目录 1. 理论 2. 实操 2.1 rrBLUP包简介 2.2 实操 3. 补充说明 关于模型 关于交叉验证 参考资料 1. 理论 rrBLUP是基因组选择最常用的模型之一,也是间接法模型的代表.回顾一下,所谓间接法是指:在参考群中估计标记效应,再结合预测群的基因型信息将标记效应累加,最终获得预测群的个体估计育种值.而直接法则是指:将个体作为随机效应,参考群体和预测群体遗传信息构建的亲缘关系矩阵作为方差协方差矩阵,通过迭代法估计方差组分,进而求解混合模型获取待预测个体的估计育种值.简言之,直接

[十大经典数据挖掘算法]系列 C4.5 K-Means SVM Apriori EM PageRank AdaBoost kNN Naïve Bayes CART 朴素贝叶斯(Naïve Bayes)属于无监督学习的一种,实现简单,没有迭代,学习效率高,在大样本量下会有较好的表现.但因为假设太强--假设特征条件独立,在输入向量的特征条件有关联的场景下并不适用. 1. 朴素贝叶斯算法 朴素贝叶斯分类器的主要思路:通过联合概率\(P(x,y) = P(x|y) P(y)\)建模,运用贝叶斯定理求解后

最大似然判别法 Bayes公式判别法

生活中很多场合需要用到分类,比如新闻分类.病人分类等等. 本文介绍朴素贝叶斯分类器(Naive Bayes classifier),它是一种简单有效的常用分类算法. 一.病人分类的例子 让我从一个例子开始讲起,你会看到贝叶斯分类器很好懂,一点都不难. 某个医院早上收了六个门诊病人,如下表. 症状 职业 疾病 打喷嚏 护士 感冒  打喷嚏 农夫 过敏  头痛 建筑工人 脑震荡  头痛 建筑工人 感冒  打喷嚏 教师 感冒  头痛 教师 脑震荡 现在又来了第七个病人,是一个打喷嚏的建筑工人.请问他患

1.前言: Naive Bayes(朴素贝叶斯)是一个简单的多类分类算法,该算法的前提是假设各特征之间是相互独立的.Naive Bayes 训练主要是为每一个特征,在给定的标签的条件下,计算每个特征在该标签的条件下的条件概率.最后用这个训练后的条件概率去预测. 由于我使用的Spark的版本是1.3.0.它所包含的Naive Bayes是 Multinomial NB.截至到我写该篇文章,最新的Spark1.6.0包含multinomial naive Bayes and Bernoulli na

向@yangliuy大牛学习NLP,这篇博客是数据挖掘-基于贝叶斯算法及KNN算法的newsgroup18828文本分类器的JAVA实现(上)的Python实现.入门为主,没有太多自己的东西. 1. 数据集 Newsgroup新闻文档集,含有20000篇左右的Usenet文档,平均分配在20个新闻组,即有20个文件夹.现在用的Newsgroup18828新闻文档集是经过处理的,即每篇文档只属于一个新闻组. 2. 预处理,对每篇文档进行文本处理,为后续构造字典.提取特征词做准备 # -*- cod

Microsoft朴素贝叶斯是SSAS中最简单的算法,通常用作理解数据基本分组的起点.这类处理的一般特征就是分类.这个算法之所以称为“朴素”,是因为所有属性的重要性是一样的,没有谁比谁更高.贝叶斯之名则源于Thomas Bayes,他想出了一种运用算术(可能性)原则来理解数据的方法.对此算法的另一个理解就是:所有属性都是独立的,互不相关.从字面来看,该算法只是计算所有属性之间的关联.虽然该算法既可用于预测也可用于分组,但最常用于模型构建的早期阶段,更常用于分组而不是预测某个具体的值.通过要将所有

Naive Bayes: 简单有效的常用分类算法,典型用途:垃圾邮件分类 假设:给定目标值时属性之间相互条件独立 同样,先验概率的贝叶斯估计是 优点: 1. 无监督学习的一种,实现简单,没有迭代,学习效率高,在大样本量下会有较好的表现. 2. 对分类器的学习情况有着比较简单的解释,可以简单的通过查询学习时计算的一些概率值来了解其分类原理. 缺点: 1. 假设太强--假设特征条件独立,在输入向量的特征条件有关联的场景下并不适用. #################################W

TF-IDF Algorithm From http://www.ruanyifeng.com/blog/2013/03/tf-idf.html Chapter 1, 知道了"词频"(TF)和"逆文档频率"(IDF)以后,将这两个值相乘,就得到了一个词的TF-IDF值.某个词对文章的重要性越高,它的TF-IDF值就越大. (1) 出现次数最多的词是----"的"."是"."在"----这一类最常用的词.它们

    朴素贝叶斯是一种很简单的分类方法,之所以称之为朴素,是因为它有着非常强的前提条件-其所有特征都是相互独立的,是一种典型的生成学习算法.所谓生成学习算法,是指由训练数据学习联合概率分布P(X,Y),然后求得后验概率P(X|Y).具体来说,利用训练数据学习P(X|Y)和p(Y)的估计,得到联合概率分布:     概率估计可以是极大似然估计,或者贝叶斯估计.     假设输入 X 为n维的向量集合,输出 Y 为类别,X 和 Y 都是随机变量.P(X,Y)是X和Y的联合概率分布,训练数据集为:

