两个软件的作用:1.samtools mpileup 主要是用于收集BAM文件中的信息,这个位点上有多少条read匹配,匹配read的碱基是什么,并将这些信息存储在BCF文件中.2.bcftools 是真正进行calling的软件.其也可以用来BCF和VCF格式的转换. 常见流程: #index REF $samtools faidx GCF.fa $bowtie2-build ./GCF.fa ./index/GCF #生成bam比对文件 $bowtie2 -x ./index/GCF rea

Roche 454,Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式.在基因组De Novo测序过程中,Roche454的单端测序读长可以达到400p,经常用于基因组骨架的组装,而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap.下面以solexa为例,对单端测序(Single-ead)和双端测序(Paied-end和Mate-pai)进行介绍. Single-ead.Paied-end和Mate-pai主要区别在测序文库的构建方法上.1.单端测序

https://blog.csdn.net/hanli1992/article/details/82982434

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT

sra文件转换为fastq格式 1 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个

sra文件转换为fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个ta

回顾 哈喽大家好!又是元气满满的周~~~二哈哈,不知道大家中秋节过的如何,马上又是国庆节了,博主我将通过三天的时间,给大家把项目二的数据添上(这里强调下,填充数据不是最重要的,最重要的是要配合着让大家明白 nuxt.js 是如何一步步实现服务端渲染的),虽说是基于 Nuxt 的,但是数据源还是我们的老数据,就是 .net core api 的数据,和上一个项目中使用的是一样的,这里要说下,有的小伙伴说想要我的数据,这里暂时说抱歉,因为里边有一些我的私人的记录,还有一些网站密码啥的,我自己懒得一条

asp.net core集成了非常方便的数据绑定和数据校验机制,配合操作各种easy的vs,效率直接高到飞起. 通过自定义验证特性(Custom Validation Attribute)可以实现对于数据校验规则的极大扩展. 最近在写前后端自定义验证的时候,尝试换了一种思路,这里做简单记录: > 一般而言,我们在自定义一个验证特定的时候,会继承ValidationAttribute > 之后如果只 override bool IsValid(object value) 则仅实现后端校验,无法实

Deque是一种优化了的.对序列两端元素进行添加和删除操作的基本序列容器.它允许较为快速地随机访问,但它不像vector 把所有的对象保存在一块连续的内存块,而是采用多个连续的存储块,并且在一个映射结构中保存对这些块及其顺序的跟踪.向deque 两端添加或删除元素的开销很小.它不需要重新分配空间,所以向末端增加元素比vector 更有效. 其内部结构如下图所示: deque和vector很类似,也是采用动态数组来管理元素. 使用deque之前需包含头文件: #include <deque> 它

单链表: insertFirst:在表头插入一个新的链接点,时间复杂度为O(1) deleteFirst:删除表头的链接点,时间复杂度为O(1) 有了这两个方法,就可以用单链表来实现一个栈了,见http://blog.csdn.net/a19881029/article/details/22579759 find:查找包含指定关键字的链接点,由于需要遍历查找,平均需要查找N/2次,即O(N) remove:删除包含指定关键字的链接点,由于需要遍历查找,平均需要查找N/2次,即O(N) publi

简介 ForkJoinPool管理着ForkJoinWorkerThread线程,ForkJoinWorkerThread线程内部有一个双端队列,这个双端队列主要由一个数组queue.数组下标queueBase.数组上标queueTop三个值保证. ForkJoinTask<?>[] queue:数组的大小必须是2的n次方,方便将取模转换为移位运算: int queueTop:标识下一个被push或者pop的位置,这个值只会被当前线程修改,因些没有加volatile修饰: volatile i

2457: [BeiJing2011]双端队列 Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 128 MBSubmit: 209  Solved: 95[Submit][Status][Discuss] Description          Sherry现在碰到了一个棘手的问题,有N个整数需要排序.        Sherry手头能用的工具就是若干个双端队列.        她需要依次处理这N个数,对于每个数,Sherry能做以下两件事: 1．新建一个双端队列,并将当前

