samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro

一.key与primary key区别 CREATE TABLE wh_logrecord ( logrecord_id ) NOT NULL auto_increment, ) default NULL, operation_time datetime default NULL, logrecord_operation ) default NULL, PRIMARY KEY (logrecord_id), KEY wh_logrecord_user_name (user_name) ) 解析:

参考:https://blog.csdn.net/nanamasuda/article/details/52543177 总的来说,primary key .unique key 这些key建立的同时索引index也就建好了.primary key 和 unique key 都是唯一记录表的一行数据,区别在于前者只能有一个,而后者可以有多个. 如果想深入了解,请继续往下看. 索引被用来快速找出在一个列上用一特定值的行.没有索引,MySQL不得不首先以第一条记录开始并然后读完整个表直到它找出相关的

fai示例: Sc0000003 2774837 10024730 60 61 Sc0000004 2768176 12845826 60 61 Sc0000005 2756750 15660150 60 61 Sc0000006 2627294 18462857 60 61 Sc0000007 2472379 21133951 60 61 Sc0000008 2452568 23647548 60 61 NAME Name of this reference sequence LENGTH T

MySQL索引的概念    索引是一种特殊的文件(InnoDB数据表上的索引是表空间的一个组成部分),它们包含着对数据表里所有记录的引用指针.更通俗的说,数据库索引好比是一本书前面的目录,能加快数据库的查询速度.    索引分为聚簇索引和非聚簇索引两种,聚簇索引是按照数据存放的物理位置为顺序的,而非聚簇索引就不一样了:聚簇索引能提高多行检索的速度,而非聚簇索引对于单行的检索很快    要注意的是,建立太多的索引将会影响更新和插入的速度,因为它需要同样更新每个索引文件.对于一个经常需要更新和插入的

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro

mysql中key .primary key .unique key 与index区别

$ samtools faidx t1.fa && echo "faidx built" $ cat t1.fa.fai scaffold332 scaffold322 scaffold342 scaffold191 scaffold1157 $ samtools faidx t1.fa scaffold332 > scaffold332.fa $ >scaffold332 TTCTGTGAGATCTCTCTGAAAAATAATTGAGAAATCAAGATA

-.gapcloser.fa | > t1.fa bwa index -a bwtsw -p t1 t1.fa >t1.bwa_index.log >& #$ ll #total 292K #-rw-r--r-- XXX Jul : t1.amb #-rw-r--r-- XXX Jul : t1.ann #-rw-r--r-- XXX 98K Jul : t1.bwt #-rw-r--r-- XXX 99K Jul : t1.fa #-rw-r--r-- XXX 25K Jul

问题背景 最近用explain命令分析查询sql执行计划,时而能看到Extra中显示为"Using index"或者"Using where; Using Index",对这两者之间的明确区别产生了一些疑惑,于是通过网上搜索.自行实验探究了一番其具体区别. 测试数据准备 以下表作为测试表进行sql分析. CREATE TABLE `test_table` ( `id` bigint(20) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT, `f0`

看似有差不多的作用,加了Key的表与建立了Index的表,都可以进行快速的数据查询.他们之间的区别在于处于不同的层面上. Key即键值,是关系模型理论中的一部份,比如有主键(Primary Key),外键(Foreign Key)等,用于数据完整性检查与唯一性约束等. 而Index则处于实现层面,比如可以对表个的任意列建立索引,那么当建立索引的列处于SQL语句中的Where条件中时,就可以得到快速的数据定 位,从而快速检索.至于Unique Index,则只是属于Index中的一种而已,建立了U

众所周知,MySQL创建索引有两种语法,即:ALTER TABLE HeadOfState ADD INDEX (LastName, FirstName);CREATE INDEX index_name HeadOfState (LastName, FirstName);那么,这两种语法有什么区别呢? 在网上找了一下,在一个英文网站上,总结了下面几个区别,我翻译出来,如下:1.CREATE INDEX必须提供索引名,对于ALTER TABLE,将会自动创建,如果你不提供:2.CREATE IND

mysql的key和index多少有点令人迷惑,这实际上考察对数据库体系结构的了解的.    1).key 是数据库的物理结构,它包含两层意义,一是约束(偏重于约束和规范数据库的结构完整性),二是索引(辅助查询用的).包括primary key, unique key, foreign key 等.   primary key 有两个作用,一是约束作用(constraint),用来规范一个存储主键和唯一性,但同时也在此key上建立了一个index:   unique key 也有两个作用,一是约

Legacy Indexes 在Neo4j 2.0版本之前,Legacy index被称作indexes.这个索引是通过外部图存储在外的Lucene实现,允许“节点”和“联系”以key:value键值对的方法被检索.从Neo4j 提供的REST接口来看,被称作“index”的变量通常是指Legacy indexes. Legacy index能够提供全文本检索的能力.这个功能并没有在schema index中被提供,这也是Neo4j 2.0* 版本保留legacy indexes的原因之一 注意

CREATE TABLE pre_forum_post ( pid int(10) unsigned NOT NULL COMMENT '帖子id', fid mediumint(8) unsigned NOT NULL default '0' COMMENT '论坛id', tid mediumint(8) unsigned NOT NULL default '0' COMMENT '主题id', `first` tinyint(1) NOT NULL default '0' COMMENT

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge ) ht

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools 1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make 2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge )

参考:MySQL中KEY.PRIMARY KEY.UNIQUE KEY.INDEX 的区别 对于题目中提出的问题,可以拆分来一步步解决.在 MySQL 中 KEY 和 INDEX 是同义.那这个问题就可以简化为 PRIMARY KEY,UNIQUE KEY 和 INDEX 的区别.而这三者也正好是索引的划分,主键索引,唯一索引和普通索引(INDEX). 使用 INDEX 来加速从数据库中读取数据.INDEX 通常加在那些 JOIN, WHERE,和 ORDER BY 子句的列上. 创建索引时,需

一.key与primary key区别 CREATE TABLE wh_logrecord ( logrecord_id int(11) NOT NULL auto_increment, user_name varchar(100) default NULL, operation_time datetime default NULL, logrecord_operation varchar(100) default NULL, PRIMARY KEY (logrecord_id), KEY wh

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)