SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

生命组学 按照功能分类遗传物质,可能的分类有系统流.操作流.平衡流等等.下面是使用该理论解释DNA与RNA的关系: DNA和RNA有很大不同,DNA存储遗传信息,作为生命活动的最内核物质,如同操作系统内核一样,因而被称为系统流.依据中心法则得到的翻译得到RNA,RNA再翻译成蛋白质,蛋白质用于生命活动,所以RNA是随着生命活动不断转移和改变的,故被称为操作流.为了满足不同生命活动的需要,RNA变得比DNA灵活许多.但是DNA作为遗传物质的内核,必须保证一定的稳定性,否则生物形态就不可能在一段时间

RNAcentral 是EBI 开发的一个非编码RNA的数据库. 网址如下: http://rnacentral.org/ RNAcentral 整合了包括 Ensembl, GENCODE,Greengenes, HGNC, LNCipedia, lncRNAdb, miRbase, NONCODE,RDP, RefSeq, Rfam, SILVA 在内的多个数据库,完整的数据库列表见如下链接:http://rnacentral.org/expert-databases.对于每一条非编码RNA

数据库方式原理在数据库中建立一张表,存放sequence名称(name),sequence当前值(current_value),步长(increment int类型每次读取多少个sequence,假设为K)等信息:Sequence获取步骤:1).当初次使用该sequence时,根据传入的sequence名称,从数据库这张表中读取current_value,和increment到MyCat中,并将数据库中的current_value设置为原current_value值+increment值:.My

在实现分库分表的情况下,数据库自增主键已经无法保证在集群中是全局唯一的主键了,因此mycat提供了全局的sequence,并且提供了本地配置.数据库配置等多种实现方式. 本地文件方式 采用该方式,mycat将sequence配置到classpath目录的sequence_conf.properties文件中,在sequence_conf.properties文件做如下配置 GLOBAL_SEQ.HISIDS= GLOBAL_SEQ.MINID=1001 GLOBAL_SEQ.MAXID=1000

多重比对序列的格式及其应用   这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结.在做系统演化分析.序列功能分析.基因预测等,都需要涉及到多重序列比对.特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时,会遇到各种的格式,而这些格式是如何产生的,有什么区别,格式之间如何转换,从哪里可以下载到相关的格式序列,不同的格式又有什么特殊的用途等,本篇文章将就这些问题进行总结与讨论.因为涉及内容较多,不足之处,欢迎大家补充或者批判. 生物信息学的基础是基

1.创建一个web工程 2.导入jar包 3.创建Student表 4.创建实体类 package com.entity; public class Student { private Integer sid; private String sname; private String password; private String sex; private Integer cid; public Student() { } public Student(Integer sid, String

MVC 模式是一种严格实现应用程序个部分隔离的框架模式.这种"隔离"也叫"分离关注点" 通俗名称:"松耦合" 松耦合的应用程序价格设计方式,无论是短期还是长期,都能带来巨大好处. 开发: 单个组件不直接依赖于其他组件,可独立部署.替换.可减少组件之间的相互影响 测试: 组件之间的松耦合带来的好处就是允许测试代码替换真是的产品组件,可减少直接调用数据库,可以直接RNA该数据库调用组件返回静态数据.这种模拟测试大大地简化.提升系统的真实性测试流程 维

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi

主键生成策略 sequence 数据库端 native 数据库端 uuid  程序端 自动赋值 生成的是一个32位的16进制数  实体类需把ID改成String 类型 assigned  程序端 需手动给值 <?xml version='1.0' encoding='utf-8'?> <!DOCTYPE hibernate-mapping PUBLIC "-//Hibernate/Hibernate Mapping DTD 3.0//EN" "http://

ZYB's Biology Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 131072/131072 K (Java/Others)Total Submission(s): 713    Accepted Submission(s): 522 Problem Description After getting 600 scores in NOIP ZYB(ZJ−267) begins to work with biological

