RNA-seq上传GEO

2024-10-30

上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

12、geo数据上传

1.注册一个NCBI账户注册geo账户(老用户和新用户): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 有3个月的时间 GEO DataSets >> GEO Home >> Login to Submit >> Recover Account (老用户) 或者 Contact Information (新用户) 2.GEOarchive has three required components:(准备文件) 1)a m

PHP+ajaxfileupload与jcrop插件结合完成头像上传

昨天花了点时间整合了一下头像插件东拼西凑的成果先来看下效果

java jfinal + ajaxfileupload.js 上传

功能上传需求:同时上传多张图片前端:jquery.ajaxfileupload.js 后端:jfinal upload.htm <html> <body> <div class="form-element-file-wapper"> <button type="button">上传照片</button> <input type="file" id="image0&qu

MapReduce中使用SequenceFile的方式上传文件到集群中

如果有很多的小文件,上传到HDFS集群,每个文件都会对应一个block块,一个block块的大小默认是128M,对于很多的小文件来说占用了非常多的block数量,就会影响到内存的消耗, MapReduce处理这些文件的话也是需要很多的Map来处理. 如果存在大量的小数据文件,可以使用SequenceFile. 同时使用SequenceFile还可以用SequenceFile自带的一些压缩算法来减少这些细小文件的占用空间. 1.使用SequenceFile相关代码把本地Windows上的很多小文件

结合bootstrap fileinput插件和Bootstrap-table表格插件，实现文件上传、预览、提交的导入Excel数据操作流程

1.bootstrap-fileinpu的简单介绍在前面的随笔,我介绍了Bootstrap-table表格插件的具体项目应用过程,本篇随笔介绍另外一个Bootstrap FieInput插件的使用,整合两者可以实现我们常规的Web数据导入操作,导入数据操作过程包括有上传文件,预览数据,选择并提交记录等一系列操作. 关于这个插件,我在早期随笔<Bootstrap文件上传插件File Input的使用>也做了一次介绍,这是一个增强的 HTML5 文件输入控件,是一个 Bootstrap 3.x

基于tornado的文件上传demo

这里,web框架是tornado的4.0版本,文件上传组件,是用的bootstrap-fileinput. 这个小demo,是给合作伙伴提供的,模拟APP上摄像头拍照,上传给后台服务进行图像识别用,识别结果OK,则告知客户端不需要继续上传图片了,若结果不ok,则还要继续上传.利用的是每次上传的图片,拍摄的角度或者光线什么的可能不同,丰富后台识别系统识别的判决依据. 还有一点,要注意的是,一般基于http请求操作,都是基于session操作,我们要标识多次图像上传的操作,对应的是同一个业务流,怎么

利用vue-cropper做的关于图片裁剪、压缩、上传、预览等做的一个公共组件

公共组件: <template> <div> <div class="upload-box"> <div class="image-box" v-if="imageUrl" :style="{'background-image': 'url('+ imageUrl +')', 'height': imageHeight}"></div> <div class=&

你真的了解字典(Dictionary)吗? C# Memory Cache 踩坑记录 .net 泛型结构化CSS设计思维 WinForm POST上传与后台接收高效实用的.NET开源项目 .net 笔试面试总结(3) .net 笔试面试总结(2) 依赖注入 C# RSA 加密 C#与Java AES 加密解密

你真的了解字典(Dictionary)吗? 从一道亲身经历的面试题说起半年前,我参加我现在所在公司的面试,面试官给了一道题,说有一个Y形的链表,知道起始节点,找出交叉节点.为了便于描述,我把上面的那条线路称为线路1,下面的称为线路2. 思路1 先判断线路1的第一个节点的下级节点是否是线路2的第一个节点,如果不是,再判断是不是线路2的第二个,如果也不是,判断是不是第三个节点,一直到最后一个.如果第一轮没找到,再按以上思路处理线路一的第二个节点,第三个,第四个... 找到为止.时间复杂度n2,

nginx 配置记录上传文件大小 size client

cat nginx.conf worker_processes auto;events { worker_connections 1024;}http { include mime.types; default_type application/octet-stream; log_format main '$remote_addr - $remote_user [$time_local] "$request" ' '$status $body_bytes_sent "$htt

RNA -seq

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异等在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞

