最近打算开始写一个多组学(包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组)关联分析的R包,避免重复造轮子,在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具,部分罗列如下: 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包,有专门的团队,做了十余年了,引用量也比较高. 官网:http://mixomics.org/ 文章:mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration Gi

R 包 rgl 安装失败, X11 not found but required, configure aborted * installing *source* package ‘rgl’ ... ** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for gcc... gcc -std=gnu99 checking whether the C compiler works... yes checking f

R包的安装 1)使用 Rstudio 手动安装 Rstudio的窗口默认为四个,在右下角的窗口的 packages 下会显示所有安装的 R 包 点击 Install -> 输入R 包名 -> 点击 Install 2)使用命令安装 install.packages("R包名") R包的卸载 remove.packages("R包名") R包的加载 library("R包名") R包的移除 detach("package:R包

R包的使用方法 包就是提供了种类繁多的函数,当然还有它的一些数据集,可以使用这些函数来操作这些数据集,来学习使用. library(),当前的工作环境里,可以使用的包 包的帮助文档:help(package="包名") help(package="car"),显示当前工作环境没有安装car包 安装 install.packages("car")  联网的话,会自动到网上找镜像,用户对找到的镜像进行选择,然后自动安装 安装完成后,help(pack

tidyverse安装失败,install.packages('tidyverse') 错误原因大概是其中有个依赖包xml2安装不上,解决办法是yum install libxml2-devel,这样就可以安装xml2了,也可以安装tidyverse了

 1. Rstudio安装xlsx报错 xlsx包加载依赖Java环境,我之前就安装过Java,但安装xlsx成功后,加载xlsx时一直报错: Error : loadNamespace()里算'rJava'时.onLoad失败了,详细内容: 调用: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), -) 错误: unable to load shared object 'D:/software/myR/R-3.1.2/library/rJava/libs/

包(package)是多个函数的集合,常作为分享代码的基本单元,代码封装成包可以方便其他用户使用.越来越多的R包正在由世界上不同的人所创建并分发,这些分发的R包,可以从CRAN 或 github 上获取,由于向 CRAN 提交包审核非常严格,有些开发者并没有将自己开发的R包提至CRAN的意向,通过 devtools 可以轻松从 github上下载安装.包的生命周期一般会经历 source.bundled.binary.installed和in-memory五个阶段.参考资料 (http://r-

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html Linux 的R环境,可以通过anaconda jupyter notbook很容易的配置,见我之前的博客  https://www.cnblogs.com/shanyr/p/11276755.html 安装R包 Linux下安装R包一般有2种方式: 1. R CMD INSTALL 下载源码 R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz 也可指定安装库路径: R CMD

前言 R对windows使用很友好,对Linux来说充满了敌意.小数据可以在windows下交互操作,效果很好很棒.可是当我们要处理大数据,或者要在集群上搭建pipeline时,不得不面对在Linux上装R及想要的R包这个难题,尤其是对非root用户而言更是艰难重重. 准备依赖库 依次安装:zlib/bzip/liblzma/pcre/curl,注意顺序和版本.目前3.4以上3.6以下R版本相对较为稳定和不过时,我自己安装的是3.5.2. cd zlib-1.2.11 ./configure -

摘自 方匡南 等编著<R数据分析-方法与案例详解>.电子工业出版社 R包简介 R包提供了一个加载所需代码.数据和文件的集合.R软件自身就包含大约30种不同功能的包,这些基本包提供了R软件的基本功能.与此同时,R作为一个开源软件,它提供了各种统计计算函数,从而方便使用者能够灵活机动的进行数据分析,甚至创造出符合特定需要的新统计计算方法,而这些函数大多是以包的形式提供,这些都是世界各地R用户自己编写的,并上传到网上分享.因此,制作出属于用户自己的R包,并与全世界的R用户共享是一件非常有意思的事情.

