转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

一,从索引库查找文件:locate 索引库:操作系统会周期性的遍历根文件系统,然后生成索引库 手动更新索引库:updatedb 语法:locate [OPTION]... PATTERN... 只匹配basename:-b 统计出有多少个符合条件的文件:-c 使用基本正则表达式:-r 注意:构筑索引,需要遍历整个根文件系统,非常消耗资源. 二,直接从文件系统里查找:find 下面写道的[文件],包含文件和文件夹 跟locate比,find是精确,实时查找,速度没有locate快. 用法:find

vi编辑器是所有Unix及Linux系统下标准的编辑器,它的强大不逊色于任何最新的文本编辑器,这里只是简单地介绍一下它的用法和一小部分指令.由于对Unix及Linux系统的任何版本,vi编辑器是完全相同的,因此您可以在其他任何介绍vi的地方进一步了解它.Vi也是Linux中最基本的文本编辑器,学会它后,您将在Linux的世界里畅行无阻. 1.vi的基本概念 基本上vi可以分为三种状态,分别是命令模式(command mode).插入模式(Insert mode)和底行模式(last line m

源于:https://mp.weixin.qq.com/s/VPs-IXY6RoxbltHIxtIbng which命令 我们经常在linux要查找某个文件,但不知道放在哪里了,可以使用下面的一些命令来搜索: which  查看可执行文件的位置. whereis 查看文件的位置. locate   配合数据库查看文件位置. find   实际搜寻硬盘查询文件名称. which命令的作用是,在PATH变量指定的路径中,搜索某个系统命令的位置,并且返回第一个搜索结果.也就是说,使用which命令,就

linux查看帮助 [tomcat-nohup]$ split --help 用法:split [选项]... [输入 [前缀]] 将输入内容拆分为固定大小的分片并输出到"前缀aa"."前缀ab",...: 默认以 行为拆分单位,默认前缀为"x".如果不指定文件,或 者文件为"-",则从标准输入读取数据. 长选项必须使用的参数对于短选项时也是必需使用的. -a, --suffix-length=N 指定后缀长度为N (默认为2

文件权限详解 一.chmod命令详解 文件权限和所有权是Unix/Linux文件系统最显著的特征之一.linux中的每一个文件都与多种权限类型相关联,在这些权限中主要分类为3种: 用户(User)是文件的所有者: 用户组(Group)是多个用户的集合,系统允许用户进行某些形式的访问: 其他用户(others)是除用户和用户组以外的任何用户. 用命令ls  -l(或者ll)可以列出文件的权限: 实例: amosli@amosli-pc:/$ ls -l drwxr-xr-x root root 6

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

常常在网上看到有人询问:如何把 java 程序编译成 .exe 文件.通常回答只有两种,一种是制作一个可执行的 JAR 文件包,然后就可以像. chm 文档一样双击运行了:而另一种是使用 JET 来进行 编译.但是 JET 是要用钱买的,而且据说 JET 也不是能把所有的 Java 程序 都编译成执行文件,性能也要打些折扣.所以,使用制作可执行 JAR 文件包的方法就是最佳选择了,何况它还能保持 Java 的跨平台特性. 下面就来看看什么是 JAR 文件包吧: 1. JAR 文件包 JAR 文件

把java文件打包成.jar (jar命令详解) 先打开命令提示符(win2000或在运行框里执行cmd命令,win98为DOS提示符),输入jar Chelp,然后回车(如果你盘上已经有了jdk1.1或以上版本),看到什么: 用法:jar {ctxu}[vfm0Mi] [jar-文件] [manifest-文件] [-C 目录] 文件名 ... 选项: -c 创建新的存档 -t 列出存档内容的列表 -x 展开存档中的命名的(或所有的]文件 -u 更新已存在的存档 -v 生成详细输出到标准输出上

我们再linux中常见的压缩文件有.tar.gz,.zip,.gz,在linux中,你要习惯没有.rar的日子. 一下为tar,zip命令详解 tar -zcvf /home/files.tar.gz /files tar -zcvf 打包后生成的文件名全路径 要打包的目录 例子:把/files文件夹打包后生成一个/home/files.tar.gz的文件. zip 压缩方法: 压缩当前的文件夹 zip -r ./files.zip ./* -r表示递归 zip [参数] [打包后的文件名] [

od命令 以二进制的形式查看文件 od -t x1 /usr/local/FT/config/hsm_create.utf8.sql ef bb bf 4c 5f 0d 0a 5f 4e 4e 4f 4e 4c 4c 4d 4b 摘自:https://www.cnblogs.com/hdk1993/p/4395574.html Linux之od命令详解   功能说明:输出文件内容.语 法:od [-abcdfhilovx][-A <字码基数>][-j <字符数目>][-N <

