Rosetta 做 relax

2024-10-28

ROSETTA使用技巧随笔--relax使用

Purpose: 主要说目的,relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索,寻找与WT相似并能量低于WT的结构,既包含packer又包含minimizer.主要的应用在对一个结构构象进行取样,获得一个构象assembly,同时还能应用于相似结构的比较,结构优化等,它主要能对空间结构中的clash进行释放,使整个结构的能量更优. Demos: 关于relax的教程及相关文件可见 <path_to_Rosetta_directory>/demos/tutorials/Relax_Tutoria

ROSETTA使用技巧随笔--蛋白蛋白对接

先写简略版,以后再详细写. 1. 对输入结构进行预处理(refine) $> relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/1qys.pdb @flag_input_relax flag_input_relax: -nstruct -relax:constrain_relax_to_start_coords -relax:ramp_constraints false -ex1 -ex2 -use_input_sc -

rosetta common sh: mpiCC command not found解决方法

在执行多线程编译rosetta时执行: python scons.py bin mode=release extras=mpi -j8 编译安装rosetta 会出现错误sh: mpiCC command not found导致编译终止. 解决方法: 1.首先确定已安装openmpi,不管你是安到/usr/local还是自己定义的安装目录,都要确定已经将openmpi的bin目录和lib目录放到环境变量里(我的安装目录是服务器上我的主目录下的Programs文件夹下的openmpi里).环境变量

ROSETTA使用技巧随笔--PyMOL实时观测ROSETTA模拟过程中的结构变化

没有梦想的人,就是一只咸鱼,像我,就有一个梦想,就是让蛋白模拟过程变成动画,动起来! 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来,但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能,这不,我发现了! 方法也很简单,首先确保你安装了PyMOL,安装下载都很简单,百度即可,下面说这两个软件怎么串连起来. 1.建立Rosetta与PyMOL两个软件的链接并不像Linux中需要用到ln命令那么复杂,操作如下: ..打开PyMOL: ..在PyMOL命令运行框里输入 run <path_to_R

Hadoop 究竟能做什么？

http://hi.baidu.com/jiuxiaoyao/item/ff0a19e5b09a953a87d9def3 现在好像大家都在讲大数据云计算 hadopp .那么hadoop究竟能做些什么呢? 网上的资料大多是这么写的: 一个分布式系统基础架构,由Apache基金会开发.用户可以在不了解分布式底层细节的情况下,开发分布式程序.充分利用集群的威力高速运算和存储.Hadoop实现了一个分布式文件系统(Hadoop Distributed File System),简称HDFS.HDF

用php做注册审核

做注册审核就像前面讲的注册登录一样,也是要连接数据库首先在数据库内要做这样一张表: 表名为users表里面的列名分别为用户名,密码,姓名,性别,生日,账户的状态,照片然后就可以写代码了,要注册的话,先来做一个简单注册页面: <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd&qu

我们是怎么做Code Review的

前几天看了<Code Review 程序员的寄望与哀伤>,想到我们团队开展Code Review也有2年了,结果还算比较满意,有些经验应该可以和大家一起分享.探讨.我们为什么要推行Code Review呢?我们当时面临着代码混乱.Bug频出的状况.当时我觉得要有所改变,希望能提高产品的代码质量,改善开发团队面临的困境.并且我个人在开发上有很多经验,也希望这些知识能够在团队内传播.各种考虑后,我们最后认为推行Code Review能改善或解决我们面临的很多问题. 这篇文章的目的不是告诉大家怎么在

传播正能量——做一个快乐的程序员

引子今天在博客园看到施瓦小辛格的文章我们搞开发的为什么会感觉到累,顿时有感而发.自己本来不擅长写文章,更不擅长写这种非技术性的文章,但是在思绪喷薄之际,还是止不住有很多话要说.针对从客观上说"搞开发的很累"这种说法,我也来发表一下我的看法. 我们的累我们搞开发的为什么会感觉到累,文中已经说了很多,简单的讲,主要是担心和紧张感以及加班的劳累. 明天项目上线,通宵改BUG,好累. 需求变来变去,这个项目什么时候是个头,好累现有的技术将要过时,面临淘汰,一堆的新技术要学,好累每天上下

为什么做java的web开发我们会使用struts2，springMVC和spring这样的框架?

