本文首发于”生信补给站“,https://mp.weixin.qq.com/s/yhMgkST-rVD6SaQS7R-eoA 桑基图(Sankey diagram),是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源.材料成分.金融等数据的可视化分析. 因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名,此后便以其名字命名为“桑基图”. 一 载入R包,数据 本文使用TCGA数据集中的LIHC的临床数据进行

代码如下: library("diagram") #a <- read.table(file="clipboard",header=TRUE) write.table(a,file="a.txt",sep=";") aa <- a c <- matrix(nrow=ncol(aa),ncol=ncol(aa),0) i <- 1 while(i<=ncol(aa)){ j <- 1 whil

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R语言  ggplot2包的学习   分析数据要做的第一件事情,就是观察它.对于每个变量,哪些值是最常见的?值域是大是小?是否有异常观测? ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离,数据相关的绘图与数据无关的绘图分离ggplot2是按图层作图ggplot2保有命令式作图的调整函数,使其更具灵活性ggplot2将常见的统计变换融入到了绘图中.ggplot的绘图有以下几个特点:第一,有明确的起始(以ggplot函数开始)与终止(一句语句一幅图):其二,图层之间的叠加

code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs && document.readyState && document.readyState === "complete") { window.setTimeout(function() { hljs.initHighlighting(); }, 0);}.main-container {

R语言-Knitr包的详细使用说明 by 扬眉剑 来自数盟[总舵] 群:321311420 1.相关资料 1:自动化报告-谢益辉 https://github.com/yihui/r-ninja/blob/master/11-auto-report.md 2:knitr与可重复的统计研究(花絮篇) http://cos.name/2012/06/reproducible-research-with-knitr/ 3:knitr官网 http://yihui.name/knitr/ 在官网中有谢益

昨天学了一下R语言dplyr包,处理数据框还是很好用的.记录一下免得我忘记了... 先写一篇入门的,以后有空再写一篇详细的用法. #dplyr learning library(dplyr) #filter() #选择符合条件的数据框的行,返回数据框 #Usage #filter(.data, ...) # ...为限制条件 #eg filter(starwars, species == "Human") filter(starwars, mass > 1000) # Multi

R语言扩展包dplyr——数据清洗和整理 标签: 数据R语言数据清洗数据整理 2015-01-22 18:04 7357人阅读 评论(0) 收藏 举报  分类: R Programming(11)  版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 该包主要用于数据清洗和整理,coursera课程链接:Getting and Cleaning Data 也可以载入swirl包,加载课Getting and Cleaning Data跟着学习. 如下: library(swirl) insta

安装R语言的包的方法: 1. 在线安装 在R的控制台,输入类似install.packages("TSA")  # 安装 TSA install.packages("TSA", contriburl="url",  dependencies = TRUE) # 安装TSA 2. 手动安装(离线安装) 在Windows下: 下载对应的package.zip文件 打开R的菜单条->Packages->"Install packa

最近因工作原因,需要处理一些数据,顺便学习一下动态图表的绘制.本质是使具有源头的流动信息能够准确找到其上下级关系和流向. 数据来源是csv文件 导入成为dataframe之后,列为其车辆的各部件供应商公司名称或其自身的属性. 导入后经过处理期望是看到整个工业的供应链和市场份额. 先上代码: # 数据架构 总领数据架构-品牌-车辆用途- import matplotlib.pyplot as plt from pyecharts import Pie,Bar,Page,Bar3D,Overlap,

前端实现数据可视化的方案有很多种,以前都是使用百度的echarts,使用起来很方便,直接按照特定的数据格式输入,就能实现相应的效果,虽然使用方便,但是缺点就是无法自定义一些事件操作,可自由发挥的功能很少,对于一些特殊要求的需求就无能为力了,而d3.js很好地解决了这个问题: 1.安装d3 npm install d3 --save 2.安装d3-sankey npm install d3-sankey --save 3.引入对应的模块 import * as d3 from 'd3' impor

