SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复. 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元,比如5个碱基(ACGTA),连续进行重复多次的重复.根据重复单元的长短,可将其细分为如下几类. < 6 bp 微卫星DNA 10-60 bp 小卫星DNA 100-300 bp 卫星DNA 等... 今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的软件,MISA 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定,因为叶绿体基因组序列

REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P). REPuter 是可在线注释, 详情可戳参考文献. Robert* REPuter: The Manifold Applications of Repeat Analysis on a Genomic Scale 其中重复序列的4种类型如下所示 1 示例文件操作 进入网站后,点击Submission, 而后使用示例文件example

mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较,可以对比对结果进行可视化. 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上传文件不得> 10 Mb 可选文件 比对程序 (一般选第3个即可) a. AVID b. LAGAN c. Shuffle-LAGAN 序列名称(序列名称会显示在结果图片中) 注释文件 (添加注释文件,可显示在结果图片中) 注释文件格式如下 < 106481

Per Base Sequence Content对所有reads的每一个位置,统计ATCG四种碱基(正常情况)的分布: 横轴为位置,纵轴为百分比. 正常情况下四种碱基的出现频率应该是接近的,而且没有位置差异.因此好的样本中四条线应该平行且接近.当部分位置碱基的比例出现bias时,即四条线在某些位置纷乱交织,往往提示我们有overrepresented sequence的污染.当所有位置的碱基比例一致的表现出bias时,即四条线平行但分开,往往代表文库有bias (建库过程或本身特点),或者是测

核糖体没有DNA,但是有RNA(rRNA 核糖体RNA) 有DNA的细胞器是线粒体和叶绿体.

外显率(penetrance): 外显率是指条件下,群体中某一基因型(通常在杂合子状态下)个体表现出相应表型的百分率.外显率等于100%时称为完全外显(complete penetranc)低于100%时则为不完全外显(incomplete penetranc)或外显不全.譬如说,玉米形成叶绿素的基因型AA或Aa,在有光的条件下,应该 100%形成叶绿体,基因A的外显率是100%:而在无光的条件下,则不能形成叶绿体,我们就可以说在无光的条件下,基因A的外显率为0.另外如在黑腹果 蝇中,隐性的间断

背景: mitoMaker是一款线粒体/叶绿体组装的pipeline软件,可以从原始的下机数据开始,自动化的组装基因组,注释基因结构,最终生成genebank, fasta 等文件. 整个pipeline 可以分成6个主要步骤: 1)基于不同大小的kmer 值进行denovo 组装 2)查找对应的结构基因,并检测第一步组装的结果是否环化: 3) 从所有的组装结果中,挑选一个最佳的组装结果: 4)将最佳的组装结果作为参照,调用Mira 和 MITObim, 延长组装结果,并进行gap  close

对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域,还是会有很多的区域覆盖不到,而这些区域正是发挥调控功能的非编码基因区域,近年来,非编码功能的研究越来越多,如果拼接出来的基因组上缺少这部分序列,无法进行后续的研究: 而且由于测序读长的限制和拼接算法的原因,对于重复序列,GC异常区域,会存在组装错误,甚至组装不出来: 三代测序,其长读长和无GC偏好性

转载:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201241014835362/ http://blog.sina.com.cn/s/blog_4476400f0100iq0x.html   EST----对EST序列进行冗余查找,利用CD_HIT软件聚类,快速批量去除冗余序列 est-trimer(去掉帽子和尾巴,去掉太短而不可信的) RepeatMaster(去掉转座子等重复) seqclean(去除载体,线粒体叶绿体等序列) CAP

5.11线粒体和叶绿体是通过内共生进化而来的 初始细胞俘获有功能的真细菌(eubacteria)进入细胞内,该细菌逐渐演化为细胞器,这种现象称为内共生(endosymbiosis),所以该细胞器携带细菌的所有基因.依据基因序列比对,可知线粒体与叶绿体来源于不同世系(lineage)的不同真细菌.因为在演化过程中,真细菌环境发生了改变,所以真细菌的与独立生活有关的基因消失,同时基因被转移到细胞核内(因为部分编码细胞器基因来源于细胞核). 基于细胞器基因的转移,我们可以计算其转移速率,因为通常在细胞