如何制作自己的R包? 摘自 方匡南 等编著<R数据分析-方法与案例详解>.电子工业出版社 R包简介 R包提供了一个加载所需代码.数据和文件的集合.R软件自身就包含大约30种不同功能的包,这些基本包提供了R软件的基本功能.与此同时,R作为一个开源软件,它提供了各种统计计算函数,从而方便使用者能够灵活机动的进行数据分析,甚至创造出符合特定需要的新统计计算方法,而这些函数大多是以包的形式提供,这些都是世界各地R用户自己编写的,并上传到网上分享.因此,制作出属于用户自己的R包,并与全世界的R用户共享是

转自 http://bnuzhutao.cn/archives/901 一般 R 语言的书籍上,介绍安装 R 包的方法都是这样的: install.packages("packagename"); 一般而言这不会成功,因为它默认会安装到系统目录下面,而普通用户在这个目录里并没有写入的权限. 因此,需要在 install.packages 这个函数里面指定安装的路径,例如想安装到 /home/myname/R 这个目录,就这么写: install.packages("packa

参考  设置环境变量R_LIBS将R包安装到自定义路径   实际上是可以解决问题的, #环境变量完成以后,启动(重启)R,运行 .libPaths() 加载R包时,发现路径仍然未变成自定义的. 那么参考  quantreg软件包加载失败.是要改路径么?新手求帮忙 开启R的时候用管理者身份打开[鼠标右键RStudio→以管理者身份运行],再运行,就会发现路径自定义成功. .libPaths()

pheatmap包的安装 1: 首先R语言的安装路径里面最好不要有中文路径 2: 在安装其他依存的scales和colorspace包时候要关闭防火墙 错误提示: 试开URL'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.3/ggplot2_2.2.1.zip'Content type 'application/zip' length 2760467 bytes (2.6 MB)downloaded 2.6 MB

每每以为攀得众山小,可.每每又切实来到起点,大牛们,缓缓脚步来俺笔记葩分享一下吧,please~ --------------------------- R语言·文本挖掘︱Rwordseg/rJava两包的安装 笔者:文本挖掘中这两个包可谓是"老顽固",做文本挖掘必须要过的关卡,今天倒腾了一天,桌面下了一堆东西,终于弄出来了.故此,赶紧记录下来,以后可用: 关于这两个包的安装问题,有很多很多教程,很多方法,我就不一一介绍,如果我介绍的方法你安装不了,那你就得去下面的参考链接找找其他的方

MacOS 上安装 R 包 install.packages("data.table") 后面提示是否安装需要编译的版本: Do you want to install from sources the package which needs compilation?y/n 选择了 y 之后,报错 clang: error: unsupported option '-fopenmp' 网上找到的解决方法是: 安装 clang-omp brew install clang-omp 但是提

安装R $sudo apt-get update $sudo apt-get install r-base $sudo apt-get install r-base-dev 安装一些可能的依赖包 $sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/imagemagick $sudo apt-get update $sudo apt-get install -y libmagick++-dev $sudo apt-get install libcurl4-openssl

1.综述 越来越多的R包正在由世界上不同的人所创建,其中一部分原因是devtools包使得开发R包1变得更加简单.devtools包不仅让开发R包变得简单,而且用于分发R包. 当开发者发布一个R包的时候,CRAN2一般是最常用的.使用install.packages()函数可以安装发布在CRAN上的R包.例如,如下方法可以安装dplyr包: install.packages('dplyr') devtools包的install_github()函数用于从Github上安装R包. library(

在R console中使用install.packages()来安装第三方包时,会出现这样的错误: 即使我们选择的是China的镜像也解决不了问题. 这时候,可以先试试用IE打开上图中黑底部分的URL.因为据说R是使用IE来打开页面进行下载的,所以如果自己电脑上的IE打不开相应的链接,那么在R里面也是无法完成下载的. 如果用IE打不开,网友们的说法是修复IE.我的做法是直接翻了墙.然后用IE就能正常打开页面了,然后也能在R里面进行各种包的安装了. 在安装的过程中,有时会出现无法把下载好的包移动到

> library(xlsx) Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’: loadNamespace()里算'rJava'时.onLoad失败了,详细内容: 调用: fun(libname, pkgname) 错误: JAVA_HOME cannot be determined from the Registry > library(rJava) Error: package or namespace load failed for

安装R包("RcppArmadillo")失败,导致依赖该包的DESeq2 无法使用: 首先对gcc,g++升级至4.7, 但依然报错,还是安装不了RcppArmadillo: 报错如下: $ R > source("https://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite("DESeq2") BioC_mirror: https://bioconductor.org Using Biocond