3.7版本) 尝试着自己去构建美丽的东西吧! 第1步:制定计划 我们的最终目的是制作一个很简单的Python库,它能够让用户轻松地将Jupyter笔记本转换为HTML文件或Pyt

利用 --user 参数,即 pip install --user package_name 这样会将Python 程序包安装到 $HOME/.local 路径下,其中包含三个字文件夹:bin,lib 和 share. 然后修改 .bash_profile 文件使得 $HOME/.local/bin 目录下的程序加入到环境变量中 export PATH=$HOME/.local/bin:$PATH 参考资料: http://stackoverflow.com/questions/7143077/

原文地址 :http://blog.jobbole.com/47619/ 虽然不是所有的Python程序都需要严格的性能分析,不过知道如何利用Python生态圈里的工具来分析性能,也是不错的. 分析一个程序的性能,总结下来就是要回答4个问题: 它运行的有多快? 它的瓶颈在哪? 它占用了多少内存? 哪里有内存泄漏? 接下来,我们会着手使用一些很棒的工具,来帮我们回答这些问题. 粗粒度的计算时间 我们先来用个很快的方法来给我们的代码计时:使用unix的一个很好的功能 time. 1 2 3 4 5

操作系统 : CentOS7.3.1611_x64 python版本:2.7.5 问题描述 1.Python开发的程序在使用过程中很慢,想确定下是哪段代码比较慢: 2.Python开发的程序在使用过程中占用内存很大,想确定下是哪段代码引起的: 解决方案 使用profile分析分析cpu使用情况 profile介绍: https://docs.python.org/2/library/profile.html 可以使用profile和cProfile对python程序进行分析,这里主要记录下cPr

关于我 一个有思想的程序猿,终身学习实践者,目前在一个创业团队任team lead,技术栈涉及Android.Python.Java和Go,这个也是我们团队的主要技术栈. Github:https://github.com/hylinux1024 微信公众号:终身开发者(angrycode) 当我们开发了一个开源项目时,就希望把这个项目打包然后发布到pypi.org上,别人就可以通过pip install的命令进行安装.本文的教程来自于Python官方文档,如有不正确的地方欢迎评论拍砖. 0x0

列出当前安装的包: pip list 列出可升级的包: pip list --outdate 升级一个包: pip install --upgrade requests // mac,linux,unix 在命令前加 sudo -H 升级所有可升级的包: pip默认源由于墙,所以速度很慢,可使用第三源提高速度: vim ~/.pip/pip.conf [global] trusted-host = mirrors.aliyun.com index-url = http://mirrors.ali

最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways Pathways KEGG (Homo sapiens (human)) 59 17 3586 141 3.32E-11 ------------ set in set background in background

原文网址:http://blog.csdn.net/gebitan505/article/details/19044857 本文主要介绍如何使用tcpdump和wireshark对Android应用程序进行抓包并分析,需要说明的是在抓包之前,你的Android设备必须root过了,另外你的电脑必须有Android SDK环境. 下载并安装tcpdump tcpdump链接:http://www.tcpdump.org/ 选择一个版本下载并解压提取出其中呃tcpdump文件,然后push到你的手机

<原创不易,转载请标明出处:https://www.cnblogs.com/bandaobudaoweng/p/10785766.html> 开发Python程序,需求中需要用到Java代码,Python作为"胶水"语言能够很好的实现这种需求.具体实现的过程如下: 语言及包版本:python3.7(64位).jdk1.8.0_271.JPype1-1.2.1-cp37-cp37m-win_amd64(64位) 编辑器:eclipse.pycharm Jpype:得到离线包之

python的程序是由模块组成的,一个python文件就是一个模块,而模块一般由代码,函数,或者类组成.创建baiduHq.py模块(文件),在该模块中编写变量,函数,类,来说明在一个模块中,变量的输出,函数的调用,类的调用,见源码: #baiduHq.py #coding:utf-8hello='hello world'def add(a,b): return a+bclass index(object): def __init__(self): pass def add(self,a,b):

rpm 简介 RPM包管理员(简称RPM,全称为The RPM Package Manager)是在Linux下广泛使用的软件包管理器.RPM此名词可能是指.rpm的文件格式的软件包,也可能是指其本身的软件包管理器(RPM Package Manager).最早由Red Hat研制,现在也由开源社区开发.RPM通常随附于Linux发行版,但也有单独将RPM作为应用软件发行的发行版(例如Gentoo).RPM仅适用于安装用RPM来打包的软件,目前是GNU/Linux下软件包资源最丰富的软件包类型之