scp在跨机器复制的时候为了提高数据的安全性,使用了ssh连接和加密方式,如果机器之间配置了ssh免密码登录,那在使用scp的时候密码都不用输入. 在服务器104.238.161.75上操作,将服务器104.238.161.75上/home/lk/目录下所有的文件全部复制到43.224.34.73的/root目录下,命令为:scp -r /home/lk root@43.224.34.73:/root(注意:IP与路径直接加冒号). 命令详解: scp是secure copy的简写,用于在Lin

Protobuf 文件生成工具 Prototool 命令详解 简介 Prototool 是 Protobuf 文件的生成工具, 目前支持go, php, java, c#, object c 五种语言包的生成. 详情参考Github: https://github.com/uber/prototool docker 方式使用 prototool 工具 使用方式 // prototool 的使用 docker run --rm -v $(pwd):/work "uber/prototool&quo

ospp.vbs是什么文件?激活过程cscript ospp.vbs命令详解 在Office 2013激活过程中我们经常会用到cscript ospp.vbs这个命令.那么,很有必要来了解一下,ospp.vbs到底是什么文件?Cscript.exe是脚本运行引擎,这里就不多介绍了.ospp全称为:Office Software Protection Platform,vbs大家都知道是脚本文件,所以得出结论,ospp.vbs就是:Office软件保护平台脚本.它是目前Office自身提供的激活管

ulimit 命令详解     Linux对于每个用户,系统限制其最大进程数.为提高性能,可以根据设备资源情况,设置各linux 用户的最大进程数 可以用ulimit -a 来显示当前的各种用户进程限制. 下面我把某linux用户的最大进程数设为10000个:      ulimit -u 10240      对于需要做许多 socket 连接并使它们处于打开状态的 Java 应用程序而言,      最好通过使用 ulimit -n xx 修改每个进程可打开的文件数,缺省值是 1024.  

博客园 首页 新随笔 联系 订阅 管理 随笔 - 322  文章 - 0  评论 - 19 Linux命令-自动挂载文件/etc/fstab功能详解[转]     一./etc/fstab文件的作用          磁盘被手动挂载之后都必须把挂载信息写入/etc/fstab这个文件中,否则下次开机启动时仍然需要重新挂载.         系统开机时会主动读取/etc/fstab这个文件中的内容,根据文件里面的配置挂载磁盘.这样我们只需要将磁盘的挂载信息写入这个文件中我们就不需要每次开机启动之后

几个重要的概念 首先先明确几个概念: WorkPlace : 工作区 Index: 暂存区 Repository: 本地仓库/版本库 Remote: 远程仓库 当在Remote(如Github)上面clone一个项目到本地时(假设项目名为GitTest),在本地就会看到一个名为GitTest的目录,目录下有项目代码和一个名为.git的目录,什么是工作区呢,就是除了.git文件夹以外的所有东西,我们主要在工作区上阅读,修改,添加删除代码和其他内容,而这个.git目录就称为一个版本库,这个版本库中存

yum(全称为 Yellow dog Updater, Modified)是一个在Fedora和RedHat以及SUSE中的Shell前端软件包管理器.基於RPM包管理,能够从指定的服务器自动下载RPM包并且安装,可以自动处理依赖性关系,并且一次安装所有依赖的软体包,无须繁琐地一次次下载.安装.yum提供了查找.安装.删除某一个.一组甚至全部软件包的命令,而且命令简洁而又好记. yum的命令形式一般是如下:yum [options] [command] [package ...]其中的[opti

Docker命令详解   最近学习Docker,将docker所有命令实验了一番,特整理如下: # docker --help Usage: docker [OPTIONS] COMMAND [arg...] docker daemon [ --help | ... ] docker [ -h | --help | -v | --version ] A self-sufficient runtime for containers. Options: --config=~/.docker Loca

linux awk命令详解 简介 awk是一个强大的文本分析工具,相对于grep的查找,sed的编辑,awk在其对数据分析并生成报告时,显得尤为强大.简单来说awk就是把文件逐行的读入,以空格为默认分隔符将每行切片,切开的部分再进行各种分析处理. awk有3个不同版本: awk.nawk和gawk,未作特别说明,一般指gawk,gawk 是 AWK 的 GNU 版本. awk其名称得自于它的创始人 Alfred Aho .Peter Weinberger 和 Brian Kernighan 姓氏