Purpose: 主要说目的,relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索,寻找与WT相似并能量低于WT的结构,既包含packer又包含minimizer.主要的应用在对一个结构构象进行取样,获得一个构象assembly,同时还能应用于相似结构的比较,结构优化等,它主要能对空间结构中的clash进行释放,使整个结构的能量更优. Demos: 关于relax的教程及相关文件可见 <path_to_Rosetta_directory>/demos/tutorials/Relax_Tutoria

先写简略版,以后再详细写. 1. 对输入结构进行预处理(refine) $> relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/1qys.pdb @flag_input_relax flag_input_relax: -nstruct -relax:constrain_relax_to_start_coords -relax:ramp_constraints false -ex1 -ex2 -use_input_sc -

没有梦想的人,就是一只咸鱼,像我,就有一个梦想,就是让蛋白模拟过程变成动画,动起来! 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来,但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能,这不,我发现了! 方法也很简单,首先确保你安装了PyMOL,安装下载都很简单,百度即可,下面说这两个软件怎么串连起来. 1.建立Rosetta与PyMOL两个软件的链接 并不像Linux中需要用到ln命令那么复杂,操作如下: ..打开PyMOL: ..在PyMOL命令运行框里输入 run <path_to_R

想必有些同学一定会奇怪,Odoo是如何将模块中的XML中的诸如record.menuitem是如何被组织和定义的,以及各种field的各种属性究竟有哪些,今天,我们就来一探究竟. Relax NG:“可扩展标记语言的下一代正规语言”是一种基于语法的可扩展标记语言模式语言,可用于描述.定义和限制 可扩展标记语言(标准通用标记语言的子集)词汇表.简单地说 Relax NG是解释XML如何被定义的一套XML.Odoo就是通过定义了一套rng文件定义了自己一套xml框架结构,在模块被安装或者升级的时候将

在执行多线程编译rosetta时执行: python scons.py bin mode=release extras=mpi -j8 编译安装rosetta 会出现错误sh: mpiCC command not found导致编译终止. 解决方法: 1.首先确定已安装openmpi,不管你是安到/usr/local还是自己定义的安装目录,都要确定已经将openmpi的bin目录和lib目录放到环境变量里(我的安装目录是服务器上我的主目录下的Programs文件夹下的openmpi里).环境变量

1.Rosetta uses SCons as a compile assistant. You will likely need to download and install this first. download website: http://www.scons.org/download.php install command: rpm -ivh scon*.rpm 2.install rosetta decompress packages: tar -xvzf Rosetta[rel

外语学习强烈推荐Rosetta Stone 外语学习强烈推荐Rosetta Stone

Relax信息学题库须知 1.本题库于2017.10.15开始建设(建设中),私聊我便可成为题库管理员,关注我即可成为题库成员.我的QQ:2026503022,微信:dy060207. 2.本题库的建立是为了帮助更多的OIers,每一名同学的成功便是我们的快乐. 3.发表讨论时不得乱发,不得说脏话. 4.本题库支持pascal.c++.c语言,可以使用头文件<bits/stdc++.h>. 5.题库网址:http://www.cnblogs.com/DingYi0602OIer/,友情链接:h

Problem   Codeforces Round #539 (Div. 2) - C. Sasha and a Bit of Relax Time Limit: 2000 mSec Problem Description Input The first line contains one integer n (2≤n≤3⋅10^5) — the size of the array. The second line contains n integers a1,a2,…,an (0≤ai<2^

refine 英[rɪˈfaɪn] 锐烦嗯 美[rɪˈfaɪn] vt. 提炼; 改善; 使高雅; == explore 英 [ɪkˈsplɔ:(r)] 一颗四普罗 美 [ɪkˈsplɔr] vi.勘查, 探测, 勘探;[医]探查(伤处等),探索,研究vt.探索, 探究, 仔细查看 第三人称单数: explores 现在分词: exploring 过去式: explored 过去分词: explored == distributions英 [dɪstrɪb'ju:ʃnz] 第四锤比有神思 . 美

cst(constraint file)文件示例: CST::BEGIN TEMPLATE:: ATOM_MAP: atom_name: C6 O4 O2 TEMPLATE:: ATOM_MAP: residue3: D2N TEMPLATE:: ATOM_MAP: atom_type: Nhis, TEMPLATE:: ATOM_MAP: residue1: H CONSTRAINT:: distanceAB: CONSTRAINT:: angle_A: CONSTRAINT:: angle_

