1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了. 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了. 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事

转载:http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6362996.html  SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就

ST-E00211::H5L3NCCXY:::: chr14 141M = - ACTTCACCTCCTGGAGTCCTGGACTTCCCCACATCTCCCCTGCCCCTCCCACGTTTCCATAGTCCAAGGGCCAGAGTAAATGAAAATACAGCAGCCGCCCAAGCAATGGGGCCCATGCTGGGGCTTCAGTCATCCCCATGT JFJFJFJJJJJJJJJJJJJJJFAJJJJJJJJJFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ

sam文件怎么打开 (Security Accounts Manager安全帐户管理器)负责SAM数据库的控制和维护.SAM数据库位于注册表HKLM\SAM\SAM下,受到ACL保护,可以使用regedt32.exe打开注 册表编辑器并设置适当权限查看SAM中的内容. SAM数据库在磁盘上就保存在%systemroot%system32\config\目录下的sam文件中,在这个目录下还包括一个security文件,是安全数据库的内容,两者有不少关系 最近没有事情就翻翻自己的系统文件夹, 走到C

Golang的文件处理方式-常见的读写姿势 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 在 Golang 语言中,文件使用指向 os.File 类型的指针来表示的,也叫做文件句柄.注意,标准输入 os.Stdin 和标准输出 os.Stdout ,他们的类型都是 *os.File 哟.在任何计算机设备中,文件是都是必须的对象,而在 Web编程中,文件的操作一直是 Web程序员经常遇到的问题,文件操作在 Web应用中是必须的,非常有用的,我们经常遇到生成文件目录,文件(夹)编

给你一个SAM文件,如何提取出登录密码? SAM文件 ① LMHASH Administrator:500:0182bd0bd4444bf867cd839bf040d93b:c22b315c040ae6e0efee3518d830362b::: Guest:501:aad3b435b51404eeaad3b435b51404ee:31d6cfe0d16ae931b73c59d7e0c089c0::: HelpAssistant:1000:132893a93031a4d2c70b0ba3fd876

Python通过调用windows命令行处理sam文件 以samtools软件为例 一.下载或者索取得到windows版本的samtools软件,解压后如下: 进入文件内部,有如下几个文件: 二.将samtools设置环境变量: 上图是设置环境变量的窗口,建议在 系统变量里更改,这样即使变更用户名,环境变量依然有效. 在cmd中输入samtools,出现samtools的命令说明,表明环境变量成功 三. 调试 通过cmd的命令行调用samtools命令: A.将sam转化为bam文件  Samt

pysam模块 因为要分析sam文件中序列的情况,因此要对reads进行细分,所以之前想用数据库将sam文件信息存储,然后用sql语句进行分类.后来发现很麻烦,pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块,可以轻松地对reads进行操作. 1.安装Pysam $ pip install pysam 2.检查是否安装成功 import pysam # 注意,此步是进入python交互环境 3.读取bam文件 import pys

作用域链: //作用域链 var a = 1; function test() { var b =2; return a; } alert(test());//弹出1: alert(b);//不能获取b //scope chain var a = 1; function test() { var b = 2; function test1() { var c = 3; alert(a); alert(b); alert(c); } test1(); } test();//弹出1,弹出2,弹出3:

Linux下使用matlab在后台默默的运行.m文件(无界面形式)本主在Ubuntu18.04LTS上已经安装了matlab直接运行Matlab$ matlab会启动 matlab,出现启动界面但想要,在后台默默的运行.m文件,如何设置呢?进入要运行的.m文件所在目录,执行:$ matlab -nodesktop -nosplash -r matlabfile(不含.m后缀名)如:$ matlab -nodesktop -nosplash -r create_training_set_shtec

@RequestMapping("download") @ResponseBody public void download(HttpServletResponse response, Integer userId, String fileUrl) { try { File file=new File(fileUrl); String filename=file.getName(); // 以流的形式下载文件. InputStream fis = new BufferedInputSt

最近编译源文件发现当修改头文件后,make并不会自动把包含此头文件的所有源文件重新编译,而每次都是需要把对应的中间文件清除才能重新编译,非常的麻烦.因此需要make自动对源文件所依赖的头文件进行管理,即make自动生成依赖文件.鉴于本人的刚开始写的博客,很多方面经验不足,比如如何介绍我所用到的知识等,现在只是对我在过程中遇到的问题进行记录,相关的知识可以查看gnu make中文文档,上网等等. 遇到的问题记录如下:1.make在生成依赖文件后并不正确:原因是生成的依赖文件中的目标文件(.d与.o

Android中颜色值是通过红(Red).绿(Green).蓝(Blue)三原色,以及一个透明度(Alpha)值来表示的,颜色值总是以井号(#)开头,接下来就是Alpha-Red-Green-Blue的形式.其中Alpha值可以省略,如果省略了Alpha的值,那么该颜色默认是完全不透明的. Android的颜色值支持常见的四种形式如下所示: #RGB:分别指定红.绿.蓝三原色的值(只支持0~f这16级颜色)来代表颜色.   #ARGB:分别指定红.绿.蓝三原色的值(只支持0~f这16级颜色)及透

首先创建一个文件操作对象: f = open(file, mode, encoding) file指定文件的路径,可以是绝对路径,也可以是相对路径 文件的常见mode: mode = “r”   # 只读 mode = “w” # 只写 mode = “a” # 追加 mode = “r+” #可以读写 正常情况最常用的方式就是r+,通过设置光标的方式进行读写! 详细的mode: Mode Annotations r 以只读方式打开文件.文件的指针将会放在文件的开头.这是默认模式. rb 以二进

Android中颜色值是通过红(Red).绿(Green).蓝(Blue)三原色,以及一个透明度(Alpha)值来表示的,颜色值总是以井号(#)开头,接下来就是Alpha-Red-Green-Blue的形式.其中Alpha值可以省略,如果省略了Alpha的值,那么该颜色默认是完全不透明的. Android的颜色值支持常见的四种形式如下所示: #RGB:分别指定红.绿.蓝三原色的值(只支持0~f这16级颜色)来代表颜色. #ARGB:分别指定红.绿.蓝三原色的值(只支持0~f这16级颜色)及透明度

1.没有登陆mysql的时候以文件的形式导入mysql数据 在students.sql文件中加入这些语句 create table t_student( id int primary key auto_increment, name ) not null comment '姓名' )Engine=InnoDB default charset utf8; insert into t_student values(null,'tom'); insert into t_student values(n

问题: 我想实现的是一个一个的下载. 比如我有一个文件列表.通过checkbox选择.通过单击下载按钮下载选中文件. 百度到都是用打包形式实现批量下载. 这是我自己写的代码,但是点击下载后只能下载一个文件.单步调试,循环只执行一次.不知道是什么原因. 后台代码 string Name; string Path; protectedvoid Button2_Click(object sender, EventArgs e) { foreach(Control control in Panel1.C

IOUtils.getStringFromReader() 读取方式为最快的 InputStream in = null; String line = ""; long start=0,end=0; try { start = System.currentTimeMillis(); in = new FileInputStream(new File("D://1.txt")); InputStreamReader stream = new InputStreamRe

byte[] FileByteArray = new byte[FileLength];  //图象文件临时储存Byte数组                 //Stream StreamObject = UpFile.InputStream;             //建立数据流对像 /////读取图象文件数据,FileByteArray为数据储存体,0为数据指针位置.FileLnegth为数据长度                   //StreamObject.Read(FileByte