根据拿到的表达矩阵设为exprSet 1.用scale 进行标准化 数据中心化:数据集中的各个数字减去数据集的均值 数据标准化:中心化之后的数据在除以数据集的标准差. 在R中利用scale方法来对数据进行中心化和标准化 1 scale(data, center=T, scale=F) 2 3 其中,center为T,表示数据中心化 4 5 scale为T,表示数据标准化 6 7 对一个data frame的每一列进行计算 并不是表达矩阵里面的所有基因都可以进行相关性分析,首先去除reads co

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞

计算两点间的距离 Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others)Total Submission(s): 90382    Accepted Submission(s): 34566 Problem Description 输入两点坐标(X1,Y1),(X2,Y2),计算并输出两点间的距离.   Input 输入数据有多组,每组占一行,由4个实数组成,分别表示x1,y1,x2,

计算两点间的距离 Problem Description 输入两点坐标(X1,Y1),(X2,Y2),计算并输出两点间的距离.   Input 输入数据有多组,每组占一行,由4个实数组成,分别表示x1,y1,x2,y2,数据之间用空格隔开.   Output 对于每组输入数据,输出一行,结果保留两位小数.   Sample Input 0 0 0 1 0 1 1 0   Sample Output 1.00 1.41   #include<stdio.h> #include<stdlib

-- ============================================= -- Author:Forrest -- Create date: 2013-07-16 -- Description: 根据经纬度计算两点间的距离;返回米(m) -- ============================================= ALTER FUNCTION [dbo].[Fun_MathRange] ( ,), ,), ,), ,) ) RETURNS int AS

我们可以使用正切操作将角度转变为斜率,那么怎样利用斜率来转换为角度呢?可以利用斜率的反正切函数将他转换为相应的角度.as中有两个函数可以计算反正切,我们来看一下. 1.Math.atan() Math.atan()接受一个参数:用法如下: angel=Math.atan(slope) angel为一个角度的弧度值,slope为直线的斜率,是一个数字,这个数字可以是负的无穷大到正无穷大之间的任何一个值. 不过,利用他进行计算比较复杂.因为他的周期性,一个数字的反正切值不止一个.例如atan(-1)

计算两点间的距离 Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others)Total Submission(s): 254764    Accepted Submission(s): 88773 Problem Description 输入两点坐标(X1,Y1),(X2,Y2),计算并输出两点间的距离.   Input 输入数据有多组,每组占一行,由4个实数组成,分别表示x1,y1,x2

夜深人静时分,宿舍就我自己,只有蚊子陪伴着我,我慢慢码下这段文字............ 感觉知识结构不完善:上学期看论文,发现类间离散度矩阵和类内离散度矩阵,然后百度,找不到,现在学模式识别,见了,发现是数学公司,不过老师不讲........ 一.问题来源 今天有个意想不到的收货,下午讲课的时候遇到一个人主动加我,来自南京信息工程大学的某X(处于隐私保护,未经李某X同意,笔者不敢公开其信息),下面是他的话:很久没去博客园了....现在只有matlab版本的一些hash算法;我现在主要就是在研究

#include<iostream> #include<string> #include<cmath> #include<iomanip> using namespace std; struct City //城市结构体 { string name; int EorW;//东经还是西经?东经1,西经0 int NorS;//北纬还是南纬?北纬1,南纬0 double lon;//经度 double lat;//纬度 City() { EorW = ; Nor

  Time Limit:1000MS     Memory Limit:32768KB     64bit IO Format:%I64d & %I64u   Description 输入两点坐标(X1,Y1),(X2,Y2),计算并输出两点间的距离.   Input 输入数据有多组,每组占一行,由4个实数组成,分别表示x1,y1,x2,y2,数据之间用空格隔开.   Output 对于每组输入数据,输出一行,结果保留两位小数.   Sample Input 0 0 0 1 0 1 1 0  

Problem Description 输入两点坐标(X1,Y1),(X2,Y2),计算并输出两点间的距离.   Input 输入数据有多组,每组占一行,由4个实数组成,分别表示x1,y1,x2,y2,数据之间用空格隔开.   Output 对于每组输入数据,输出一行,结果保留两位小数.   Sample Input 0 0 0 1 0 1 1 0   Sample Output 1.00 1.41 #include<stdio.h> #include<math.h> int ma

