两个软件的作用:1.samtools mpileup 主要是用于收集BAM文件中的信息,这个位点上有多少条read匹配,匹配read的碱基是什么,并将这些信息存储在BCF文件中.2.bcftools 是真正进行calling的软件.其也可以用来BCF和VCF格式的转换. 常见流程: #index REF $samtools faidx GCF.fa $bowtie2-build ./GCF.fa ./index/GCF #生成bam比对文件 $bowtie2 -x ./index/GCF rea

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge ) ht

装完Bowtie2,官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools,所以我入个坑 参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html Step 1: 安装libncurses5库(貌似和字符多色显示有关?生信人会玩=.=) sudo apt-get install libncurses5 libncurses5-dev Step 2: 安装zlib(压缩与解压,有教程说不装会报错=.=) sudo apt-get install zlib1g-d

一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别,即 S 就是 soft, H 就是 hard,S 后,序列里还是会保留序列的信息,而 H 则不会. -------------------------------------------后面都不用看了,H和S没有区别,比对软件不能发现嵌合体-------------------------------------- 但这只是表面上的,在深层次的意义上, H 和 S 又有什么本质的不同呢? 首先要了解嵌合体的概念: 嵌合体就是两个不同的序列错误的拼接到了一

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用方法(plob) 这个学习急不来,而且比对非常重要,先把上面的官方SAM/BAM格式说明文件看透`Sequence Alignment/Map Format Specification` SAMtools解决的问题 非常多序列(read),

很多时候,我们需要对取出的SNV进行注释,这个时候可能会在R上进行注释,通常注释文件都含有Chr(染色体).Start(开始位点).End(结束位点).Description(描述),而我们的SNV文件通常是拥有Position(位置),因此我们可以先定位Chr,再用Postion去定位到Start和End之间,找到相对应的Description.为了加快速度,可以使用二分查找法. for (value in dt$value){ #df:data.frame, V1 and V2 should

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro

功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header -S 输入sam文件..默认bam文件 -u 输出bam文件不进行压缩..必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads..数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate序列没有比对上 -q 比对的最低质量值..一般20就可以 例

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

第一次在Linux上不用root权限安装软件,查看了很多博客,并实践安装成功.大致总结了一下samtools的安装过程,仅供大家参考,如有不对的地方,欢迎指正~ samtools安装过程中依赖于lzma.htslib两个包,所以在安装samtools之前需要确保安装了lzma.htslib.如果没有安装好,可以按照step1~step6,依次下载安装xz-5.2.3.htslib-1.5.samtools,最后在验证是否安装成功(先下载好了安装包). [step1]:先创建好自己软件需要安装到的

根据Samtool 的manual文档介绍,如果想搜索bam文件的某段区域,需要用到以下命令: samtools view aln.sorted.bam chr2:20,100,000-20,200,000 于是聪明的我也跟着命令搜索了这段区域的序列,结果报错:[main_samview] region "chr2:20,100,000-20,200,000" specifies an unknown reference name. Continue anyway. 搜索了一堆资料后,

SNP (Single Nucleotide Polymorphism):强调在一个群体中具有一定频率的变异,一般为二态性.比如G→C SNV ( single nucleotide variants ) :包含多种单核苷酸变异,比如该位点可能由T变C,也可能由T变A.则T→C,A.SNV并没有强调在一个群体中具有一定的频率. Indel (insertion-deletion) :插入和缺失,涉及多个核苷酸的改变,插入:G→GTC, 缺失:GTC→G

Error: samtoolssamtools: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory Solution: [root@centos64 ~]#  find / -name "libbz2.so.1*"/lib64/libbz2.so.1.0.4/lib64/libbz2.so.1[root@centos

fai示例: Sc0000003 2774837 10024730 60 61 Sc0000004 2768176 12845826 60 61 Sc0000005 2756750 15660150 60 61 Sc0000006 2627294 18462857 60 61 Sc0000007 2472379 21133951 60 61 Sc0000008 2452568 23647548 60 61 NAME Name of this reference sequence LENGTH T

samtools 用法 samtools <command> [options] command 见以下列表, 每个 command 的 options 也不同 dict faidx index calmd fixmate reheader rmdup targetcut addreplacerg collate cat merge mpileup # sort split quickcheck fastq fasta bedcov depth flagstat idxstats phase

samtools flagstat命令简介: 统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示.每一项统计数据都由两部分组成,分别是QC pass和QC failed,表示通过QC的reads数据量和未通过QC的reads数量.以“PASS + FAILED”格式显示.还可以根据samtools的标志位显示相应的内容,但是这里不做讨论. 命令格式: samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram> 运行flagstat命令

https://github.com/samtools/hts-specs

1)samtools简介--------------------------------------------------------------------------背景:前面我们讲过sam/bam格式,sam文件虽然是可读的文本文件形式,但是通常是非常大,因此一般会对其压缩来节省磁盘空间,且对于很多软件来说,相比于对sam文件,对bam文件进行处理更加有效.SAMtools 是一款优秀的用以解析.处理sam/bam格式文件的一种软件包工具.其详细的文档可以在其官网里面找到.它主要包含以下

1)sam转bam samtools view -bS in.sam > in.bam -b 意思使输出使BAM format -S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t