1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列.头部区:以’@'开始,体现了比对的一些总体信息.比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等.主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列. 2,头部区简要介绍 @HD V

Description 小敏和小燕是一对好朋友. 他们正在玩一种神奇的游戏,叫Minecraft. 他们现在要做一个由方块构成的长条工艺品.但是方块现在是乱的,而且由于机器的要求,他们只能做到把这个工艺品最左边的方块放到最右边. 他们想,在仅这一个操作下,最漂亮的工艺品能多漂亮. 两个工艺品美观的比较方法是,从头开始比较,如果第i个位置上方块不一样那么谁的瑕疵度小,那么谁就更漂亮,如果一样那么继续比较第i+1个方块.如果全都一样,那么这两个工艺品就一样漂亮. Input 第一行两个整数n,代表方

一:Symbol ES6 引入了一种新的原始数据类型Symbol,表示独一无二的值.它是 JavaScript 语言的第七种数据类型,前六种是:undefined.null.布尔值(Boolean).字符串(String).数值(Number).对象(Object). 对象的属性名现在可以有两种类型,一种是原来就有的字符串,另一种就是新增的 Symbol 类型.凡是属性名属于 Symbol 类型,就都是独一无二的,可以保证不会与其他属性名产生冲突. 1)Symbol 值通过Symbol函数生成,

reference:https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM @SQ SN:contig1 LN:9401 (序列ID及长度) 参考序列名,这些参考序列决定了比对结果sort的顺序,SN是参考序列名:LN是参考序列长度:每个参考序列为一行. @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.0.0-beta7 (比对所使用的软件及版本) 这里的ID是bwa,PN是bwa,VN是0.7.12-r1039版本.CL可以认为是运行程

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don't know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now to review terminology in our Dictionary entryReferenc

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

4.1 Introdution Consider a company such as Amazon, which has over 200 millions of users and possibly can do hundreds of millions of transactions per day. To show the concept of Left Outer Join, assume we have two types of data: users and transations:

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令.以下是常用命令的介绍: view命令的主要功能: 将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式. bam

参考:https://www.sogou.com/link?url=DOb0bgH2eKh1ibpaMGjuy6YnbQPc3cuKbWqIy1k6SBFomuBEhdSpHkUUZED5fr2OTkh3_01_UomO4oOua-YE2A..1.将sam文件转换成bam文件 $ samtools view -bS abc.sam > abc.bam $ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam 2.提取比对到参考序列上的比对结果 $ samtools vie

转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等.这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq).其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化.如果是mRNA测

目录 1 问题描述  2 解决方案  2.1  实现功能  2.2  最终运行效果图  2.3  系统功能框架示意图  2.4  有关MongoDB简介及系统环境配置  2.5  核心功能代码讲解  2.6  具体编码  2.6.1用户登录和记住密码 2.6.2用户注册 2.6.3查看商品 2.6.4购买商品 2.6.5购物车   1 问题描述 利用JSP编程技术实现一个简单的购物车程序,具体要求如下. (1)用JSP编写一个登录页面,登录信息中有用户名和密码,分别用两个按钮来提交和重置登录信息

前言 啦啦啦~博主又来骚扰大家啦~大家是不是感觉上次的Android开发博文有点长呢~主要是因为博主也是小白,在做实验的过程中查询了很多很多概念,努力去理解每一个知识点,才完成了最终的实验.还有就是随着我们的实验的进行,代码量也会越来越多,所以在接下来的博文中会对源码进行取舍,而不会把全部的实验代码都放到博文中~ 大家在看博文时如果有什么意见或者感觉博主有说错.说的不清楚的地方可以在评论中留言,博主会第一时间回复大家~我们一起学习,共同进步~ 好啦~进入正题~ 本次Android开发,我们主要探

安卓第六天笔记--ListView 1.AdapteView AdapteView 继承ViewGroup它的本质是容器 AdapterView派生了3个子类: AbsListView AbsSpinner AdapterViewAnimation 这3个类是抽象类 实际使用中采用的是它们的子类 2.Adpate结构 3.使用ArrayAdapter完成ListView显示 ListView使用的是ListAdapter类型的适配器 由于只显示文字,所有使用ArrayAdapter ArrayA

后记: cufflinks安装: 下载安装包, 不要下载source code ,直接下载binary.    Source code    Linux x86_64 binary http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 下载好后解压,解压后将cuff* 复制到/usr/local/bin中即可. 步骤: 第一步: 产生各自的gtf文件 cufflinks -p 30 -o ROOT

转载:http://www.dbtan.com/2010/04/db-file-sequential-read.html db file sequential read (数据文件顺序读取): db file sequential read是个非常常见的I/O相关的等待事件,通常显示与单个数据块相关的读取操作,在大多数的情况下,读取一个索引块或者通过索引读取一个数据块时,都会记录这个等待. 这个等待事件有3个参数P1,P2,P3,其中P1代表Oracle要读取的文件的绝对文件号,P2代表Orac

使用性能监视器,您可以通过性能计数器监视 Microsoft SQL Server Analysis Services (SSAS) 实例的性能. 性能监视器是用于跟踪资源使用情况的 Microsoft 管理控制 (MMC) 管理单元. 您可以通过以下方式启动此 MMC 管理单元:在命令提示符下键入 PerfMon,或从"控制面板"依次单击"管理工具"和"性能监视器". 性能监视器使您可以通过使用预定义对象和计数器来跟踪服务器和进程的性能和活动,

国内网站讲了许多方法,很多也讲得不清楚.我把我尝试成功的经验跟大家分享. 方法是按照tim的文章操作,链接如下: http://pauldotcom.com/2011/11/safely-dumping-hashes-from-liv.html 一 实验环境:windows server2003,域环境 搭建方法很简单,百度搜搜. 新建一个域用户xiaocai,密码设为 123abcABC 二 win2003下提取文件 1.将vssown.vbs拷到域服务器上,比如拷到域服务器的桌面. 2.以管

通过ArrayAdapter实现Adapter虽然简单.易用,但ArrayAdapter的功能比较有限.它的每个列表只能是TextView.如果开发者需呀实现更复杂的列表项,则可以考虑使用SimpleAdapter. 不要被SimpleAdapter的名字欺骗,SimpleAdapter并不简单,而且它的功能非常强大.ListView的大部分应用场景,都可以通过SimpleAdapter来提供列表项. 例如:下面定义如下布局文件. <LinearLayout xmlns:android="