Problem Description After getting scores ) begins to work with biological questions.Now he give you a simple biological questions: he gives you a DNA sequence and a RNA sequence,then he asks you whether the DNA sequence and the RNA sequence are match

详见:http://blog.yemou.net/article/query/info/tytfjhfascvhzxcyt332 全局序列号介绍 在实现分库分表的情况下,数据库自增主键已无法保证自增主键的全局唯一.为此,MyCat 提供了全局sequence,并且提供了包含本地配置和数据库配置等多种实现方式. 本地文件方式 原理:此方式MyCAT将sequence配置到文件中,当使用到sequence中的配置后,MyCAT会更下classpath中的sequence_conf.propertie

hibernate 主键生成策略配置: 通过 实体类映射文件中 <id>元素的 子元素 <generator> 元素进行配置 <generator> 常用配置: (1)<generator class="assigned"> 主键值 为手动指定 , 适合于 用户 自定义注册账号 (2)<generator class="native"> 主键值 由 数据库本地 负责生成, hibernate框架不做干涉 (

原题 function DNAtoRNA(dna) { // create a function which returns an RNA sequence from the given DNA sequence var regex = new RegExp('T','g'); return dna.replace(regex,'U'); } 这题关键是需要使用正则匹配所有的字母进行替换. function DNAtoRNA(dna){ return dna.replace(/T/g, 'U')

Java 笔记整理 包含内容     Unix Java 基础, 数据库(Oracle jdbc Hibernate pl/sql), web, JSP, Struts, Ajax Spring, Ejb, java和模式 Linux/Unix笔记 inode :存储编号(地址) ls -k:查看磁盘分区 ls -li:显示当前文件的inode号. 目录的大小跟文件的大小有关,跟目录里的文件(目录)数量无关. 一行多个命令的话,中间用分号分开.如:pwd;cal;date last | grep

不同于SQL Server的是,Oracle中插入数据的时候,没有自增列或者是标识列,但是,我们又不想显式的进行主键的插入,这里,必须在Oracle数据库中指定一个标识列,或者说是一个序列.具体方法如下: 先创建一个序列,具体方法为:CREATE SEQUENCE "数据库名"."序列名" INCREMENT BY 1 START WITH 1 MAXVALUE 1.0E28 MINVALUE 1 NOCYCLE CACHE 20 NOORDER: 要么写一个触发器

主键生成策略大致分两种: 手工控制策略 自动生成策略[框架自动生成和数据库自动生成] 手工控制策略: assigned:类型是任意的,需要在 save() 到数据库前,编码人员手工设置主键值,也就是调用对象的 setter方法进行赋值操作. 注:可以跨数据库,但是手动控制不能保证不重复,不推荐使用. 自动生成策略: 1 . uuid:自动生成 32 位及以上的随机字符串,生成的依据包括但不限于网卡地址,时间值等. 注:可以跨数据库,效率高,能保证唯一性,推荐使用[虽然占用空间大] 2 . inc

在hibernate中表与pojo对象是一一对应的,通过hbm文件将数据库表与实体关联起来,本文将对hbm文件进行介绍. pojo对象:提供了公共的无参构造方法 ,通过反射产生对象.                        属性用private修饰,并且生成对应的get/set方法.                        类不能用final来修饰,hibernate会产生代理类(cglib).                         类需要指明标识(id). 1.packa

今天观察了下clojure之父datomic.com的数据库 有点类似sequence数据库的变种 不过这类数据库,感觉用在移动端会更有市场: 1. 移动端需要这种可以本地存储,无删除,联网只增加,只记录事实的数据库,方便同步事件 2. 移动端存储大量的事实可以减少各类打点(特殊事件记录),更多维度的收集数据 当然,刚才那个只是针对需要缓存的情况,当所有事情都要立即在云端完成的时候,这种方案的意义就显得没这么大了