Google了一下,现成的工具不多. 自己写代码也可以,就是速度肯定不快,而且每次写也很麻烦. 偶然看到QIIME的filter_fasta.py有这个功能,从name list中提取多个序列. filter_fasta.py -f extract_no_N_200.fasta -o remain.fasta -s out.list [REQUIRED] -f, --input_fasta_fp Path to the input fasta file -o, --output_fasta_fp

转载:http://blog.csdn.net/gangyanliang/article/details/7244664 内容简介: 本文主要讲述序列文件(seq_file)接口的内核实现,如何使用它将Linux内核里面常用的数据结构通过文件(主要关注proc文件)导出到 用户空间,最后定义了一些宏以便于编程,减少重复代码.在分析序列文件接口实现的过程中,还连带涉及到一些应用陷阱和避免手段. 序列文件接口: UNIX的世界里,文件是最普通的概念,所以用文件来作为内核和用户空间传递数据的接口也是再

Sequence Project Showplan Operator 序列映射运算符 序列映射运算符会从一个已经排序的集合里通过不停添加集合里的列执行计算. 运算符根据一个或多个列的值把输入集合分为多个片段.然后运算符一次输出一个片段. 这些列在序列映射运算符里会被显示为参数. SQL Server支持四种类型函数:RANK, DENSE_RANK, ROW_NUMBER, NTILE 序列映射会生成有(一个序列映射)和(两个片段)的执行计划 The Sequence Project opera

在以前使用hadoop的时候因为mahout里面很多都要求输入文件时序列文件,所以涉及到把文本文件转换为序列文件或者序列文件转为文本文件(因为当时要分析mahout的源码,所以就要看到它的输入文件是什么,文本比较好看其内容).一般这个有两种做法,其一:按照<hadoop权威指南>上面的方面直接读出序列文件然后写入一个文本:其二,编写一个job任务,直接设置输出文件的格式,这样也可以把序列文件读成文本(个人一般采用这样方法).时隔好久,今天又重新试了下,居然不行了?,比如,我要编写一个把文本转为

1. 关于 SequenceFile 对于日志文件来说,纯文本不适合记录二进制类型数据,通过 SequenceFile 为二进制键值对提供了持久的数据结构,将其作为日志文件的存储格式时,可自定义键(LongWritable)和值(Writeable的实现类)的类型. 多个小文件在进行计算时需要开启很多进程,所以采用容器文件 SequenceFile 按固定大小将多个小文件包装起来,使存储和处理更高效. 2. SequenceFile 说明 [SequenceFile 序列文件] 是由序列化 K-

转自:http://blog.csdn.net/bullbat/article/details/7407194 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 作者:bullbat seq_file机制提供了标准的例程,使得顺序文件的处理好不费力.小的文件系统中的文件,通常用户层是从头到尾读取的,其内容可能是遍历一些数据项创建的.Seq_file机制容许用最小代价实现此类文件,无论名称如何,但顺序文件是可以进行定为操作的,但其实现不怎么高效.顺序访问,即逐个访问读取数据项,显然是首选的访问

import numpy as npimport pandas as pdimport time import datetimeimport csv http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/generated/pandas.DataFrame.to_csv.html 直接保存为csv,汉子也可以被导出: DataFrame.to_csv(path_or_buf=None, sep=', ', na_rep='', float_format=None

目录 需求 示例代码 笨办法 Pythonic方法 需求 要写一个接口,同时支持压缩和未压缩文件读入 示例代码 笨办法 import os import gzip filename = sys.argv[1] if not filename.endswith('.gz'): with open(filename, 'r') as infile: for line in infile: # do something else: with gzip.open(filename, 'r') as in

R提供了多种生成不同类型序列的方法.如: > x<-1:20 > x [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 注意元算符”:”的优先级 > 10:15-1 [1]  9 10 11 12 13 14 > 10:(15-1) [1] 10 11 12 13 14 倒序 > 5:0 [1] 5 4 3 2 1 0 利用函数seq(),可以按照顺序写,这样的话不用写出参数的名称.但是若打乱

