仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ~/software/rsem/rsem-prepare-reference \ --transcript-to-gene-map ~/project/RNA-seq/ref_cds/gene_transcript.txt \ #作用是在后面的定量结果文件中,添加gene名称, 转录本名称两列,该文

TCIA就是基于TCGA数据开发的,不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析. 看网站首页的介绍就知道,这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的.这里的20个癌种,点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种,侧边的栏目则提供一些个性化选择. 01 Patients list模块 TCIA分别对每个病人进行分析,数据也提供下载,我们可以看到提供了ID.疾病.性别和年龄信息,我们重点关注IPS这一列的信息,IPS这一列有4个项目,有不同的属性,作者在文章中表示IPS(immunophe

多因子降维法(MDR,Multifactor Dimensionality Reduction ) MDR是近年统计学中发展起来的一种新的分析方法.其中,“因子” 即交互作用研究中的变量,“维” 是指研究中多因子组合的个数.该方法主要应用于卫生统计学,流行病学及遗传学中,它以疾病易感性分类的方式建模,研究基因—基因.基因一环境之间交互作用.它弥补了Logistic回归在处理高阶交互作用时的局限性.在高血压.糖尿病.心血管疾病和恶性肿瘤等常见的复杂疾病中已有广泛而成功应用. 此外,2007年Lou

转自:http://yangl.net/2016/09/27/edger_usage/ 1.Quick start 2. 利用edgeR分析RNA-seq鉴别差异表达基因: #加载软件包 library("edgeR",verbose=0); # 1. 载入数据 读取read count数 data <- read.delim("pnas_expression.txt", row.names=1, stringsAsFactors=FALSE); head(d

多因子降维法(MDR,multifactor dimensionality reduction)   多因子降维法(MDR,Multifactor Dimensionality Reduction ) MDR是近年统计学中发展起来的一种新的分析方法.其中,“因子” 即交互作用研究中的变量,“维” 是指研究中多因子组合的个数.该方法主要应用于卫生统计学,流行病学及遗传学中,它以疾病易感性分类的方式建模,研究基因—基因.基因一环境之间交互作用.它弥补了Logistic回归在处理高阶交互作用时的局限性

仿生算法仿生算法是什么? 什么是仿生? 蜜蜂会造房子,人类就学习蜜蜂盖房子的方法,之后便有了航空建造工程的蜂窝结构. 仿生是模仿生物系统的功能和行为,来建造技术系统的一种科学方法.生活仿生作品现代的飞机(减少阻力的外部形体).模仿蜘蛛的爬山越野汽车.雷达系统的电子娃眼.航海的声呐系统.人工肾及人工心脏等,都是仿生的结晶.是人类模仿生物的功能与行为进而总结出来用于解决问题的方法.通常通过模拟自然生物进化或者群体社会行为来进行随机搜索.适用于传统算法难以解决的大规模复杂优化问题.仿生算法举例 模仿生

1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包

5.(2021.7.12)Bioinformatics-KG4SL:用于人类癌症综合致死率预测的知识图神经网络 论文标题:KG4SL: knowledge graph neural network for synthetic lethality prediction in human cancers 论文地址:https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/Supplement_1/i418/6319703 论文期刊:Bioinformati

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组

http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异.表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因属于同一通路,以及该通路上的上调.下调情况,这就是富集分析了. 例如2019年4月在Cancer cell(PMID 30991027)上发表的一篇文章中有一张

Description 基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N. 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序. 为了描述基因匹配的原理,我们需要先定义子序列的概念:若从

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 982  Solved: 635[Submit][Status][Discuss] Description 基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个

03:基因相关性 总时间限制:  1000ms 内存限制:   65536kB 描述 为了获知基因序列在功能和结构上的相似性,经常需要将几条不同序列的DNA进行比对,以判断该比对的DNA是否具有相关性. 现比对两条长度相同的DNA序列.首先定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对,如果一个碱基对中的两个碱基相同的话,则称为相同碱基对.接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例,如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条DNA序列是相关的,否则不相关. 输入 有三行,第一行是用来判定出两条DNA序列

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的

1.  首先我们通过一些方法得到了如下的数据,基于篇幅以及为了教学隐去了其他一些信息. 2. 选中表达数据,执行 开始—条件格式—色阶 选择一个合适的色阶: 3. 选择好颜色之后得到了如下结果:

题目描述 Description 小毛终于来到了冥王星,这是一颗已经不属于行星的矮行星,它的表面温度低于-220度.在这里,小毛惊奇的发现,他带来的厌氧菌开始了基因变异,裂变的速度与光照时间(秒)成乘积关系,公式如下:细菌个数=原个数*时间(秒),而如果关闭照明,则细菌停止繁殖裂变.现在已知n个细菌,经过m段光照时间后,一共有多少个细菌呢? 输入描述 Input Description 第一行为两个整数N,M(均小于1000),第2行为m个时间段的时间(均小于10000). 输出描述 Outpu

SVM软件包 LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines(本项目所用到的SVM包)(目前最新版:libsvm-3.21,2016年7月8日) C-SVC(C-support vector classification), nu-SVC(nu-support vector classification), one-class SVM(distribution estimation), epsilon-SVR(epsilon-support vec

ASE又走到了关键的一步  要生成能决定是否有差异表达的table. 准备借鉴一下cuffdiff和edgeR 的结果 cuffdiff对差异表达基因的描述: 一共十四列: 第一列, test_id a unique identifer describing the transcript, gene, primary transcript, or CDS being tested. eg XLOC_000003 第二列,gene_id eg XLOC_000003 第三列, gene 第四列,

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 793  Solved: 503[Submit][Status][Discuss] Description 基 因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的 每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 541  Solved: 347[Submit][Status] Description 基 因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的 每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度