[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似

  有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库.htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools.bcftools的核心库. #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <htslib/sam.h> using namespace

最近接触的数据都是靶向测序,或者全外测序的数据.对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环. 以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后,用perl来进行深度及捕获效率的计算.今天无意中看到了bamdst(https://github.com/shiquan/bamdst)这个软件,用起来也很方便,参考GitHub,在此记录使用方法. 下载并安装:下载安装包并解压后, cd ./bamdst-master make 安装好后,需要准备.bed文件及.b

  测序产生的bam文件,有一些reads在cigar值里显示存在softclip,有一些存在hardclip,究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的,还有是怎么标记duplicate的reads的,我怀着这些问题进行了探究. 测试步骤 编辑两个bed文件,分别含有我们需要的read1和read2位置,这里每个文件包含两条read1或者两条read2,read1.read2一对作为原始的reads(序列名primer_pri),另一对作为截取的材料(这里取序列名为other) 使

Client与Server的网络通信协议传输使用google protobuf,服务器端使用的是Java 一. Protocol Buffersprotobuf全称Google Protocol Buffers,是google开发的的一套用于数据存储,网络通信时用于协议编解码的工具库.它和XML或者JSON差不多,也就是把某种数据结构的信息,以某种格式(XML,JSON)保存起来,protobuf与XML和JSON不同在于,protobuf是基于二进制的.主要用于数据存储.传输协议格式等场合.那

Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

错误 1 正在编译转换: 未能找到元数据文件“C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 11.0\Common7\Tools\..\IDE\EntityFramework.dll” 错误 2 正在编译转换: 未能找到元数据文件“C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 11.0\Common7\Tools\..\IDE\Microsoft.Data.Entity.Design.dll” 就是这

package com; import java.io.BufferedReader; import java.io.BufferedWriter; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileWriter; import java.io.IOException; import java.io.InputStreamReader; import javax.swing.JFileChooser;

piap.excel 微软 时间戳转换mssql sql server文件时间戳转换unix 导入mysql 需要不个mssql的sql文件导入mysql.他们的时间戳格式不同..ms用的是自定义的时间戳 excel时间戳跟mssql的一样,ms系列的都是中个阿..  作者Attilax 艾龙, EMAIL:1466519819@qq.com 来源:attilax的专栏 地址:http://blog.csdn.net/attilax ////////////unix时间戳,是从1970开始.而m

VS2005出了点毛病,边的出奇的慢,简直不可忍受. 症状是:保存文件很慢,哪怕是修改一个变量,也要等上大概20秒 保存文件的时候,VS2005会在局域网内寻找一个主机当这个主机不在线的时候vs2005得不到回应知道时间超过限制(大概是20秒),这个主机在注册表中的位置是: HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\VisualStudio\8.0\ProjectMRUList 这个表项保存的是VS2005最近打开的项目信息,把这个文件夹去掉之后就好了,再次打开V

using System; using System.Collections.Generic; using System.ComponentModel; using System.Data; using System.Diagnostics; using System.Drawing; using System.Linq; using System.Reflection; using System.Text; using System.Threading.Tasks; using System.

1)转换ui为py 命令行进入ui文件所在文件夹,输入pyuic4 ui_name.ui > py_name.py即可 或新建ui2py.bat文件,写入: @echo off @cd /d "%~dp0" pyuic4 %1 > %~n1.py 将ui文件拖入批处理即可,生成在ui文件所在目录,文件名为py_name.py 2)转换后的py文件还不能运行,需要可视化操作才可运行  具体见帖:http://www.cnblogs.com/doudongchun/p/3694

在实际应用中,我们难免会遇到解析excel文件入库事情,有时候为了方便,需要将excel文件转成txt格式文件.下面代码里面提供对xls.xlsx两种格式的excel文件解析,并写入到一个新的txt文件中,数据以分隔符逗号","隔开. excel文件如图所示: 转换后的txt文件: 需要依赖4个jar包: package com.xuan.excel; import java.io.BufferedWriter; import java.io.File; import java.io.

使用 PySide2 开发 Maya 插件系列二:继承 uic 转换出来的 py 文件中的类 Ui_Form 开发环境: Wing IDE 6.1 步骤1: 打开 Wing IDE,创建一个新的 project,保存这个 project 到某个路径下,把之前生产的 py 文件所在的文件夹添加到该 project 中,然后在文件夹下新建一个 py 文件,我这里命名为 PySideTest.py 图中 PySide2ToPySide.py 是一个 PySide2 兼容 PySide 的一个补丁代码,

1.  新建一个文本文件,保存为任意但有意义的名字,如:sof_to_rbf.bat,注意,保存时请不要使用默认的格式,应该手动从.txt切换为all files 2.  在文本中输入以下内容: %QUARTUS_ROOTDIR%\\bin64\\quartus_cpf -c DE1_SOC_golden_top.sof soc_system.rbf pause 其中,DE1_SOC_golden_top.sof为待转换的sof文件的名字,我们可以改成自己实际sof的文件名字,如:led.sof

直接上代码 # -*- encoding:utf-8 -*- """ author:lgh 简单的doc转pdf,html,pdf转doc脚本 依赖库pdfminer3k,pip install pdfminer3k即可 """ from win32com.client import Dispatch, constants from pdfminer.pdfparser import PDFParser, PDFDocument from pdf

  本文主要记录Keras训练得到的.h5模型文件转换成TensorFlow的.pb文件 #*-coding:utf-8-* """ 将keras的.h5的模型文件,转换成TensorFlow的pb文件 """ # ========================================================== from keras.models import load_model import tensorflow as t

Linux中将一个GBK编码的文件转换成UTF-8编码文件 使用iconv 命令iconv -f GBK -t UTF-8 file1 -o file2 输出另一个文件,然后再覆盖源文件内容