地球是一个近乎标准的椭球体,它的赤道半径为6378.140千米,极半径为6356.755千米,平均半径6371.004千米.如果我们假设地球是一个完美的球体,那么它的半径就是地球的平均半径,记为R.如果以0度经线为基准,那么根据地球表面任意两点的经纬度就可以计算出这两点间的地表距离(这里忽略地球表面地形对计算带来的误差,仅仅是理论上的估算值).设第一点A的经纬度为(LonA, LatA),第二点B的经纬度为(LonB, LatB),按照0度经线的基准,东经取经度的正值(Longitude),西经

http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=2001 Problem Description 输入两点坐标(X1,Y1),(X2,Y2),计算并输出两点间的距离.   Input 输入数据有多组,每组占一行,由4个实数组成,分别表示x1,y1,x2,y2,数据之间用空格隔开.   Output 对于每组输入数据,输出一行,结果保留两位小数.   Sample Input 0 0 0 1 0 1 1 0   Sample Output 1.00 1.41  

下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1.通过vcftools计算FST 命令行如下: ./vcftools --vcf input_data.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out pop1_vs_pop2 其中,input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt,只有一

#java的Utilspublic class DistanceUtil { // 地球平均半径 private static final double EARTH_RADIUS = 6378137; // 把经纬度转为度(°) private static double rad(double d) { return d * Math.PI / 180.0; } /** * 根据两点间经纬度坐标(double值),计算两点间距离,单位:千米 * @author ershuai * @param

计算14通道得脑电数据吗,将得出的样本熵插入Excel表格 a = zeros(1,14); b = a'; for i =1:14 b(i) = SampEn(d1_1(i,1:3000),2,0.2*std(d1_1(i,1:3000))); end xlswrite('C:\Users\25626\Desktop\滤波后数据\14\样本熵\样本熵.xlsx',b,'Sheet1','J');%数据写入A列 调用的SampEn函数 function SampEnVal = SampEn(da

SimpleDateFormat simpleDateFormat = new SimpleDateFormat("HH:mm"); Date date_begin = simpleDateFormat.parse(beginTime); Date date_end = simpleDateFormat.parse(endTime); Long duration = date_end.getTime() - date_begin.getTime(); // 计算差多少分钟 long n

<?php //根据经纬度计算距离 function getdistance($lng1,$lat1,$lng2,$lat2) { //将角度转为狐度 $radLat1=deg2rad($lat1); $radLat2=deg2rad($lat2); $radLng1=deg2rad($lng1); $radLng2=deg2rad($lng2); $a=$radLat1-$radLat2;//两纬度之差,纬度<90 $b=$radLng1-$radLng2;//两经度之差纬度<180

算法要求: 在一个无向连通图中求出两个给定点之间的所有路径: 在所得路径上不能含有环路或重复的点: 算法思想描述: 整理节点间的关系,为每个节点建立一个集合,该集合中保存所有与该节点直接相连的节点(不包括该节点自身): 定义两点一个为起始节点,另一个为终点,求解两者之间的所有路径的问题可以被分解为如下所述的子问题:对每一 个与起始节点直接相连的节点,求解它到终点的所有路径(路径上不包括起始节点)得到一个路径集合,将这些路径集合相加就可以得到起始节点到终点的所有路径:依次类推就可以应用递归的思想,

小o地图Excel插件版:一款基于Excel软件开发的地图软件,提供基于Excel表格进行地理数据挖掘.地理数据分析.地图绘制.地图图表等功能的工具类软件.具有易用.高效.稳定的特点,能够满足地理数据应用及处理需求,也可提供个性化定制开发服务. 软件下载地址:[http://www.gis9.com/Index.html#produce] 使用步骤: 1.执行线路查询功能,输入起止经纬度,设定条件后,执行查询功能. 2.选择图表关联,选中表格记录行,地图上自动绘制路线及起止点图表. 3.线路查询