优酷视频上传api及demo代码

1,优酷正常上传流程: 1). create:连接开放平台上传接口服务器,服务器端会返回upload_token以及upload_server_uri.2). create_file:连接上传服务器(通过upload_server_uri解析出上传服务器IP地址,以下所述上传服务器,均指此IP地址对应的服务器).主要目的是创建上传文件,提交上传文件信息. 3). new_slice:连接上传服务器,以upload_token作为参数,请求创建slice_task_id,获取第一个上传分片的开始位

restapi（1）- 文件上传下载服务

上次对restapi开了个头,设计了一个包括了身份验证和使用权限的restful服务开发框架.这是一个通用框架,开发人员只要直接往里面加新功能就行了.虽然这次的restapi是围绕着数据库表的CRUD操作设计的,但文件类数据在服务端与客户端之间的交换其实也很常用,特别是多媒体类如图片等文件类型.那我们就试着设计一个文件交换服务功能然后看看能不能很方便的加入到restapi框架内. akka-http是以akka-stream为核心的,使用了大量的akka-stream功能.akka-stream

批量执行（Linux命令，上传/下载文件）

前言: 每个公司的网络环境大都划分办公网络.线上网络,之所以划分的主要原因是为了保证线上操作安全: 对于外部用户而言也只能访问线上网络的特定开放端口,那么是什么控制了用户访问线上网络的呢? 防火墙过滤......! 对于内部员工而言对线上系统日常运维.代码部署如何安全访问线上业务系统呢?如何监控.记录技术人员的操作记录? 堡垒机策略: 1.回收所有远程登录Linux主机的用户名.密码: 2.中间设置堡垒机(保存所有线上Linux主机的用户名.密码): 3.所有技术人员都要通过堡垒机去获取用户名

Docker-生成镜像、服务搭建（redis集群、kibana、运行项目jar包）、上传镜像至阿里云

目录生成自己的镜像 1.下载官方tomcat镜像 2.运行镜像后将webapp目录里新增文件(官方镜像是没有页面的具体操作见) 3.使用docker ps -a 查看刚刚修改后的容器id 4.执行下面操作 5.执行docker images 查看,可以看到上一步创建的镜像 6.启动新的镜像,访问http://192.168.1.232:83/发现可以正常显示页面,证明这个镜像已经封装好了 7.通过以下命令查看刚制作的镜像记录数据卷|数据挂载 1.在服务器中创建一个目录,用于存放容器内的文件

Asp.Net Mvc 使用WebUploader 多图片上传

来博客园有一个月了,哈哈.在这里学到了很多东西.今天也来试着分享一下学到的东西.希望能和大家做朋友共同进步. 最近由于项目需要上传多张图片,对于我这只菜鸟来说,以前上传图片都是直接拖得控件啊,而且还是一次只能传一张.由于现在项目用的是MVC,像Asp那样拖控件是不现实了.在我脑海中立刻就浮现出一个想法,网上一定有插件,哈哈.去网上一搜索,哇哦这么多.在众多的插件中我被百度的WebUploader吸引了.官网上写着:"WebUploader是由Baidu WebFE(FEX)团队开发的一个简

PHP搭建大文件切割分块上传功能

背景在网站开发中,文件上传是很常见的一个功能.相信很多人都会遇到这种情况,想传一个文件上去,然后网页提示"该文件过大".因为一般情况下,我们都需要对上传的文件大小做限制,防止出现意外的情况. 但是在有些业务场景中,大文件上传又是必须的,比如邮箱附件,或者内部OA等等. 问题服务端为什么不能直接传大文件?跟php.ini里面的几个配置有关 upload_max_filesize = 2M //PHP最大能接受的文件大小 post_max_size = 8M //PHP能收到的最大PO

jquery.uploadify文件上传组件

1.jquery.uploadify简介在ASP.NET中上传的控件有很多,比如.NET自带的FileUpload,以及SWFUpload,Uploadify等等,尤其后面两个控件的用户体验比较好,无刷新,带上传进度等等.在最近的短信平台开发中,使用Uploadify进行文件上传. Uploadify官网地址是:http://www.uploadify.com/ 可满足项目开发需求. 下载地址:http://www.uploadify.com/wp-content/uploads/files/

如何在nuget上传自己的包+搭建自己公司的NuGet服务器（新方法）

运维相关:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#iis 先注册一个nuget账号https://www.nuget.org/ 下载并安装一下NuGetPackageExplorer:https://github.com/NuGetPackageExplorer/NuGetPackageExplorer 创建一个包(vs其实也是可以制作的,我这边说最简单的方法) 添加资源包并修改metadata 保存一下先说第一种上传方法: 自带的上传:

06.LoT.UI 前后台通用框架分解系列之——浮夸的图片上传

LOT.UI分解系列汇总:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#lotui LoT.UI开源地址如下:https://github.com/dunitian/LoTCodeBase/tree/master/LoTUI 先看在LoT.UI里面的应用效果图: 懒人福利:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/5535455.html(一句代码直接实现) 关键代码解析:(https://github.com/dunit

RNA-seq上传GEO

热门专题