前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来.比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力.   因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vc

项目中要用到这个,所以记录一下. python下读取excel文件方法多种,用的是普通的xlrd插件,因为它各种版本的excel文件都可读. 首先在https://pypi.python.org/pypi/xlrd下载插件安装,命令是“python setup.py install”,然后直接import xlrd就可以了. 下面是找到的现成函数,一个是按表的索引读,一个是按表名读,其实都一样啦. import xlrd def open_excel(filename= 'file.xls'):

Delphi中使用python脚本读取Excel数据2007-10-18 17:28:22标签:Delphi Excel python原创作品,允许转载,转载时请务必以超链接形式标明文章 原始出处 .作者信息和本声明.否则将追究法律责任.http://seewind.blog.51cto.com/249547/46669前段时间,在正式项目中使用Python来读取Excel表格的数据.具体需求是,项目数据库中有些数据需要根据Excel表格里面的数据进行一些调整,功能应该比较简单.为了学习Pyth

Python逐块读取大文件行数的代码 - 为程序员服务 python数文件行数最简单的方法是使用enumerate方法,但是如果文件很大的话,这个方法就有点慢了,我们可以逐块的读取文件的内容,然后按块来数块内的\n数,从而确定行数. 如下实现代码: def blocks(file, size=65536): while True: b = files.read(size) if not b: break yield b with open("file", "r")

关于python读取xml文章很多,但大多文章都是贴一个xml文件,然后再贴个处理文件的代码.这样并不利于初学者的学习,希望这篇文章可以更通俗易懂的教如何使用python 来读取xml 文件. 什么是xml? xml即可扩展标记语言,它可以用来标记数据.定义数据类型,是一种允许用户对自己的标记语言进行定义的源语言. abc.xml <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> <catalog> <max

python在读取文件时出现“UnicodeDecodeError:'gbk' codec can't decode byte 0x89 in position 68: illegal multibyte sequence”错误 翻译为:“GBK”编解码器不能解码位置68中的字节0x89:非法多字节序列 可能是解码的时候读取文件和编辑器所用的编码导致的(我读取的文档是UTF - 8,但pycharm是GBK). 解决办法有两种: 第一种: f= open('file','r', encoding

Python json 读取 json 文件并转为 dict 在 D 盘 新建 test.json: { "test": "测试\n换行", "dict": { "list": [0, "str\""], "num": 0 } } json 格式编写: json 格式大致以 python 的 dict {} 格式来编写即可,只是要注意字符串不能用单引号'  ',一定要用双引号&

Python+Pandas 读取Oracle数据库 import pandas as pd from sqlalchemy import create_engine import cx_Oracle db=cx_Oracle.connect('userid','password','10.10.1.10:1521/dbinstance') print (db.version) cr=db.cursor() sql='select * from sys_user' cr.execute(sql)

python文件读取和写入案例  直接上代码吧 都是说明 百度上找了很多,最终得出思路 没有直接可以读取修改的扩展,只能先读取,然后复制一份,然后在复制出来的文件里面追加保存 然后删除读的那个,但是缺点是有的部分样式会缺失 # -*- coding: utf-8 -*- import xlrd #excel读取扩展库 from datetime import datetime from xlrd import xldate_as_tuple #excel追加修改扩展库 from xlutils.

一.python文件读取 1.基本操作 读取文件信息时要注意文件编码,文件编码有UFT-8.ASCII或UTF-16等. 不过在python中最为常用的是UTF-8,所以如果不特别说明就默认UTF-8编码. 读取文件可以使用 rt 模式下的 open()函数,示例如下: #以字符串的形式读取一个文件 with open('somefile.txt', 'rt') as f: data = f.read() with open('somefile.txt', 'rt') as f: for lin

在代码实现的过程中,我们经常选择将一些固定的参数值写入到一个单独的配置文件中.在python中读取配置文件官方提供了configParser方法. 主要有如下方法(找官文):   (这家伙很懒,直接复制官方文档尴尬) 使用方法如下: import configparser config = configparser.ConfigParser() config.read(configFilePath) config.get(section=section, option=option) 写的比较简

