plot()是R中为对象作图的一个泛型函数(它的输出将根据所绘制对象类型的不同而变化):plot(x,y,type="b")表示将x置于横轴,y置于纵轴,绘制点集(x,y),然后使用线段将其连接:type="b"表示同时绘制点和线,使用help(plot)可以查看其它选项. 实例: > dev.new() # 打开一个新的图形窗口NULL> dose<-c(20,30,40,45,60)> drugA<-c(16,20,27,40,60

R语言基础绘图系统 基础绘图包之低级绘图函数--定义坐标轴.图例.文本 低级绘图函数:本身不具备图形绘制能力,只是在已有图形基础上添加元素. 函数 功能 arrows 添加箭头 axis 坐标轴 box 图形边框 abline 添加直线 clip 修剪图形 locator 识别图中点的坐标 layout 切分画布 legend 添加图例 lines 添加线条 segments 添加线段 rug 添加小地毯 polygon 构建多边形 points 添加散点 titles 添加标题 text 添加

一个简单的例子: > plot(cars$dist~cars$speed,+ main="车位移与速度的关系",+ xlab="速度",+ ylab="位移",+ xlim=c(0,25),+ ylim=c(0,100), + cex=1, + col="red",+ pch=19) 运行结果如图: 参数如下,具体使用方法见上面示例 main:图形标题 sub:子标题 xlab:x轴标题 ylab:y轴标题 xlim:x

R语言基础绘图系统 基础图形--直方图.金字塔图 3.直方图 参数设置及比较. op <- par(mfrow=c(2,3)) data <- rnorm(100,10,5) hist(data,col = 'light green') #默认分组 hist(data,col = 'sky blue',breaks = 15) #分成15组 hist(data,col = 'orange',breaks = seq(-5,25,1)) #自定义组距 hist(data,col = 'pink'

R语言基础绘图系统 基础图形--条形图.误差图 3.条形图 barplot接收的数据是矩阵而非数据框. data <- sample(c(50:80),5) barplot(data,col=heat.colors(5)) my_matrix <- matrix(data=sample(10:40,9), nrow = 3, dimnames = list(c('A',"B",'C'), paste('dose',1:3))) barplot(t(my_matrix), b

R语言基础绘图系统 基础图形--散点图.盒形图 plot是一个泛型函数(generic method),对于不同的数据绘制不同的图形. par函数的大部分参数在plot中通用. 1.散点图 plot绘制散点图类型,type有6种,即p, b, l, s, o, n. type=c('p','b','l','s','o','n') par(mfrow=c(2,3)) for(i in 1:6){ plot(1:10,type = type[i], main = paste('type is: ',

张铁军,陈兴栋等 著 R语言基础绘图系统 基础绘图包之高级绘图函数--par函数 基础绘图包并非指单独某个包,而是由几个R包联合起来的一个联盟,比如graphics.grDevices等. 掌握par函数(作为20个主要统计图形函数之一)的主要参数.?par adj 微调图中字符位置.adj=c(x,y),相对左下角坐标点,一般不超过1. bg 绘图区域背景色.par(bg="green") bty 设置图形边框样式.包含o, l , 7, c, u, ]可选. bty <- c

R语言基础绘图系统 基础绘图包之低级绘图函数--气泡图.一页多图.背景网格.添加线条和散点.数学表达式 4.气泡图 symbols是高级绘图函数,可在图上添加标记,标记的形状包括:circles,squares,rectangles,stars,thermometers,boxplots. 默认标记圆圈,可用于绘制气泡图 op <- palette(rainbow(5,end = 0.9)) with(trees,{ symbols(Height,Volume,circles = Girth/1

R语言基础绘图系统 基础图形--饼图.克利夫兰点图.条件图 6.饼图 pie(rep(1,26),col=rainbow(26), labels = LETTERS[1:26], #标签 radius = 1) #半径 library(RColorBrewer) pie.myData <- c(5.8,27,0.2,21.1,12.8,33.1) diseasetypes <- c('上感','中风','外伤','昏厥','食物中毒','其他') names(pie.myData) <-