在Ubuntu下安装Python模块通常有3种方法:1)使用apt-get:2)使用pip命令(推荐);3)easy_instal 可安装方法参考:[转]linux和windows下安装python集成开发环境及其python包 ——[二.安装] 参考:[Install Python packages on Ubuntu 14.04] 使用pip安装以下包时可能会出现问题(某些基础库缺失),导致安装失败,所以可确定系统中是否存在以下基础库: Ubuntu dependencies A varie

概述 “工欲善其事,必先利其器”,如果说编程是程序员的手艺,那么IDE就是程序员的吃饭家伙了. IDE 的全称是Integration Development Environment(集成开发环境),一般以代码编辑器为核心,包括一系列周边组件和附属功能.一个优秀的IDE,最重要的就是在普通文本编辑之外, 提供针对特定语言的各种快捷编辑功能,让程序员尽可能快捷.舒适.清晰的浏览.输入.修改代码.对于一个现代的IDE来说,语法着色.错误提示.代码折 叠.代码完成.代码块定位.重构,与调试器.版本控制

scapy介绍:  在python中可以通过scapy这个库轻松实现构造数据包.发送数据包.分析数据包,为网络编程之利器! scapy安装: pip install scapy   ======> scapy不是内置模块,故需要额外安装 导入scapy方式: from scapy.all import * 构造包: a = Ether()/IP(dst='114.114.114.114')/TCP(dport=80)/应用层数据 print(a.show())  ======> 可以先通过a.

概述 “工欲善其事,必先利其器”,如果说编程是程序员的手艺,那么IDE就是程序员的吃饭家伙了. IDE的全称是Integration Development Environment(集成开发环境),一般以代码编辑器为核心,包括一系列周边组件和附属功能.一个优秀的IDE,最重要的就是在普通文本编辑之外,提供针对特定语言的各种快捷编辑功能,让程序员尽可能快捷.舒适.清晰的浏览.输入.修改代码.对于一个现代的IDE来说,语法着色.错误提示.代码折叠.代码完成.代码块定位.重构,与调试器.版本控制系统(

在python程序中的进程操作 之前我们已经了解了很多进程相关的理论知识,了解进程是什么应该不再困难了,刚刚我们已经了解了,运行中的程序就是一个进程.所有的进程都是通过它的父进程来创建的.因此,运行起来的python程序也是一个进程,那么我们也可以在程序中再创建进程.多个进程可以实现并发效果,也就是说,当我们的程序中存在多个进程的时候,在某些时候,就会让程序的执行速度变快.以我们之前所学的知识,并不能实现创建进程这个功能,所以我们就需要借助python中强大的模块. multiprocess模块

转自:https://my.oschina.net/markco/blog/601773 利用meliae来监控python进程的内存占用情况 meliae是一个python进程内存占用监控.分析工具,它的安装需要依赖pyrex包. 一.安装: 安装python内存分析工具sudo pip install cythonsudo pip install meliae 二.使用: meliae会把某个时刻的内存给dump到一个文件中,然后再对该文件进行分析,当我们的某个python程序占用内存很大,

想必大家都看过吧 Python编程从入门到实践 全书共有20章,书中的简介如下: 本书旨在让你尽快学会 Python ,以便能够编写能正确运行的程序 —— 游戏.数据可视化和 Web 应用程序,同时掌握让你终身受益的基本编程知识.本书适合任何年龄的读者阅读,它不要求你有任何 Python 编程经验,甚至不要求你有编程经验.如果你想快速掌握基本的编程知识以便专注于开发感兴趣的项目,并想通过解决有意义的问题来检查你对新学概念的理解程度,那么本书就是为你编写的.本书还可供初中和高中教师用来通过开发项目

昨日内容回顾 操作系统纸带打孔计算机批处理 —— 磁带 联机 脱机多道操作系统 —— 极大的提高了CPU的利用率 在计算机中 可以有超过一个进程 进程遇到IO的时候 切换给另外的进程使用CPU 数据隔离 进程与进程之间的数据是隔离的 时空复用 在同一时刻 多个程序宏观上的并行分时系统 —— 反而降低了CPU的效率 提高了用户体验 将时间分片 每一个进程都能够使用CPU一个时间片的时间 时间片轮转 一个进程在使用cpu的时候时间片到了, 就会切换到另一个进程实时系统 —— 实时的响应任务 有一个进

LFD,非官方的Windows二进制文件的Python扩展包 LFD,非官方版本.32和64位.Windows.二进制文件.科学开源.Python扩展包 克里斯托夫·戈尔克(by Christoph Gohlke),LFD(荧光动力学实验室),加利福尼亚大学,Irvine, 网址:http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ ------------------------------ A APSW,另一个Python Sqlite封装. Aspell-p