今年我一直在思考web开发里的前后端分离的问题,到了现在也颇有点心得了,随着这个问题的深入,再加以现在公司很多web项目的控制层的技术框架由struts2迁移到springMVC,我突然有了一个新的疑问无法得到正确的解释,为什么我们现在做java的web开发,会选择struts2或者springMVC这样的框架,而不是使用servlet加jsp这样的技术呢?特别是现在我们web的前端页面都是使用velocity这样的模板语言进行开发,抛弃了jsp,这样的选择又会给我们java的web开发带来什么

调用AJAX做登陆和注册

先建立一个页面来检测一下我们建立的用户名能不能用,看一下有没有已经存在的用户名吗可以通过ajax提示一下 $("#uid").blur(function(){ //取用户名 var uid = $(this).val(); //查数据库,调ajax $.ajax({ url:"testchuli.php",//处理页面的地址 data:{u:uid},//要传递的数据 type:"POST",//提交方式 dataType:"TEXT

WPF做12306验证码点击效果

一.效果和12306是一样的,运行一张图上点击多个位置,横线以上和左边框还有有边框位置不允许点击,点击按钮输出坐标集合,也就是12306登陆的时候,需要向后台传递的参数. 二.实现思路 1.获取验证码图片首先,我们看12306登陆页面,F12,通过如图的位置,我们可以观察到,验证码的请求URL是“https://kyfw.12306.cn/otn/passcodeNew/getPassCodeNew?module=login&rand=sjrand&0.8291445260649148

使用 JavaScript 和 canvas 做精确的像素碰撞检测

原文地址:Pixel accurate collision detection with Javascript and Canvas 译者:nzbin 我正在开发一个需要再次使用碰撞检测的游戏.我通常会使用简单高效的盒模型碰撞检测.盒子模型的主要原则就是把所有的物体都抽象成正方形,如果两个正方形有重叠,就认为是一次碰撞.这通常是一个简单的游戏所需要的.但是因为这种模型我之前用过多次,我想尝试一些更深刻更准确的方法. 我选择从像素级层面来看是否发生了碰撞.首先我要了解“像素是什么”.我测试的元素透

做一个gulp+webpack+vue的单页应用开发架子

1.目标最近项目上的事情不多,根据我自己的开发习惯,决定开发一些简单的开发架子,方便以后事情多的时候直接套用.本文讲的一个gulp+webpack+vue的单页应用架子,想要达到的目的: 可以通过命令打包开发chunk,并支持热替换可以通过命令打包可发布的chunk 支持路由路由中的代码实现按需加载用CommonJs的风格组织代码代码结构尽量清晰易懂尽我所能先做出一个满足以上特点的架子吧,最近看完ES6,准备再去看看flux和reduce,看过之后再来思考下前端数据如何管理比较科学规

UWP开发之ORM实践：如何使用Entity Framework Core做SQLite数据持久层？

选择SQLite的理由在做UWP开发的时候我们首选的本地数据库一般都是Sqlite,我以前也不知道为啥?后来仔细研究了一下也是有原因的: 1,微软做的UWP应用大部分也是用Sqlite.或者说是微软推荐使用Sqlite吧! 2,简单!就只有一个类库没有多余的参照什么的.不像其他数据库还得做复杂配置什么的麻烦! 3,不需要数据库服务,数据服务和客户都在同一个进程里面.如下图: 4,作为存储系统它只支持一个用户一个数据实体. 5,跨平台跨结构,这个好! Sqlite主要使用内容如果想充分使用好S

