readcount显著差异但是tpm不显著

2024-09-03

TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗？

TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权.查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈来源:嘉因在RNA测序分析,哪家公司适合我一文中,聊过类似的问题. 这次小哈搬来了statQuest的3个最新视频,https://statquest.org/vid

差异基因分析：fold change(差异倍数), P-value(差异的显著性)

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is

对FPKM/RPKM以及TPM的理解

对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多个人分类: RNA-Seq 虽然一直在接触FPKM/RPKM以及TPM,但是仅仅是知道它们是转录本定量的值,并未究其根本.最近看了几篇文献,对其深层次的含义有了进一步的理解,因而在这里记录下来. 首先来看FPKM/RPKM的起源: 在RNA-Seq中,最简单的定量基因表达量(gene expression)的方法就是将RN

Git小技巧 - 指令别名及使用Beyond Compare作为差异比较工具

前言本文主要写给使用命令行来操作Git的用户,用于提高Git使用的效率.至于使用命令还是GUI(Tortoise Git或VS的Git插件)就不在此讨论了,大家根据自己的的喜好选择就好.我个人是比较推荐使用命令行的,因为命令行是原生的客户端,当熟悉了命令行以后,使用效率并不会比GUI低.而且我是从GUI(Tortoise SVN)转命令行的,刚开始的时候也是吐槽命令行的“非人性化”,但我走出了舒适区,真正使用起命令行后,我才发现了自己之前的想法是肤浅的. 指令别名指令别名就是给一些常用的指令

BZOJ 3238: [Ahoi2013]差异 [后缀数组单调栈]

3238: [Ahoi2013]差异 Time Limit: 20 Sec Memory Limit: 512 MBSubmit: 2326 Solved: 1054[Submit][Status][Discuss] Description Input 一行,一个字符串S Output 一行,一个整数,表示所求值 Sample Input cacao Sample Output 54 HINT 2<=N<=500000,S由小写英文字母组成集训的时候想出来了还讲了一下 bingo! 前面

Atitit 硬件软件的开源工作差异对比

Atitit 硬件软件的开源工作差异对比 1.1. 模块化,标准化,以及修改的便捷性1 1.2. 生产和发布成本 1 1.3. 3. 入行门槛搞2 1.4. 在软件业极度发达的今天,任何具有良好逻辑思维能力的人只要感兴趣,就可以通过互联网获得足够的教育从而称为一名软件开发人员.2 1.5. Sdx软件定义一切2 1.1. 模块化,标准化,以及修改的便捷性 1. 软件产品都有着定义完整,并且可以随时调整的输入输出. ,这就使得软件的开发人员之间可以仅仅通过定义好的接口来互相合作,而无论

Javascript不同浏览器差异及兼容方法

原文链接:http://caibaojian.com/js-ie-different-from-firefox.html javascript的各种兼容就是为了解决不同浏览器的差异性,了解其中的差异能够帮助你更快的解决问题,提高代码的使用质量,编写更优秀的javascript代码. 1.window.event 表示当前的时间对象,IE有这个对象,FF没有,FF通过给事件处理函数传递事件对象 2.获取事件源 IE用srcElement获取事件源,而FF用target获取事件源以上两个兼容通常会

web兼容学习分析笔记-margin 和padding浏览器解析差异

二.margin 和padding浏览器解析差异只有默认margin的元素 <body>margin:8px margin:15px 10px 15px 10px(IE7) <blockquote> 定义长的引用 margin:18px 40px 18px 40px margin:30px auto 30px auto(IE7) <dl> 定义列表详情 margin:18px 0 18px 0 margin:auto(IE7) <h1>

Linux可信计算机制模块详细分析之核心文件分析（8）tpm.c核心代码注释（中）

/*设置TPM命令格式*/ ssize_t tpm_getcap(struct device *dev, __be32 subcap_id, cap_t *cap, const char *desc) { struct tpm_cmd_t tpm_cmd; int rc; struct tpm_chip *chip = dev_get_drvdata(dev); tpm_cmd.header.in = tpm_getcap_header; if (subcap_id == CAP_VERSION

border：none 和border：0区别差异

border:none与border:0的区别体现为两点:一是理论上的性能差异,二是浏览器兼容性的差异. 性能差异: [border:0;]把border设为“0”像素效果等于border-width:0,浏览器依然对border-width.border-color进行了渲染,即已经占用了内存值. [border:none;]把border设为“none”,实际效果等同于border-style:none,浏览器解析“none”时将不作出渲染动作,即不会消耗内存值. 兼容性差异: IE6.IE