前面的话 r.js(下载)是requireJS的优化(Optimizer)工具,可以实现前端文件的压缩与合并,在requireJS异步按需加载的基础上进一步提供前端优化,减小前端文件大小.减少对服务器的文件请求.本文将详细介绍r.js 简单打包 [项目结构] 以一个简单的例子来说明r.js的使用.该项目名称为'demo',在js目录下包含s1.js和s2.js两个文件,使用requirejs进行模块化,内容如下 //s1.js define(function (){ return 1; }) /

1.sink()在代码开始前加一行:sink(“output.txt”),就会自动把结果全部输出到工作文件夹下的output.txt文本文档.这时在R控制台的输出窗口中是看不到输出结果的.代码结束时用sink()切换回来. 示例: sink("a.txt") x<-rnorm(100,0,1) mean(x) sink() 注:此处输出为mean(x). 2.stargazer() library(stargazer) #导入数据 mydata <- read.csv(&q

Given an unsorted array of integers, find the length of the longest consecutive elements sequence. Your algorithm should run in O(n) complexity. Example: Input: [100, 4, 200, 1, 3, 2] Output: 4 Explanation: The longest consecutive elements sequence i

Given an unsorted array of integers, find the length of the longest consecutive elements sequence. For example,Given[100, 4, 200, 1, 3, 2],The longest consecutive elements sequence is[1, 2, 3, 4]. Return its length:4. Your algorithm should run in O(n

题意:给你一个长度为n序列,如果这个任意连续子序列的中都有至少出现一次的元素,那么就称这个序列是不无聊的,判断这个序列是不是无聊的. 先预处理出每个元素之前和之后相同元素出现的位置,就可以在O(1)的时间判断出一个元素在一个区间内是否唯一. 每次从大的序列中找一个唯一元素,包含这个元素的就不用判断了,那么以这个元素为分界线,在分别判断两边的序列. 如果只从一遍找的话,最坏的情况是唯一元素在另一头T(n) = T(n-1)+O(n) >= O(n^2)的. 所以应该从两边开始找,T(n) = 2T

目录和文件 按创建时间排序 # du -h --time --max-depth=1 . |sort -r -t $'\t' -k 230M 2020-04-01 14:54 .28K 2020-04-01 13:25 ./.dbus9.6M 2020-04-01 13:25 ./.config32K 2020-03-31 10:50 ./.gnupg1.5M 2020-03-31 10:49 ./.vnc228K 2020-03-31 10:49 ./.sogouinput14M 2020-0

转载自:http://blog.csdn.net/virgilli/article/details/22500409 AS里面的build文件下一堆的.class 文件,当你要定位资源文件的时候,有些烦人,所以,需要给屏蔽了.找到build文件,右键单机属性,然后和上面blog一样了.

查看import 是否 import android.R 有的话 删掉

［抄题］: Given a binary tree, find the length of the longest consecutive sequence path. The path refers to any sequence of nodes from some starting node to any node in the tree along the parent-child connections. The longest consecutive path need to be

［抄题］: Given an unsorted array of integers, find the length of the longest consecutive elements sequence. For example,Given [100, 4, 200, 1, 3, 2],The longest consecutive elements sequence is [1, 2, 3, 4]. Return its length: 4. Your algorithm should r

参考 1. 基础模型(Basic Model) Sequence to sequence模型(Seq2Seq) 从机器翻译到语音识别方面都有着广泛的应用. 举例: 该机器翻译问题,可以使用"编码网络(encoder network)"+"解码网络(decoder network)"两个RNN模型组合的形式来解决. encoder network将输入语句编码为一个特征向量,传递给decoder network,完成翻译.具体模型结构如下图所示: 其中,encoder

myfilepath <- "F:/paper2/climateExposure/wjj_mec/second/paths/" setwd(myfilepath) alltypefiles = dir(myfilepath) newname = gsub(pattern = 'paths.',replacement = 'paths_',x = alltypefiles) file.rename(alltypefiles,newname)