用原生js做单页应用

最近在公司接到一个需求,里面有一个三级跳转.类似于选择地址的时候,选择的顺序是:省份->市->区.如果分三个页面跳转,那么体验非常不好,如果引入其他框架做成单页应用,又比较麻烦.所以可以用js把这一块做成单页应用的样子... 主要思路通过改变url的hash值,跳到相应模块.先把默认模块显示出来,其他模块隐藏,分别给三个模块定义三个hash值,点击默认模块的选项的时候,改变hash值,同时在window上监听hashchange事件,并作相应模块跳转逻辑处理.这样即可模拟浏览器的前进后退,而

动手做第一个Chrome插件

Chrome插件是令人惊讶的简单,一旦你弄懂它的工作和实现原理.它是由一部分HTML,一部分Js,然后混合了一个叫做manifest.json的Json文件组合而成的整体.这意味着你可以使用你最擅长的js框架去实现它. 如果你还是一个Chrome插件的新手并且想尝试写一个的话,下面的文章将会带领大家并且尝试让大家理解Chrome插件的工作机制.这篇文章将会讲述每一块架构,以及相互之间的联系和插件的一般化形式. 架构 Chrome插件中的文件大体上可以分成2部分:Chrome插件中确确实实存在的文

【定有惊喜】android程序员如何做自己的API接口？php与android的良好交互（附环境搭建），让前端数据动起来~

一.写在前面 web开发有前端和后端之分,其实android还是有前端和后端之分.android开发就相当于手机app的前端,一般都是php+android或者jsp+android开发.android和php在当下如此热门,我想作为一个android程序员还是应该清楚android与php的交互的,那么,今天我们就来尝试一波~ 二.环境准备 1)虽然现在十分流行wamp(windows+apache+mysql+php)和lamp的php开发模式,但是为了省时省力,今天我们就暂且使用xampp

游戏AI系列内容咋样才能做个有意思的AI呢

游戏AI系列内容咋样才能做个有意思的AI呢写在前面的话怪物AI怎么才能做的比较有意思.其实这个命题有点大,我作为一个仅仅进入游戏行业两年接触怪物AI还不到一年的程序员来说,来谈这个话题,我想我是不够格的.不过,在这有限的时间里边,我也多多少少的写过几个怪物.最初,很多怪物写完之后,就感觉很傻.一点意思都没有到后来的,慢慢的觉得,像是一点一点的赋予这个怪物生命一样,成就感满满.然后让我一步一步的告诉你什么是有意思的AI. 啊什么才是有意思的AI呢从宏观上来说,大到一个人,小到一只青蛙,都

手把手教你做个人 app

我们都知道,开发一个app很大程度依赖服务端:服务端提供接口数据,然后我们展示:另外,开发一个app,还需要美工协助切图.没了接口,没了美工,app似乎只能做成单机版或工具类app,真的是这样的吗?先来展示下我的个人app,没有服务端,没有美工完成的,换言之,我干了所有人的活: 这个app叫"微言",他对于我意义很重大,最初微言只是我一个练手的项目,刚刚工作,技术有限,微言只是sqlite记事本类app,只能本地操作,后来慢慢演变现在几近完美的app,从中我学到很多,熟悉了立项到上线的

Atitit.技术管理者要不要自己做开发？？

Atitit.技术管理者要不要自己做开发?? 1. 为什么很多管理者不能自己亲自做了1 1.1. 沟通成本多了1 1.2. .组织分散. 1 1.3. 会议多 .协调多 1 1.4. 问题的根源在于我们越来越厚重的管理, 2 2. 小型模式下可以亲自上阵.2 1. 为什么很多管理者不能自己亲自做了 1.1. 沟通成本多了就有所谓的管理者,管的人越多,管理者做技术的时间越少.要转变开发的模式,班聪明的人都去做管理了.根源还是研发团队的作战方式.一个项目需要那么多人,必然需要有管理,就有所谓的管

Rosetta 做 relax

热门专题