一般运行ROSETTA,屏幕上的Log很多,而且很复杂,让我们看着眼晕,现在我们可以通过控制Log等级来控制屏幕上输出的东西.  Integer Level 0 Fatal 100 Error 200 Warning 300 Info 400 Debug 500 Trace 使用 -out:level <integer> 选项即可控制屏幕输出: 0 代表只输出致命型错误,程序异常终止 100 代表输出一般错误信息,程序终止 200 代表会输出警告信息,程序继续运行 300 代表输出一般信息,包

Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识,氨基酸残基的所有相关原子,均原封不动的表示出来,比如主链即侧链上的所有原子,N O S等,全原子表示的优势在于计算准确,但是耗时较长: Centroid Representation即质心标识,除了主链骨架用原子(主链氨基N,CA,羧基C,羧基O,氨基H)表示外,其余侧链,均用质心(CB或者CEN)来表示,即忽略具体的侧链构成,用相

很简单,因为使用了mpi编译版本的rosetta,却只给它分配了一个线程,然后这个线程用于分配任务,就没有线程跑任务,所以就freeze了

安装openmpi2.1.0版本,编译mpi rosetta时出现 MPI has not been declared 错误,经过一系列的摸索发现安装openmpi-1.6.5就可以顺利编译,降低版本就可以 这个问题就说明并不是最新版本软件是最好的.

单源最短路径 给定一个图,和一个源顶点src,找到从src到其它所有所有顶点的最短路径,图中可能含有负权值的边. Dijksra的算法是一个贪婪算法,时间复杂度是O(VLogV)(使用最小堆).但是迪杰斯特拉算法在有负权值边的图中不适用,Bellman-Ford适合这样的图.在网络路由中,该算法会被用作距离向量路由算法.Bellman-Ford也比迪杰斯特拉算法更简单.但Bellman-Ford的时间复杂度是O(VE),这要比迪杰斯特拉算法慢.(V为顶点的个数,E为边的个数) 算法描述 输入:图

D. Rosetta Problem 题目连接: http://www.codeforces.com/contest/656/problem/D Description ++++++++[>+>++>+++>++++>+++++>++++++>+++++++>++++++++>+++++++++>++++++++++>+ ++++++++++>++++++++++++>+++++++++++++>+++++++++++++

CF1109A Sasha and a Bit of Relax 用 \(xorsum[l,r]\) 表示 \(a[l] \oplus a[l+1] \oplus a[l+2]... a[r-1] \oplus a[r]\). 则数对 \((l,r)\) 满足 \(xorsum[l,mid]=xorsum[mid+1,r]\ and\ 2|(r-l).\)而 \[ xorsum[l,mid]=xorsum[mid+1,r]\\ \Leftrightarrow xorsum[l,r]=0\\ \L

Sasha likes programming. Once, during a very long contest, Sasha decided that he was a bit tired and needed to relax. So he did. But since Sasha isn't an ordinary guy, he prefers to relax unusually. During leisure time Sasha likes to upsolve unsolved

本文出自:http://www.cnblogs.com/2186009311CFF/p/7500637.html Rosetta Stone默认安装在C盘的,很不好,故找到次解决方案: 总体就是移动文件夹,配置默认文件路径,并把文件移至相应路径,再重启更新即可,如若总是重启更新,请断网重启. 需关闭杀毒软件安装 1.安装rosetta stone5.0.13.exe ,默认在C:\Program Files (x86)下 点击rosetta stone5.0.13.exe ,安装,最后不打勾 2