双端队列: 函数 描述 c.assign(beg,end)c.assign(n,elem)  将[beg; end)区间中的数据赋值给c.将n个elem的拷贝赋值给c. c.at(idx)  传回索引idx所指的数据,如果idx越界,抛出out_of_range. c.back()  传回最后一个数据,不检查这个数据是否存在. c.begin()  传回迭代器重的可一个数据. c.clear()  移除容器中所有数据. deque<Elem> cdeque<Elem> c1(c2)

对于计算机专业的学生来说,他们一定会很熟悉一句话:程序设计 = 算法 + 数据结构.而根据笔者的理解,所谓程序设计其实就是为了编程解决实际问题,所谓算法是一种解决问题某种思维的方法,但是思维需要得到编程实践,这就需要基于数据结构.一个好的数据结构能够让我们更快更高效得处理数据,有些模拟性.数学背景并不深厚的的问题,仅仅基于高效的数据结构就可以解决.那么这一章节,我们就单独将队列.栈.双端队列拿出来,结合具体的题目,看看它们是如何灵活的运用到解题策略当中的. 考虑到笔者在<入门经典>和<啊

目录: 前言 1:栈 1.1:栈的实现 1.2:栈的应用: 1.2.1:检验数学表达式的括号匹配 1.2.2:将十进制数转化为任意进制 1.2.3:后置表达式的生成及其计算 2:队列 2.1:队列的实现 2.2:队列的应用之囚徒问题 3:双端队列 3.1:双端队列的实现 3.2:双端队列的应用之回文检测 4:列表 3.1:链表的实现 前言 线性数据结构有四种:栈(stack),队列(queue),双端队列(deque),列表(list) 线性数据结构就是一群数据的集合,数据的位置和其加入的先后顺

PS:双端链表(持有对最后一个节点的引用,允许表尾操作与表头操作等效的功能) public class DoubleLinkedList { //节点类 static class Node { public Object data; public Node next; public Node(Object dd) { data = dd; } @Override public String toString() { return String.valueOf(data); } } public

Redis的Adlist实现了数据结构中的双端链表,整个结构例如以下: 链表节点定义: typedef struct listNode { struct listNode *prev; struct listNode *next; void *value; } listNode; 链表定义: typedef struct list { listNode *head; listNode *tail; void *(*dup)(void *ptr); void (*free)(void *ptr);

高性能双端js模板(新增filter)---simplite simplite是一款js实现的模板引擎,它能够完成浏览器端js模版和node服务器端js模板的数据渲染. 渲染性能十分突出. 支持浏览器端和node服务器端模板渲染. 它简单易用,默认采用jsp语法风格来编写逻辑部分的代码,当然,如果你想定制其他标签,也是可以很方便的配置. 它采用原生js语法,没有给使用者带来学习上的成本,当然,采用原生js能够进一步提高渲染的性能. 可以动态导入子模板,当然,子模板可以多层嵌套,同时支持为子模板传

deque:元素数据采用分块的线性结构存储.若干线性存储块成为deque块.一般大小为512字节,元素的数据类型所占用的字节数,决定了每个deque块可容纳的元素个数. 所有的deque块使用一个Map块管理,每个Map数据项记录各个deque块的首地址.Map是deque的中心部件,先于deque块依照deque元素的个数计算出deque块数,作为Map块的数据项数,创建Map块.以后,每创建一个deque块,都将deque块的首地址存入Map的相应数据项中. deque使用了两个迭代器M_s

一.解释 Deque(双端队列)是一种具有队列和栈的性质的数据结构.双端队列的元素可以从两端弹出,其限定插入和删除操作在表的两端进行. 二.常用操作: 1.头文件 #include <deque> 2.定义 a) deque<int>s1; b) deque<string>s2; c) deque<node>s3; /*node为结构体,可自行定义.*/ 3.常用操作 //a) 构造函数 deque<int> ideq //b)增加函数 ideq