q20 q30大于多少

2024-09-06

测序中Q20 Q30 Q40

你能给别人讲清楚这个概念吗? 二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的.碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%.行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比.例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%. Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率. 质量值是Q20,则错误识别的概率

统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of

16S 基础知识、分析工具和分析流程详解

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由

FASTQ 数据质量统计工具

主流工具: FastQC fqcheck readfq 拿到测序数据的第一步就是做质量控制 fqcheck之后得到的结果: 它会统计每条reads,按read 1-100位点计算每个位置的ACGTN含量,以及0-41质量值的个数最终会得到整体的错误率,GC,Q20,Q30 the default quality , sequences, total , average length:100.00 Standard deviations at 0.25: total 0.00%, per bas

使用FastqCount统计fastq文件基本信息？

目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/FastqCount 统计指标包括: Total Reads Total Bases N Bases Q20 Q30 GC 2. 使用压缩文件可搭配pigz使用更香. 单个fastq(.gz)文件: ./FastqCount input.fastq 多文件: pigz -dc R1.fastq.gz R2

通过sails和阿里大于实现短信验证

通过sails与阿里大于来实现注册短信验证码的发送,逻辑图如下 1.用户在客户端发送手机号给服务器,服务器接收到手机号,生成对应时间戳,随机四位数验证码 2.服务器将电话号码和验证码告诉阿里大于服务器,阿里大于服务器将验证码发送到对应手机 3.服务器将接受到的手机号,时间戳,验证码,与服务器秘钥(为了增加秘钥破解难度,提高安全)通过md5加密生成token,并且将token与时间戳发送到前端 4.前端接收到短信,输入验证码后,再把验证码,手机号,接收到的token1和时间戳发送到服务器进行验证

大于16MB的QSPI存放程序引起的ZYNQ重启风险

ZYNQ芯片是近两年比较流行的片子,双ARM+FPGA,在使用分立FPGA和CPU的场合很容易替代原来的分立器件. ZYNQ可以外接QSPI FLASH作为程序的存储介质. QSPI和SPI flash是串行接口的NOR FLASH,在设计支持,容量都比较小,所以协议中只留了3Bytes寻址,也就是最大16MB空间.但是随着工艺和技术的提升,现在32MB.64MB,甚至128MB和更大容量的SPI/QSPI flash都出现了. 以32MB为例,当需要访问大于16MB的地址是,新的器件提供了两种

U盘存放大于4G数据文件且无须格式化U盘的解决方法

现在优盘的容量越来越大了,价格越来越便宜,可是它也有个缺点,因为它默认的文件系统是"FAT32",这种文件系统最大只能保存4G的文件,超过4G的文件就不能保存在优盘上了,这样就不能来复制一些大文件了.其实我们可以在系统中进行简单设置,把优盘格式化成"NTFS"的文件系统,而"NTFS"文件系统则支持保存4G以上的文件. 一般的方法需要把先把"文件系统"默认的"FAT32"格式改成"NTFS&quo

ORA-01438: 值大于为此列指定的允许精度

Number的数据声明如下:表示作用说明Number(p, s) 声明一个定点数 p(precision)为精度,s(scale)表示小数点右边的数字个数,精度最大值为38,Number(p) 声明一个整数相当于Number(p, 0)Number 声明一个浮点数其精度为38,要注意的是scale的值没有应用,也就是说scale的指不能简单的理解为0,或者其他的数. 定点数的精

解决poshytip 表单高度大于屏幕高端显示问题

Poshy Tip是一款非常友好的信息提示工具,它基于jQuery,当鼠标滑向链接时,会出现一个信息提示条.信息的内容直接可以在HTML里设定也可以是从服务端调用的数据,该插件还提供了很多属性和方法. Poshy Tip 网上很多例子. 有些时候由于表单高度大于屏幕高度..就会显示不正确. 看了下源代码在327行 var pos = {l: 0, t: 0, arrow: ''}, $win = $(window), win = { l: $win.scrollLeft(), t: $w

EXT5 时间框控制(开始时间不能大于结束时间)