转载于:https://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/50651464?locationNum=2&fps=1 一.一些函数包大汇总 转载于:http://www.dataguru.cn/thread-116761-1-1.html 时间上有点过期,下面的资料供大家参考 基本的R包已经实现了传统多元统计的很多功能,然而CRNA的许多其它包提供了更深入的多元统计方法,下面要综述的包主要分为以下几个部分: 1) 多元数据可视化(Visual

1.      Bagging Bagging即套袋法,其算法过程如下: 从原始样本集中抽取训练集.每轮从原始样本集中使用Bootstraping的方法抽取n个训练样本(在训练集中,有些样本可能被多次抽取到,而有些样本可能一次都没有被抽中).共进行k轮抽取,得到k个训练集.(k个训练集之间是相互独立的) 每次使用一个训练集得到一个模型,k个训练集共得到k个模型.(注:这里并没有具体的分类算法或回归方法,我们可以根据具体问题采用不同的分类或回归方法,如决策树.感知器等) 对分类问题:将上步得到的k

引言 2014年刚到, 就在 Feedly 订阅里看到 RStudio Blog 介绍 dplyr 包已发布 (Introducing dplyr), 此包将原本 plyr 包中的 ddply() 等函数进一步分离强化, 专注接受dataframe对象, 大幅提高了速度, 并且提供了更稳健的与其它数据库对象间的接口. 既然是 Hadley Wickham 的新作, 并自称 a grammar of data manipulation, 当然要先学为快了, 正好新申了域名, 就把原本记在 Rmd 

apriori(arules) apriori()所属R语言包:arules                                         Mining Associations with Apriori                                          矿业协会的Apriori                                          译者:生物统计家园网 机器人LoveR 描述----------Description

R语言网络爬虫初学者指南(使用rvest包) 钱亦欣 发表于 今年 06-04 14:50   5228 阅读   作者 SAURAV KAUSHIK 译者 钱亦欣 引言 网上的数据和信息无穷无尽,如今人人都用百度谷歌来作为获取知识,了解新鲜事物的首要信息源.所有的这些网上的信息都是直接可得的,而为了满足日益增长的数据需求,我坚信网络数据爬取已经是每个数据科学家的必备技能了.在本文的帮助下,你将会突破网络爬虫的技术壁垒,实现从不会到会. 大部分网上呈现的信息都是以非结构化的格式存储(html)且

最近准备写一篇关于自组织映射 (Self-organizing map)的文章.SOM的代码很多,研究了一圈之后目前使用最顺手的是R语言的kohonen包. 这个kohonen包功能很丰富,但是接口不是特别合理.R语言包大部分是统计学家写的,功能强大,数学上严谨,但是不怎么考虑代码的规范和简洁. kohonen最重要的四个函数: som xyf supersom somgrid 这个命名的随意性容易让程序员抓狂.简单说,som和xyf是supersom的封装版本,分别对应单层SOM和双层SOM,

igaph 是一个项目,目标是建立一条简单,易用的网络分析工具,有 R, python, C/C++ 等语言的具体实现: 项目主页: http://igraph.org/ 在R语言中,对应的就是 igraph 这个R包 安装: install.packages("igraph") 使用: 对于图 graph 这种数据结构而言,最基本的元素包括节点(node) 和 边(节点之间的连线,edge); igraph 这个R包提供了很多种创建graph的方式,我们先看一个最基本的例子,从数据框

今天去了学院的运动会呢-扮熊本熊超开心-写完这篇我补上我的图么么哒 ××××××××××××文末高能预警!!!!!这个包的安装并不是本周的任务!!!!!我真是萌萌哒×××××××××××××× ×××××××××××××××××××××××××××我是熊本分割线×××××××××××××××××××××××××××××××××××××××× 安装diveRsity: 好吧,回看官网,说的是 那么..那几个包都要装了啊.. Rcpp直接装, ggplot2需要装digest,gtable,MASS

这周的作业我开始得好迟啊...然而还是要努力做啊... ××××××××××××××我是萌萌哒分割线×××××××××××××××××××××××××××××××××××× 首先,百度进入官方页面,看到这些: 也就是说,需要先安装permute和lattice包.那么,如何安装?? 呃 首先下载.tar.gz,然后在命令行 sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 进入R环境,使用library()查看现在已经安装的包 ×××××××××××××××××××××××××