R语言基础绘图系统 基础绘图包之低级绘图函数--内置颜色. 1.内置颜色选取 功能657种内置颜色.colors() 调色板函数:palette(), rgb(), rainbow(). palette默认8种颜色. #重新配置调色板 palette(rainbow(7)) #恢复默认的调色板 palette('default') rgb(red,green,blue)函数,分别加入多少红绿蓝成分,取值0-1. hsv函数(hue色调,saturation饱和度,value纯度)构造颜色. hc

ggplot2绘图系统--图例:guide函数.标度函数.overrides.aes参数 图例调整函数guide_legend也属于标度函数,但不能单独作为对象使用,即不能如p+guide_legend()使用. 1. guides及guides_legend函数 guide_legend函数参数: guide_legend(title = , #图例标题 title.position = ,#top/bottom/right/left title.theme = , #图例风格 title.h

ggplot2绘图系统 基础绘图包向ggplot2过渡--qplot 绘图理念的不同: 基础绘图包是先铺好画布,再在这张画布上作图(常规思维): ggplot2打破常规,采用图层叠加的方法. qplot函数既有plot特点,又体现了ggplot2的特征,是一个过渡函数. library(ggplot2) data("diamonds") qplot(x=carat, y=price, data=diamonds, geom = 'point', color=color) #geom几何

1.生存曲线 基础包survival+扩展包survminer. survival包内置肺癌数据集lung. library(survival) library(survminer) str(lung) #拟合模型 fit <- survfit(Surv(time,status)~sex,data=lung) #绘制生存曲线 ggsurvplot(fit, pval = TRUE, #添加log rank检验的p值 conf.int = TRUE, #添加置信区间 risk.table = TR

1.海盗图 参数众多,其语法与基础包类似. 基础图. #devtools::install_github('ndphillips/yarrr') #install.packages('yarrr') library(yarrr) #基本海盗图 str(pirates) pirateplot(formula = age ~ favorite.pirate, data = pirates, xlab = 'Favorite Pirate', ylab = 'Age', main="") 散

1.plotly包 动态散点图 library(plotly) # 交互散点图 plot_ly(data=iris, x=~Sepal.Length, y=~Petal.Length, marker=list(size=10, color='rgba(255,182,193,.9)', line=list(color='rgba(152,0,0,.8)', width=2))) %>% layout(title='Styled Scatter', yaxis=list(zeroline=FALS

ggplot2绘图系统--坐标轴调节 scale函数:图形遥控器.坐标轴标度函数: scale_x_continous scale_y_continous scale_x_discrete scale_y_discrete 1. 连续型变量坐标轴 函数及其参数: scale_x_continuous(name = , #坐标轴标签 breaks = , #定义刻度 minor_breaks = , labels = , #刻度标签 limits = , expand = c(0.05,0), #

输入数据 使用键盘输入数据 只能处理小样本,很少使用 在创建 data.txt 字符串之后,用函数 read.table() 创建数据框 data.1.这种方法可以让我们把数据嵌入到R代码中,此处切记,read.table() 使我们最为常用的读取外部数据的函数. 下面的方法是用函数 fix() 创建了一个和data.1一样的数据框 data.2,函数 edit() 也有同样的效果. 从文本文件导入数据 read.table() 函数 read.table() 更加常用的是从带有分隔符的文本文件

# ----------------------------------------------------# # R in Action (2nd ed): Chapter 3 # # Getting started with graphs # # requires that the Hmisc and RColorBrewer packages # # have been installed # # install.packages(c("Hmisc", "RColorB

# ----------------------------------------------------# # R in Action (2nd ed): Chapter 3 # # Getting started with graphs # # requires that the Hmisc and RColorBrewer packages # # have been installed # # install.packages(c("Hmisc", "RColorB

# ----------------------------------------------------# # R in Action (2nd ed): Chapter 3 # # Getting started with graphs # # requires that the Hmisc and RColorBrewer packages # # have been installed # # install.packages(c("Hmisc", "RColorB

ggplot2绘图系统--扩展包ggrepel.ggsci.gganimate.ggpubr等 部分扩展包可在CRAN直接下载,有些需借助devtools包从Github下载. 1. ggrepel包 用来在图上添加文字和标签,相比geom_text和geom_label函数,能将重叠的标签分开,并添加指示短横线. library(ggrepel) ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))+geom_point(color='red')+ geom_text_repel(aes(la