1.网上看的大部分代码都是利用vtype : 'dateRange' EXT的这个属性,但是可能由于环境问题还是怎么样,我就是实现不了想要的效果. 然后研究了一下,在时间框的listeners 监听里面写 'focus'事件在打开开始时间之前,先获取结束时间的值,设为最大值,意思就是说只能往前取,大于开始时间的日期一律禁用结束时间以此类推

centos下为大硬盘分区(大于2T)

问题:centos/redhat下使用分区工具fdisk创建大于2TB的分区,无法创建关键字:MBR.GPT.CHS.LBA MBR:主引导记录 GPT:GUID 分区表 CHS:磁柱磁头扇区 LBA:逻辑块寻址解决:使用分区工具gdisk进行分区,系统默认没有安装,可通过yum安装,gdisk与fdisk用法类似,只是分区类型代码有所不同 #yum -y install gdisk #gdisk /dev/sdb 扩展: MBR分区模式:MBR 将数据存储在大约 4 个分区上,这些分区

Android微信分享图片大于32k进行压缩

微信分享视频的时候,需要传一个图片数组,大小不能大于32k. 解决方案:使用Bitmap自带的compress方法解决了这个问题. 源码如下: <span style="font-size:14px;">package com.example.test; import java.io.ByteArrayOutputStream; import java.net.HttpURLConnection; import java.net.URL; import android.os

NetCore 阿里大于发送短信

使用阿里大于API发送短信,但阿里没有提供NetCore 的API,自己看了下源码重写了发短信这个部分 public class MessageSender { private readonly string _appKey; private readonly string _appSecret; private readonly string _serverUrl; public MessageSender(string url, string appKey, string appSecret

asp.net mvc短信接口调用——阿里大于API开发心得

互联网上有许多公司提供短信接口服务,诸如网易云信.阿里大于等等.我在自己项目里需要使用到短信服务起到通知作用,实际开发周期三天,完成配置.开发和使用,总的说,阿里大于提供的接口易于开发,非常的方便,短信费用是计数缴纳的,作为个人开发者,我使用的服务业务产生的费用为0.045￥/条(10万条以下). 现在要实现一个例会短信群发通知的功能,所有被通知对象信息均存于Mysql中,应用架构采用asp.net MVC .首先准备好获取的API各项(以下各项服务参数都需要在大于官网上申请), 申请好自己的短

css 图片内容在不同分辨率下居中显示(演示的图片宽度是1920px，当图片宽度大于显示屏的宽度时)

1.img 图片内容在不同分辨率下居中显示(如果隐藏多余,在img外面套一个div 设定overflow: hidden.div的大小就是img显示区域的大小) <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" /> <title>无标题文档</title&

js判断输入时间是否大于系统时间

validator.js中添加验证 beforeCurrentTime : {// 时间不能大于当前时间 validator : function(value) { var myDate = new Date(); var now = myDate.valueOf(); var time = new Date(value).valueOf(); if(now>time){ return true; }else{ return false; } },

转载：ORA-01438: 值大于为此列指定的允许精度

Number的数据声明如下: 表示作用说明Number(p, s) 声明一个定点数 p(precision)为精度,s(scale)表示小数点右边的数字个数,精度最大值为38,Number(p) 声明一个整数相当于Number(p, 0)Number 声明一个浮点数其精度为38,要注意的是scale的值没有应用,也就是说scale的指不能简单的理解为0,或者其他的数. 定点数的

进程物理内存远大于Xmx的问题分析

问题描述最近经常被问到一个问题,”为什么我们系统进程占用的物理内存(Res/Rss)会远远大于设置的Xmx值”,比如Xmx设置1.7G,但是top看到的Res的值却达到了3.0G,随着进程的运行,Res的值还在递增,直到达到某个值,被OS当做bad process直接被kill掉了. top - 16:57:47 up 73 days, 4:12, 8 users, load average: 6.78, 9.68, 13.31 Tasks: 130 total, 1 running, 123

linux下解压大于4G文件提示error: Zip file too big错误的解决办法

error: Zip file too big (greater than 4294959102 bytes)错误解决办法.zip文件夹大于4GB,在centos下无法正常unzip,需要使用第三方工具来解压,比如7zip在SHH或者终端下输入:yum –y install p7zip(如果提示找不到资源,则要自己下载编译安装,命令如:)wget http://nchc.dl.sourceforge.net/sourceforge/p7zip/p7zip_4.65_src_all.tar.bz2

q20 q30大于多少

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