MySQL自动化运维之用mysqldump和mysqlbinlog实现某一数据库的每周全备和每天差异备份，并添加到执行计划【热备】

案例: 线上有一数据库,需要每周全备一次,每天差备一次[安全起见还是差备吧,不要增备,不要吝啬磁盘哦,而且差备恢复还很快] 1.每周对数据库hellodb做完全备份 crontab任务计划: * * /bin/bash /work/dump-complete-hello.sh ===>每周周一凌晨1点10分执行全备脚本/work/dump-complete-hello.sh 全备脚本/work/dump-complete-hello.sh内容如下: #!/bin/bash # 全备文件存放位置

python 小程序比较目录间的差异

比较目录间的差异: I 只按照名称做了比较,如果目录的文件名称相同,但是内容不同脚本认为为相同文件 II 针对目录下面的目录没有循环比较,只是比较了目录的名称 import sys, os def difference(seq1, seq2): """ 返回仅在seq1中的项 """ return [item for item in seq1 if item not in seq2] def reportdiff(unique1, unique2

ORACLE如何比较两个数据库的差异

ORACLE怎么比较两个数据库的差异方法1:使用PL-SQL工具点击工具->比较用户对象

ThinkPHP5 与 ThinkPHP3.* 之间的使用差异

因为研究TP5时间不是很长,暂时先列以下几处差异: 1.过去的单字母函数已完全被替换掉,如下: S=>cache,C=>config,M/D=>model,U=>url,I=>input,E=>exception,L=>lang,A=>controller,R=>action 2.模版渲染:$this->display() => return view()/return $this->fetch(); 3.在model中调用自身mod

SQL Server差异备份的备份/还原原理

SQL Server差异备份的备份/还原原理记住一点:差异备份是基于最后一次完整备份的差异,而不是基于最后一次差异的差异备份过程: 1-完整备份之后有无对数据库做过修改,如果有,记录数据库的最后LSN(Last LSN) 如果完整备份之后无对数据库做过修改,那么差异备份就没有意义了 2-做差异备份时根据差异位图读取差异页面内容注意:差异位图记录了自从最后一次完整备份以来数据库中有变化的页面,这样在做差异备份时候就不用扫全库页面,只需要读取有差异的页面 3-在备份之前,数据库会做

比较一下以“反射”和“表达式”执行方法的性能差异

由于频繁地使用反射会影响性能,所以ASP.NET MVC采用了表达式树的方式来执行目标Action方法.具体来说,ASP.NET MVC会构建一个表达式来体现针对目标Action方法的执行,并且将该表达式编译成可执行代码.编译后的可执行代码体现为一个委托对象,该委托对象会被缓存起来以用于针对同一个Action方法的执行.为了让大家能够和直观地理解两种(直接利用反射和利用表达式编译后的委托对象)方法执行在性能上的差异,我们来做一个简单的实例演示.我们在一个控制台应用中定义了如下一个Foobar类型

MySQL char与varchar的差异

字符与字节的区别一个字符由于所使用的字符集的不同,会并存储在一个或多个字节中,所以一个字符占用多少个字节取决于所使用的字符集注意:char与varchar后面接的数据大小为存储的字符数,而不是字节数 char与varchar的差异为方便说明,我们下面定义一个表: CREATE TABLE `t_users` ( `name` CHAR(10) NOT NULL, `subject` VARCHAR(10) NOT NULL, `description` CHAR(10) NOT N

iOS Class 使用NSProxy和NSObject设计代理类的差异

经常发现在一些需要使用消息转发而创建代理类时, 不同的程序员都有着不同的使用方法, 有些采用继承于NSObject, 而有一些采用继承自NSProxy. 二者都是Foundation框架中的基类, 并且都实现了<NSObject>这个接口, 从命名和文档中看NSProxy天生就是用来干这个事情的. 但即便如此, 它们却都定义了相同的消息转发的接口, 那我们在使用二者来完成这个工作时有什么差异呢. 先贴一下通过二者来创建代理类的最基本实现代码. 继承自NSProxy 12345678910111

diff 比较两个文件的差异

功能:比较两个文件的差异,并把不同地方的信息显示出来.默认diff格式的信息. diff比较两个文件或文件集合的差异,并记录下来,生成一个diff文件,这也是我们常说的补丁文件.也使用patch命令对相应的文件打补丁.differential [ˌdɪfəˈrenʃəl] 语法:diff [options] FILESFILES的格式: FILE1 FILE2 :源是一个文件,目标也是文件.这两个文件必须是文本文件.以逐行的方式,比较文本文件的异同处.DIR1 DIR2 :源是一个

.html(),.text()和.val()的差异总结：

.html(),.text()和.val()的差异总结: 1.html(),.text(),.val()三种方法都是用来读取选定元素的内容:只不过.html()是用来读取元素的html内容(包括html标签),.text()用来读取元素的纯文本内容,包括其后代元素,.val()是用来读取表单元素的"value"值.其中.html()和.text()方法不能使用在表单元素上,而.val()只能使用在表单元素上:另外.html()方法使用在多个元素上时,只读取第一个元素:.val()方法和

readcount显著差异 但是tpm不显著

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