本篇主要想复现文章中的一张图,原图来源(Antibiotic resistome and its association with bacterial communities during sewage sludge composting): 首先来分析一下张图,个人认为至少需要两个图层叠加, 1.堆积条形图和x轴,左y轴,堆积条形图的图例是一个图层: 2.点线图和点线图的图例,右y轴是一个图层: 当然,你还可以拆分,比如图例也是单独图层添加,完全没有问题,但是那样就麻烦了,需要考虑布局,绘图区

Data Frame一般被翻译为数据框,感觉就像是R中的表,由行和列组成,与Matrix不同的是,每个列可以是不同的数据类型,而Matrix是必须相同的. Data Frame每一列有列名,每一行也可以指定行名.如果不指定行名,那么就是从1开始自增的Sequence来标识每一行. 初始化 使用data.frame函数就可以初始化一个Data Frame.比如我们要初始化一个student的Data Frame其中包含ID和Name还有Gender以及Birthdate,那么代码为: studen

A data frame is used for storing data tables. It is a list of vectors of equal length. For example, the following variable df is a data frame containing three vectors n, s, b. > n = c(2, 3, 5) > s = c("aa", "bb", "cc") 

Data Frame一般被翻译为数据框,感觉就像是R中的表,由行和列组成,与Matrix不同的是,每个列可以是不同的数据类型,而Matrix是必须相同的. Data Frame每一列有列名,每一行也可以指定行名.如果不指定行名,那么就是从1开始自增的Sequence来标识每一行. 初始化 使用data.frame函数就可以初始化一个Data Frame.比如我们要初始化一个student的Data Frame其中包含ID和Name还有Gender以及Birthdate,那么代码为: studen

R语言处理大规模数据速度不算快,通过安装其他包比如data.table可以提升读取处理速度. 案例,分别用read.csv和data.table包的fread函数读取一个1.67万行.230列的表格数据. # 用read.csv读取数据timestart<-Sys.time() data <- read.csv("XXXXs.csv",header = T,stringsAsFactors = F) timeend<-Sys.time() runningtime<

x<-data.frame(apple=c(1,4,2,3),pear=c(4,8,5,2)) x # apple pear # 1 1 4 # 2 4 8 # 3 2 5 # 4 3 2 x$banana<-c(9,5,6,2) x # apple pear banana # 1 1 4 9 # 2 4 8 5 # 3 2 5 6 # 4 3 2 2

生成测试数据 绘图首先需要数据.通过生成一堆的向量,转换为矩阵,得到想要的数据. data <- c(1:6, 6:1, 6:1, 1:6, (6:1)/10, (1:6)/10, (1:6)/10, (6:1)/10, 1:6, 6:1, 6:1, 1:6, 6:1, 1:6, 1:6, 6:1) [1] 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 6.0 5.0 4.0 3.0 2.0 1.0 6.0 5.0[15] 4.0 3.0 2.0 1.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0

使用ggplot2包绘制ROC曲线 rocplot<- function(pred, truth, ...){ predob<- prediction(pred, truth) #打印AUc perf.auc<- performance(predob, measure = 'auc', x.measure = 'cutoff') # perf<- performance(predob, 'tpr','fpr') df<- data.frame(x = attributes(p

在R中画地图先从简单的maps包开始. library("maps") 在这个maps包中有一些数据集,用命令data(package=”maps”),可以看到如下数据: canada.cities          Database of Canadian cities county.fips            FIPS county codes for US County Map countyMapEnv           United States County Map f

线图是反映趋势变化的一种方式,其输入数据一般也是一个矩阵. 单线图 假设有这么一个矩阵,第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域,第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度,想绘制一张线图展示. profile="Pos;H3K27ac -5000;8.7 -4000;8.4 -3000;8.3 -2000;7.2 -1000;3.6 0;3.6 1000;7.1 2000;8.2 3000;8.4 4000;8.5 5000;8.5" 读入数据 profile_text <

与一般开发语言不同,R以数据统计分析和绘图可视化为主要卖点.本文是第一篇博客,解决一个简单的绘图问题,以练手为目的. 以下直接给出三种单位圆的画法: 方法1 f=seq(,*pi,0.001) x=sin(f) y=cos(f) plot(x,y,type=,),ylim=c(-,),asp=,main='单位圆') 方法2 curve(sqrt(-x^),xlim=c(-,),ylim=c(-,),main='单位圆') curve(-sqrt(-x^),xlim=c(-,),add=TRUE

[plain] view plaincopy a <- c(5,4,3,2,1) b <- c(1,2,3,4,5) c <- cbind(a,b) [plain] view plaincopy c[order(c[,1]),] #按第一列递增排序

使用 R包 xlsx 或者 openxlsx 安装 install.packages("xlsx", repos="https://cloud.r-project.org/") install.packages("openxlsx", repos="https://cloud.r-project.org/") 使用 文件名+sheet的序号读取指定sheet的内容 data <- read.xlsx("Lips

    R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快.包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度.因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率.这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理. 和data.frame的高度兼容 DT = data.table(x=rep(c("b&

R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快.包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度.因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率.这里主要介绍在基因组数据分析中可能会用到的函数. fread 做基因组数据分析时,常常需要读入处理大文件,这个时候我们就可以舍弃read.ta

R语言数据分析利器data.table包-数据框结构处理精讲 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快.包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度.因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率.这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理. 和data.frame的高度兼容

You should use either indexing or the subset function. For example : R> df <- data.frame(x=1:5, y=2:6, z=3:7, u=4:8) R> df x y z u 1 1 2 3 4 2 2 3 4 5 3 3 4 5 6 4 4 5 6 7 5 5 6 7 8 Then you can use the which function and the - operator in column

################################################### 问题:生成.操作数据框   18.4.27 怎么生成数据框 data.frame.,,及其相关操作 ??? 解决方案: iris[,2,drop = FALSE]   #用drop参数,控制截取的子集所生成变量的格式,为单列的"数据框" dfm1 <- cbind(c1,c2,c3,c4);   #cbind 要求向量c1 c2 c3 c4长度必须一样. dfm2 <-

R语言data.table速查手册 介绍 R中的data.table包提供了一个data.frame的高级版本,让你的程序做数据整型的运算速度大大的增加.data.table已经在金融,基因工程学等领域大放光彩.他尤其适合那些需要处理大型数据集(比如 1GB 到100GB)需要在内存中处理数据的人.不过这个包的一些符号并不是很容易掌握,因为这些操作方式在R中比较少见.这也是这篇文章的目的,为了给大家提供一个速查的手册. data.table的通用格式: DT[i, j, by],对于数据集DT,

R语言  ggplot2包的学习   分析数据要做的第一件事情,就是观察它.对于每个变量,哪些值是最常见的?值域是大是小?是否有异常观测? ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离,数据相关的绘图与数据无关的绘图分离ggplot2是按图层作图ggplot2保有命令式作图的调整函数,使其更具灵活性ggplot2将常见的统计变换融入到了绘图中.ggplot的绘图有以下几个特点:第一,有明确的起始(以ggplot函数开始)与终止(一句语句一幅图):其二,图层之间的叠加

在上一篇中我们一起学习了R语言的数据结构第一部分:向量.数组和矩阵,这次我们开始学习R语言的数据结构第二部分:数据框.因子和列表. 一.数据框 类似于二维数组,但不同的列可以有不同的数据类型(每一列内的数据类型应当一致).创建数据框使用的关键字是data.frame,用法是: data.frame(..., row.names = NULL, check.rows = FALSE, check.names = TRUE, fix.empty.names = TRUE, stringsAsFact