pysam模块 因为要分析sam文件中序列的情况,因此要对reads进行细分,所以之前想用数据库将sam文件信息存储,然后用sql语句进行分类.后来发现很麻烦,pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块,可以轻松地对reads进行操作. 1.安装Pysam $ pip install pysam 2.检查是否安装成功 import pysam # 注意,此步是进入python交互环境 3.读取bam文件 import pys

主要来自:[ python中使用xlrd.xlwt操作excel表格详解 ] 为了方便阅读, 我将原文两个模块拆分为两篇博文: [ python 读 excel 模块: xlrd ] [ python 写 excel 模块: xlwt ] xlrd 基本操作 这个过程有几个比较麻烦的问题,比如读取日期.读合并单元格内容. 读一个有2个 sheet 的 excel 文件, 读入sheet2的内容, 内容如下: 使用 python 读入 #!/usr/bin/env python # -*- cod

Python读字节某一位的值,设置某一位的值,二进制位操作   在物联网实际应用项目开发中,为了提升性能,与设备端配合,往往最终使用的是二进制字节串方式进行的通信协议封装,更会把0和1.True和False.Yes和No这样的布尔值每8个只占用一个字节,用字节中的位来表示.减少传输量,减少对网络稳定性的要求.这就带来了要怎么读某个字节中每一位的值和怎么设置每一位的值的问题.   这几天再写培训演示代码,顺便就写了两个函数,解决字节位值读写问题,现在分享给大家.   下面直接上代码,在Python

Python读excel——xlrd Python读取Excel表格,相比xlwt来说,xlrd提供的接口比较多,但过程也有几个比较麻烦的问题,比如读取日期.读合并单元格内容.下面先看看基本的操作: 图表数据 整体思路为,打开文件,选定表格,读取行列内容,读取表格内数据详细代码如下: import xlrd from datetime import date,datetime file = 'test3.xlsx' def read_excel(): wb = xlrd.open_workboo

python读文件判断是否已到EOF,也即结尾,一般其它语言都是以EOF直接来判断的,比如 if ( fp.read(chunk_size) == EOF), 但python到结尾后是返回空字符串的,所以python可以这样判断: fp = open('path/to/file', 'r', encoding='utf-8') str = '' try: while True: s = fp.read(10) if s == '': break str += s finally: fp.clos

python读文件经常会出现 UnicodeDecodeError: 'gbk' codec can't decode byte 0xbd in position 764: illegal multibyte sequence 解决方法: 以"rb",方式读再以一定的方式解码,如"UTF-8","UTF-16", "gbk" with open(log_path, 'rb') as fd: lines = [l.decode(

第一种方法 #encoding=utf-8 file = open("./man_data.txt","r") try: print file.read() finally: file.close() 第二种方法 #encoding=utf-8 try: with open('./man_data.txt','r') as man_file: data=man_file.read() print data except IOError as err: print('

上节简单的说明了一下Pyhon下的文件读写基本流程,从本节开始,我们做几个小例子来具体展示一下Python下的文件操作,本节主要是详细讲述Python的文件读操作. 下面举一个例子,例子的功能是读取当前目录下的a.txt文本文件里的内容并输出打印到屏幕上.下图是运行结果.        程序代码如下: rfile = open("a.txt", 'r') words = rfile.read() print words rfile.close() 代码第一行的作用是以只读的方式打开当前

前文5.2节和5.4节分别就Python下读文件操作做了基础性讲述和提升性介绍,但是仍有些问题,比如在5.4节里涉及到一个多次读文件的问题,实际上我们还没有完全阐述完毕,下面这个图片的问题在哪呢? 问题在于,为何调用两次readline?文本文件a.txt里我们已知有两行文本,所以我们用两次readline把a.txt文本里的内容全部读取出来了,实际上通常程序是不知道某个文件里有多少行数据的,那怎样编写一个通用的程序无论文件里有多少行我们都可以通过程序把它全部读出来呢?这里需要将文件的读写和循环

文件 runoob.txt 的内容如下: 1:www.runoob.com2:www.runoob.com3:www.runoob.com4:www.runoob.com5:www.runoob.com 循环读取文件的内容: #!/usr/bin/python # -*- coding: UTF-8 -*- # 打开文件 fo = open("runoob.txt", "rw+") print "文件名为: ", fo.name line = f