贝叶斯分类器 贝叶斯分类器的分类原理是通过某对象的先验概率,利用贝叶斯公式计算出其后验概率,即该对象属于某一类的概率,选择具有最大后验概率的类作为该对象所属的类.眼下研究较多的贝叶斯分类器主要有四种,各自是:Naive Bayes.TAN.BAN和GBN. 贝叶斯网络是一个带有概率凝视的有向无环图,图中的每个结点均表示一个随机变量,图中两结点 间若存在着一条弧,则表示这两结点相相应的随机变量是概率相依的,反之则说明这两个随机变量是条件独立的.网络中随意一个结点X 均有一个对应的条件概率表(Con

一.How to construct the dependency? 1.首字母即随机变量名称 2.I->G是更加复杂的模型,但Bayes里不考虑,因为Bayes只是无环图. 3.CPD = conditional probability distribution.图中的每一个点都是一个CPD,这里5个点,就有五个CPD. 二.Chain Rule for Bayesian Neatworks 将整个Bayes网络的所有节点所构成的联合概率(Joint probability)利用链式法则(ch

from numpy import * import time starttime = time.time() def loadDataSet(): postingList = [['my', 'dog', 'has', 'flea', 'problems', 'help', 'please'], ['maybe', 'not', 'take', 'him', 'to', 'dog', 'park', 'stupid'], ['my', 'dalmation', 'is', 'so', 'cut

经典贝叶斯网络 贝叶斯分类器的分类原理是通过某对象的先验概率,利用贝叶斯公式计算出其后验概率,即该对象属于某一类的概率,选择具有最大后验概率的类作为该对象所属的类.目前研究较多的贝叶斯分类器主要有四种,分别是:Naive Bayes.TAN.BAN 和 GBN.贝叶斯网络是一个带有概率注释的有向无环图,图中的每一个结点均表示一个随机变量,图中两结点间若存在着一条弧,则表示这两结点相对应的随机变量是概率相依的,反之则说明这两个随机变量是条件独立的.网络中任意一个结点 X 均有一个相应的条件概率表(

Naïve Bayes(朴素贝叶斯)分类算法的实现 (1) 简介: (2)   算法描述: (3) <?php /* *Naive Bayes朴素贝叶斯算法(分类算法的实现) */ /* *把.txt中的内容读到数组中保存 *$filename:文件名称 */ //-------------------------------------------------------------------- function getFileContent($filename) { $array = ar

Naive Bayes Theorm And Application - Theorem Naive Bayes model: 1. Naive Bayes model 2. model: discrete attributes with finit number of values 2. Parameter density estimation 3. Naive Bayes classification algorithm 4. AutoClass clustering alogrithm \

贝叶斯分类器 贝叶斯分类分类原则是一个对象的通过先验概率.贝叶斯后验概率公式后计算,也就是说,该对象属于一类的概率.选择具有最大后验概率的类作为对象的类属.现在更多的研究贝叶斯分类器,有四个,每间:Naive Bayes.TAN.BAN和GBN. 贝叶斯网络是一个带有概率凝视的有向无环图,图中的每个结点均表示一个随机变量,图中两结点 间若存在着一条弧,则表示这两结点相相应的随机变量是概率相依的.反之则说明这两个随机变量是条件独立的.网络中随意一个结点X 均有一个对应的条件概率表(Conditio

朴素贝叶斯算法(Naive Bayes) 阅读目录 一.病人分类的例子 二.朴素贝叶斯分类器的公式 三.账号分类的例子 四.性别分类的例子 生活中很多场合需要用到分类,比如新闻分类.病人分类等等. 本文介绍朴素贝叶斯分类器(Naive Bayes classifier),它是一种简单有效的常用分类算法. 回到顶部 一.病人分类的例子 让我从一个例子开始讲起,你会看到贝叶斯分类器很好懂,一点都不难. 某个医院早上收了六个门诊病人,如下表. 症状 职业 疾病 打喷嚏 护士 感冒  打喷嚏 农夫 过敏

贝叶斯(Bayes)定理      (条件概率)   贝叶斯分类器(Bayes分类器)   1概念: 将每个属性及类别标记视为随机变量 给定一个具有属性集合(A1, A2,…,An)的记录 目标是预测类别属性C 具体而言,要寻找使得P(C| A1, A2,…,An )最大的类别C. 2方法: 利用Bayes定理计算所有类别C的后验概率P(C | A1, A2, …, An)                     选择使如下概率值最大的类别C :P(C | A1, A2, …, An)    

Naive Bayes在mapreduce上的实现 原文地址 http://www.cnblogs.com/sunrye/p/4553732.html Naive Bayes是比较常用的分类器,因为思想比较简单.之所以说是naive,是因为他假设用于分类的特征在类确定的条件下是条件独立的,这个假设使得分类变得很简单,但会损失一定的精度. 具体推导可以看<统计学习方法> 经过推导我们可知y=argMaxP(Y=ck)*P(X=x|Y=ck).那么我们需要求先验概率也就是P(Y=ck)和求条件概率