Google了一下,现成的工具不多. 自己写代码也可以,就是速度肯定不快,而且每次写也很麻烦. 偶然看到QIIME的filter_fasta.py有这个功能,从name list中提取多个序列. filter_fasta.py -f extract_no_N_200.fasta -o remain.fasta -s out.list [REQUIRED] -f, --input_fasta_fp Path to the input fasta file -o, --output_fasta_fp

本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.

本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类   先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU.   接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表.   什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列

网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步.那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性.   因此我要举一个网络分析重要的例子,大家都知道2012年诺贝尔奖得主Yamanaka提出的诱导干细胞的四因子,其时在之前已经有多篇网络分析文章提出了这四因子,只是Yamanaka是第一实验验证的.值得一提的是这篇获得诺奖的Cell文章只有一个一作和一个通讯,据説是当时这课题没人看好,也没

Qiime安装 参考资料:http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940101h2rp.html Qiime script官方说明http://qiime.org/scripts/index.html 一般ITS数据简要分析过程 reference下载:https://github.com/downloads/qiime/its-reference-otus/its_12_11_otus.tar.gz 其中97_* 和99_*分别是相似度97和99的refere

shannon菌群多样性指数 H=-∑(Pi)(㏑Pi) Pi=样品中属于第i种的个体的比例,如样品总个体数为N,第i种个体数为ni,则Pi=ni/N: 各种之间,个体分配越均匀,H值就越大.如果每一个体都属于不同的种,多样性指数就最大:如果每一个体都属于同一种,则其多样性指数就最小 Dominance:随即取两条序列,来自同一个样品的概率Σ (Si(Si-1))/N(N-1): simpson 菌群多样性指数 随机取样的两个个体属于不同种的概率=1-随机取样的两个个体属于同种的概率:越均匀,值

通过 conda 安装 qiime 1后,在执行join_paired_ends.py时报错: burrito.util.ApplicationNotFoundError: Cannot find fastq-join. Is it installed? Is it in your path? 这是因为系统里没有fastq-join   在终端执行以下命令安装ea-utils sudo apt install ea-utils

1.python调用py,在py中的os.getcwd()获取的不是py的路径,可以通过os.path.split(os.path.realpath(__file__))[0]来获取py的路径. 2.当py中有调用类似rar这种命令时,会出现路径问题.这个时候在py同目录下建bat批处理,然后由python调用这个bat.bat格式如下 D:CD D:\XXXcall python xxx.py

import sys sys.path.append("路径") import .py文件

cp renumber.py /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pymol import renumber or run /path/to/renumber.py

#!/usr/bin/env python # coding=utf-8 import threading import requests import Queue import sys import re import time import warnings import datetime import argparse __author__ = 'depycode' warnings.filterwarnings("ignore") #ip to num def ip2num(i

情况说明 odoo源文件路径-/odoo-dev/odoo/: 我的模块插件路径 ~/odoo-dev/local-addons/my-module 在my-module中创建了__init__.py 在 -/odoo-dev目录下执行命令: odoo/odoo.py --addons-path=odoo/addons/,local-addons/ 出现错误 : odoo.py: error: option --addons-path: The addons-path 'local-addons

caffe机器学习环境搭建及python接口编译参见我的上一篇博客:机器学习caffe环境搭建--redhat7.1和caffe的python接口编译 1.运行caffe图片分类器python接口 还是假设caffe的源码下载的路径为:/code,那么有这么个文件/code/caffe/python/classify.py,它是caffe团队提供的一个python实现的图片分类器的接口.运行该接口有两个必须参数,一个是你要操作的图片,另一个就是保存运行结果的文件.但是该接口需要简单修改才能运行,

libsvm中有进行参数调优的工具grid.py和easy.py可以使用,这些工具可以帮助我们选择更好的参数,减少自己参数选优带来的烦扰. 所需工具:libsvm.gnuplot 本机环境:Windows7(64 bit) ,Python3.5 1.相关程序的下载和安装: 1.1.下载libsvm,我用的是libsvm-3.18.zip,下载后直接解压到任意位置,我解压到C:\libsvm-3.18下. 1.2.下载python,我下的是python-3.5.msi,双击该文件安装到默认位置,我

在用Mysql做集群时,使用Mysql的NDB版本更易于集群的扩展,稳定和数据的实时性. 我们可以使用Mysql自带的工具进行集群安装与管理:ndb_setup.py.位于Mysql的安装目录bin下,如:/usr/local/mysql/bin/. 运行:ndb_setup.py,会出现类似下面的界面,用于集群的安装配置. 按照界面一步一步操作,即可完成集群配置,详细操作过程可参考手册:19.2.1 The MySQL Cluster Auto-Installer 对Mysql集群的初始化启动

现在要将写完的3个py文件,打包. 步骤: 1.新建一个文件夹setup(名字随便取),在setup文件夹下,再新建一个文件夹financeapi. 2.将上面4个py文件拷贝至financeapi文件夹. 3.在setup文件夹下新建一个setup.py文件,里面的内容:详细参见(https://docs.python.org/3/distutils/setupscript.html) 4.打包: 会生成一个dist文件夹,和一个MANIFEST文件.其中dist下面就有你刚才打好的包. 5.

前言 PathMerge是用python写的一个辅助文件夹合并的小工具,它的特点是不用担心合并后文件会丢失,旧文件会创建副本保存下来,除非你手动删除. 详情见:python开发目录合并小工具 PathMerge 由于PathMerge使用python写的,运行需要有python的环境,如果想把它转换成exe可执行文件怎么办呢? 我们可以用pyInstaller来将py文件转换成exe文件. pyInstaller相对另一款py转exe的工具py2exe的优点在于,转换之后的exe文件无需任何支持

File->settings->Editor->File and Code Templates->Python Script #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # @Time : ${DATE} ${TIME} # @Author : Aries # @Site : ${SITE} # @File : ${NAME}.py # @Software: ${PRODUCT_NAME}

mac osx 下面用django-admin.py创建项目的时候,没创建成功出现django-admin.py编辑文件,这主要的原因是mac osx下面django-admin.py被重命名为django-admin django-admin startproject mysite

发布项目遇到了坑……特此记录. How to write setup.py: https://docs.python.org/2/distutils/setupscript.html Setup.py setup.py是python的一个项目发布管理工具.我们常常安装别人的代码也是借助setup.py. 我的项目的setup.py示例: from setuptools import setup, find_packages setup( name="rdir", version=&qu