参考:XML DOM 参考手册(w3school) 参考:python专题-读取xml文件 参考:请问用python怎么修改xml的节点值? 1. 读取标签内的文本(Python) 如下的 xml 文件一部分,读取里面的经纬度 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> <ProductMetaData> <SatelliteID>GF1</SatelliteID> <Sens

Python之读取用户指令和格式化打印 一.读取用户指令 当你的程序要接收用户输入的指令时,可以用input函数: name = input("请输入你的名字:") print("Hi " + name) 程序中只要有input函数就会等待用户输入完并按回车键之后才会继续往下执行代码 注:input()函数接收得到的值只是字符串,即使你输入的是数字或者其他数据类型的值,它也会把数字按照字符串处理,即接收得到值只会字符串. 二.格式化打印 假设现在需要打印出以下格式的

一.yaml简介 yaml:一种标记语言,专门用来写配置文件. 二.yaml基础语法 区分大小写: 使用缩进表示层级关系: 使用空格键缩进,而非Tab键缩进 缩进的空格数目不固定,只需要相同层级的元素左侧对齐: 文件中的字符串不需要使用引号标注,但若字符串包含有特殊字符则需用引号标注: 注释标识为# 三.yaml的数据结构 对象:键值对的集合(简称 "映射或字典") 键值对用冒号 “:” 结构表示,冒号与值之间需用空格分隔 数组:一组按序排列的值(简称 "序列或列表"

1.如何将一个“lessons.txt”文档一行行输出? myfile = file(‘lessons.txt’) for f in myfile.readlines(): print f myfile.close() #-*- coding:utf-8 -*- file_path = "C:\\Users\\Administrator\\workspace\\template.txt" with open(file_path,'r') as f: lines = f.readline

csv是Comma-Separated Values的缩写,是用文本文件形式储存的表格数据,比如如下的表格: 就可以存储为csv文件,文件内容是:No.,Name,Age,Score1,Apple,12,982,Ben,13,973,Celia,14,964,Dave,15,95假设上述csv文件保存为"A.csv",如何用Python像操作Excel一样提取其中的一列,即一个字段,利用Python自带的csv模块,有两种方法可以实现: 第一种方法使用reader函数,接收一个可迭代的

刚接触Python学习,正准备做个爬虫的例子,谁知道代码一开始就遇到了一个大坑,狂汗啊. 问题是这样的:我通过代码爬取了博客园首页的HTML代码并存入到blog.txt文件当中,然后准备读取出来之后进行分析,可就在读取文件的这一步出现了问题. 执行读取代码的时候程序总是会抛一个叫 “UnicodeEncodeError: 'gbk' codec can't encode character '\xbb' in position 117274: illegal multibyte sequence

方法一: 复制代码代码如下: f = open("foo.txt")             # 返回一个文件对象  line = f.readline()             # 调用文件的 readline()方法  while line:      print line,                 # 后面跟 ',' 将忽略换行符      # print(line, end = '') # 在 Python 3中使用      line = f.readline()

在程序中使用配置文件来灵活的配置一些参数是一件很常见的事情,配置文件的解析并不复杂,在python里更是如此,在官方发布的库中就包含有做这件事情的库,那就是ConfigParser,这里简单的做一些介绍.ConfigParser解析的配置文件的格式比较象ini的配置文件格式,就是文件中由多个section构成,每个section下又有多个配置项,比如: [db] db_host=127.0.0.1 db_port=3306 db_user=root db_pass=password [concu

代码示例 #!/usr/bin/env python import xlrd, sys, re, os workbook = xlrd.open_workbook( sys.argv[1] )for booksheet in workbook.sheets(): for row in xrange(booksheet.nrows): p = list() i = 0 for col in xrange(booksheet.ncols): cel = booksheet.cell(row, col