fai示例: Sc0000003 2774837 10024730 60 61 Sc0000004 2768176 12845826 60 61 Sc0000005 2756750 15660150 60 61 Sc0000006 2627294 18462857 60 61 Sc0000007 2472379 21133951 60 61 Sc0000008 2452568 23647548 60 61 NAME Name of this reference sequence LENGTH T

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro

$ samtools faidx t1.fa && echo "faidx built" $ cat t1.fa.fai scaffold332 scaffold322 scaffold342 scaffold191 scaffold1157 $ samtools faidx t1.fa scaffold332 > scaffold332.fa $ >scaffold332 TTCTGTGAGATCTCTCTGAAAAATAATTGAGAAATCAAGATA

一个需求是这样的,一个vector容器中,我需要提取满足一定条件的元素的序列.就比如,一个树形结构,我把该接口拍扁成vector容器,每个节点都有一个惟一ID. 以下就是根据特定的ID查找节点下的子节点: NodeList OrgTreeParser::findChildsById(const std::string &id) { NodeList list; auto iter = std::find_if(std::begin(m_list), std::end(m_list), [&

在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:106994222-107183708 这样的形式,给出了起始和终止位置: 对于某一个基因来说,其可能产生的circRNA的类型是多样的,以下图为例进行说明 1) 由单个外显子组成的环状RNA, 比如 2)有多个外显子组成的环状RNA, 比如 以上的两种circRNA在序列提取时都非常容易,只需要将circRNA的起始和终止位置能够和某些外显子正好对应上,那么就可以确定其序

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro

功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header -S 输入sam文件..默认bam文件 -u 输出bam文件不进行压缩..必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads..数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate序列没有比对上 -q 比对的最低质量值..一般20就可以 例

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

1)samtools简介--------------------------------------------------------------------------背景:前面我们讲过sam/bam格式,sam文件虽然是可读的文本文件形式,但是通常是非常大,因此一般会对其压缩来节省磁盘空间,且对于很多软件来说,相比于对sam文件,对bam文件进行处理更加有效.SAMtools 是一款优秀的用以解析.处理sam/bam格式文件的一种软件包工具.其详细的文档可以在其官网里面找到.它主要包含以下

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令.以下是常用命令的介绍: view命令的主要功能: 将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式. bam

集合:元素之间不允许重复 集合属于Python无序可变序列,元素之间不允许重复 集合对象的创建与删除 直接将值赋值给变量即可创建一个集合 >>> a = {3,5}>>> type(a)<class 'set'> set()函数将列表.元组.字符串.range对象等其他可迭代对象转换为集合,如果原来的数据中存在重复元素,则转换为集合的时候只保留一个:如果原序列或迭代对象中有不可哈希的值,无法转换为集合,抛出异常 >>> a_set=set(

两个软件的作用:1.samtools mpileup 主要是用于收集BAM文件中的信息,这个位点上有多少条read匹配,匹配read的碱基是什么,并将这些信息存储在BCF文件中.2.bcftools 是真正进行calling的软件.其也可以用来BCF和VCF格式的转换. 常见流程: #index REF $samtools faidx GCF.fa $bowtie2-build ./GCF.fa ./index/GCF #生成bam比对文件 $bowtie2 -x ./index/GCF rea

1 序列 在Python中,最基本的数据结构是序列,序列中每个元素被分配一个编号,也称为索引.第一个索引为0,第二个则是1,以此类推.序列中最后一个元素被标为-1,倒数第二个元素被标为-2,以此类推. 2 Python内建序列 Python包含6种内建序列,分别是列表,元组,字符串,UNICODE字符串,BUFFER对象和XRANGE对象.开始重点关注列表和元组. 3 列表和元组(序列) 列表和元组一个很重要的区别是,列表可以修改,元组则不能被修改.几乎所有情况下列表都可以替代元组,但有一个列外

目录 数据的图示 不同类型的基于图的特征 节点属性 局部结构特征 节点嵌入 DeepWalk简介 在Python中实施DeepWalk以查找相似的Wikipedia页面 数据的图示 当你想到"网络"时,会想到什么?通常是诸如社交网络,互联网,已连接的IoT设备,铁路网络或电信网络之类的事物.在图论中,这些网络称为图. 网络是互连节点的集合.节点表示实体,它们之间的连接是某种关系. 例如,我们可以用图的形式表示一组社交媒体帐户: 节点是用户的数字档案,连接表示他们之间的关系,例如谁跟随谁

该软件对于处理FASTA/Q十分方便,省去自己编写脚本 安装 1 conda install seqkit 使用 序列操作(seq) 1 ## 取方向序列 2 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 3 4 ## 取互补序列 5 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa 6 7 ## 取方向互补序列 8 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 9 10 ## RNA---> DN

前言 在之前 <Oracle打怪升级之路一>中我们主要介绍了Oracle的基础和Oracle常用查询及函数,这篇文章作为补充,主要介绍Oracle的对象,视图.序列.同义词.索引等,以及PL/SQL编程的相关知识 视图 什么是视图 视图是一种数据库对象,是从一个或者多个数据表或视图中导出的虚表,视图所对应的数据并不真正地存储在视图中,而是存储在所引用的数据表中,视图的结构和数据是对数据表进行查询的结果.根据创建视图时给定的条件,视图可以是一个数据表的一部分,也可以是多个基表的联合,它存储了要执

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

一.准备工作     meerkat 0.189版本和以前的版本相比,支持bwa mem 输出的bam文件,还支持全外显子数据count SV. meerkat原理:参见http://compbio.med.harvard.edu/Meerkat/     1.1 需要准备的软件         1. unix/Linux系统(自带) 2. CMake(自带) 3. PERL 5.8.1及以上(自带) 4. BioPERL 1.5.0及以上(自行安装) 5. R 2.3.1及以上(自带) 6.