5.10叶绿体基因组编码多种蛋白质和RNA 叶绿体和线粒体的共同点:叶绿体和线粒体的大小,功能(编码区)大体一致,但叶绿体拥有更多基因,所以在编码tRNA时,也有内含子作为被剪切片段. 因为在原核生物仅拥有非断裂基因的时候,那时候没有叶绿体,此时发生共生事件(endosymbiosis),即一个有叶绿体功能的细菌进入了原核细胞,该细菌的原始intron是一个整体,一部分去做tRNA的反密码子环区了,一部分做编码蛋白质基因中的内含子,后来进化过程中基因断裂,逐步分化了. 叶绿体与线粒体的区别:因为

5.9细胞器基因组是编码细胞器蛋白质的环状DNA分子 细胞器中除真核细胞线粒体DNA(mtDNA)是线性的外,都是环状分子,比如叶绿体DNA(ctDNA,cpDNA).因为单个细胞器有几套不同拷贝的细胞器基因组,同一个细胞内有许多不同细胞器.所以,细胞器基因组可以认为是重复序列. 叶绿体基因组大,线粒体基因组依据不同生物个体差别很大(小的有酵母,大的有植物线粒体(与大容量基因组相对应的是基因组结构的复杂性)如图,线粒体可编码rRNA.tRNA和蛋白质,其中,rRNA量比较稳定和:tRNA随个体不

5.8某些细胞器含有DNA 因为除细胞核内的染色体外,细胞质中的细胞器上也有遗传物质(这类遗传物质被称为核外基因(extranuclear gene),比如线粒体上的rRNA,这是因为细胞器基因组是独立于细胞核内遗传物质进行遗传的,拥有自身的一套规则,有如下区别:无论细胞器上的遗传物质是杂合(有来自父母双方的遗传物质)时或是纯合(单亲遗传物质),都不会发生重组,但是复制过程中的突变率更高). 但是减数分裂过程中,细胞质内的细胞器不能把一套遗传物质完整传入配子中,所以出现了与孟德尔遗传现象中,遗传

生物遗传学整理人PYJ (恋_紫花地丁) 高中生物唯一需要数学知识的就是遗传学的概率计算了.这里对简单的遗传学规律做一些总结. 目录: 1.      孟德尔第一定律(分离定律): 2.      孟德尔第二定律(自由组合定律) 3.      连锁交换 4.      基因的相互作用 1)      等位基因的相互作用 ①  完全显性 ②  不完全显性 ③  共显性关系 2)      等位基因的相互作用 ①  基因互作 ②  上位效应 ③  微效基因累加作用 5.      细胞质遗传 6.

针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长     DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业.测序技术的应用也扩展到了生物.医学.制药.健康.农林.园艺.花卉.环保.法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业.据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长速度,预计2017年市场产值将加倍.因此可以说,基因测序在我国生物科技领域具有非常重要的战略意义.        “第三代测序技术”的

原型模式(Prototype Pattern) 该文章的最新版本已迁移至个人博客[比特飞],单击链接 https://www.byteflying.com/archives/395 访问. 原型模式属于创建型模式,使用原型实例指定待创建对象的类型,并且通过复制这个原型来创建新的对象. 原型模式关注的是大量相同或相似对象的创建问题.应用原型模式就是建立一个原型,然后通过对原型来进行复制的方法,产生一个和原型相同或相似的新对象. 角色: 1.抽象原型(Prototype) 声明一个克隆自身的接口,通

蛋白质翻译后修饰(PTM)在控制植物生长发育以及逆境适应方面发挥着重要的作用.发生在半胱氨酸巯基的亚磺酰化修饰(R-SOH)是一种可逆的氧化修饰类型,可以通过与其他修饰形态形成二硫键的形式来保护蛋白不被氧化损伤,是调控蛋白功能.代谢通路以及激素信号的重要方式.蛋白的氧化还原修饰被认为是ROS信号在细胞内和细胞间传递的重要途径.​ 2021年8月4日,华中农业大学油菜团队郭亮课题组在国际知名期刊Plant, Cell & Environment (IF=7.228)上发表了题为 "Prot

目录 2010年1月:大豆基因组首次发表(Nature) 2010年12月:31个大豆基因组重测序(Nature Genetics) 2014年10月:野生大豆泛基因组(Nature Biotechnology) 2015年2月:大豆在驯化和改良过程中遗传多态性明显降低(Nature Biotechnology) 2017年8月:GWAS解析大豆重要性状网络(Genome Biology) 2018年8月:中国国审大豆品种中黄13的基因组完成(Science China Life Science

目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SNP/INDEL 分析和全基因组比对 遗传图谱构建 转座子(TE)检测和重复序列屏蔽 基因预测和注释 转录因子(TF)鉴定 非编码RNA鉴定 转录组组装和豇豆物种形成分析 抗病基因鉴定 全基因组复制分析 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome seque