记录一下,如何实现的,代码如下: #!/usr/bin/env python # coding=utf-8 # 打开文件 import xlwt import re import sys bookfile = xlwt.Workbook(encoding='utf-8') table = bookfile.add_sheet('data',cell_overwrite_ok=True) table_head = ['日志路径', '触发条件','级别','内容'] for i in range(

三个工具包 python操作excel的三个工具包如下 xlrd: 对excel进行读相关操作 xlwt: 对excel进行写相关操作 xlutils: 对excel读写操作的整合 注意,只能操作.xls,不能操作.xlsx 这三个工具包都可以直接使用pip进行下载: sudo pip install xlrd sudo pip install xlwt sudo pip install xlutils 写excel import xlwt wbk = xlwt.Workbook(encodin

读写文件是最常见的IO操作.Python内置了读写文件的函数. 读写文件前,我们先了解一下,在磁盘上读写文件的功能都是有操作系统提供的,现代操作系统不允许普通的程序直接操作磁盘,所以,读写文件就是请求操作系统打开一个文件对象,然后通过操作系统提供的接口从这个文件对象中读取数据(读文件),或者把数据写入这个文件对象(写文件). 读文件(txt|csv) 1)读txt,'r'表示读 2)读csv并输出所有内容 3)如果文件不存在,会给出错误 4)关闭文件 f.close() 5)with语句自动帮助

Windows系统下,这种情况发生在读取文件,再写入过程中出现. 原因是读完文件后python不知道当前文件位置在哪里. 方法一是:在关闭文件前只做读或者写一种操作. 方法二是:在写入文件前使用file.seek()函数,指定插入/读取文本的位置 一点的方法是在写入文件前用fseek(),或者fsetpos()设定插入文本的位置. seek(offset[, whence])     whence    0:表示当前文件位置在文件开头    1:表示在上次read后的地方    2:表示在文件末

1.安装pyhdf包 (1)通过此链接查找并下载pyhdf包:https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pygame(根据自己的系统及python版本选择对应的pyhdf包) (2)在dos命令行下切换到包所在的文件夹,并运行pip install 包名进行安装. 2.读hdf4文件 #导入包 from pyhdf.SD import * from osgeo import osr import numpy as np (1)#读取文件 file="

chapter2 and 3: 使用Python IDE来交互式地测试表达式 编写Python程序并且从IDE运行,或者从命令行运行 导入模块及调用它们的函数 声明函数以及doc string.局部变量和适当的缩进的使用 定义dictionary.tuple和list 任意一个对象的访问方法,包括:字符串.list.dictionary.函数和模块 通过字符串格式化连接值 使用list解析映射list为其他的list 把字符串分割为list和把list连接为字符串

1.sys模块 需要模块:sys参数个数:len(sys.argv)脚本名:    sys.argv[0]参数1:     sys.argv[1]参数2:     sys.argv[2] test.py import sys print 'scripy name is',sys.argv[0] tmp = len(sys.argv) for each in range(1,tmp): print 'arv',each,sys.argv[each] 运行时输入:python test.py hes

#读csv,excel,json数据 with open('E:\\test\\xdd.csv','r') as f: for line in f.readlines(): print(line) import pandas df = pandas.read_csv('E:\\test\\xdd.csv') print(df) import pandas df = pandas.read_excel('E:\\test\\aa.xls') print(df) import json with o

一.利用csv库创建文件 首先导入csv文件 import csv 根据指定的path创建文件: def create_csv(path): with open(path, "w+", newline='') as file: csv_file = csv.writer(file) head = ["name","sex"] csv_file.writerow(head) 注意:open函数的参数newline的作用,处理csv读写时不同换行符 

对于大多数的CSV 格式的数据读写问题,都可以使用csv 库 1. 直接读csv 以下是要操作的csv文件内容 import csv with open(r'C:\Temp\f.csv') as f: f_csv=csv.reader(f) headers=next(f_csv) for row in f_csv: print(row) 这里的row是元组,为了访问某个字段,你需要使用下标,如row[0] 访问Summary, row[4] 访问Issue key. 用namedtuple 2.

文件的读写操作默认使用系统编码,可以通过调用sys.getdefaultencoding() 来得到.在大多数机器上面都是utf-8 编码.如果你已经知道你要读写的文本是其他编码方式,那么可以通过传递一个可选的encoding 参数给open() 函数.如下所示:with open('somefile.txt', 'rt', encoding='latin-1') as f:...Python 支持非常多的文本编码.几个常见的编码是ascii, latin-1, utf-8 和utf-16.在w