wget https://github.com/alexdobin/STAR/releases/STAR-2.5.2a.tar.gz tar -xzf STAR-2.5.2a.tar.gz cd STAR-2.5.2amake STAR 由于没有设置环境变量,所以每次运行的时候要加上绝对路径/STAR/STAR-2.5.2a/bin/Linux_x86_64/STAR --·······
文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇文献,解读这篇文献对我们使用RNAseq
与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-seq基础入门传送门 资料:RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach(2015) Bioinformatic Data Skill biostar handbook A survey of best practices for RNA-seq data an
DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategyDART:使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器 Abstract Motivation(动机): 近年来,大规模并行cDNA测序(RNA-Seq)技术已成为提供高分辨率测量表达和检测低丰度转录本的高灵敏度的强大工具. 但是,RNA-seq数据需要大量的计算量. 最根本和关键的步骤是将每个序列片段与参考基因组进行比对.近年来已经开发了各种从头拼接的RNA
The type com.sun.star.lang.XEventListener cannot be resolved. It is indirectly referenced from required异常: 这里我只引入了jodconverter-2.2.2以及jodconverter-cli.jar两个jar文件,其他的依赖文件没有引入,所以会提示异常. 解决办法:到官方网站下载jodconverter-2.2.2.zip,然后把lib文件夹下得所有jar包都拷进去,就可以了. 需要的包