[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似

1. df -lh 2. du -s /usr/* | sort -rn这是按字节排序 3. du -sh /usr/* | sort -rn这是按兆(M)来排序 4.选出排在前面的10个du -s /usr/* | sort -rn | head 5.选出排在后面的10个du -s /usr/* | sort -rn | tail du -h –-max-depth=0 userdu -sh –-max-depth=2 | more 本文具体介绍了linux中du命令參数的用法,并用演示例子进

平时收集些用到的命令 方便使用 1:  ls -lrt 按时间排序  展示 2:nslookup  查看dns解析 3:lsof -p 进程号 lsof `which httpd` //那个进程在使用apache的可执行文件lsof /etc/passwd //那个进程在占用/etc/passwdlsof /dev/hda6 //那个进程在占用hda6lsof /dev/cdrom //那个进程在占用光驱lsof -c sendmail //查看sendmail进程的文件使用情况lsof -c

  测序产生的bam文件,有一些reads在cigar值里显示存在softclip,有一些存在hardclip,究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的,还有是怎么标记duplicate的reads的,我怀着这些问题进行了探究. 测试步骤 编辑两个bed文件,分别含有我们需要的read1和read2位置,这里每个文件包含两条read1或者两条read2,read1.read2一对作为原始的reads(序列名primer_pri),另一对作为截取的材料(这里取序列名为other) 使

  有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库.htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools.bcftools的核心库. #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <htslib/sam.h> using namespace

最近接触的数据都是靶向测序,或者全外测序的数据.对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环. 以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后,用perl来进行深度及捕获效率的计算.今天无意中看到了bamdst(https://github.com/shiquan/bamdst)这个软件,用起来也很方便,参考GitHub,在此记录使用方法. 下载并安装:下载安装包并解压后, cd ./bamdst-master make 安装好后,需要准备.bed文件及.b

1) 命令名称:ls 2) 英文原意:list 3) 命令所在路径:/bin/ls 4) 执行权限:所有用户 5) 功能描述:显示目录文件 6) 语法: ls 选项[-ald][文件或目录] -a 显示所有文件,包括隐藏文件 -l 详细信息显示 -d 仅显示目录名,而不显示目录下的内容列表 -h 人性化显示(hommization) -i 查看任意一个文件的i节点(类似于身份证唯一信息) -t 用文件和目录的更改时间排序:可以用第一个显示的文件判断最近修改的文件 注意:. 开头的文件除非是目录,

Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

应项目需求要把PDF内嵌到网页中显示,其中有了很多办法,比如用<embed/>元素放入PDF文件,但是效果不理想,浏览器兼容不理想,在ie9/8(其他版本没有测试)显示会提示下载pdf文件.当然这不是我想要的效果,这种做法可以轻易地在网络上找到,我这里不就细说. 下面介绍的是另一种办法,就是借用FlashPaper软件改用swf格式来实现,各大浏览器对flash的支持已经相当友好了,除非用户禁止了现在flash. 一:FlashPaper 开始使用这款软件之前,花点时间来认识它,FlashPa

html input="file" 浏览时只显示指定文件类型 xls.xlsx.csv <input id="fileSelect" type="file" accept=".csv, application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet, application/vnd.ms-excel" /> Valid Accept Types:

linux 如何显示一个文件的某几行(中间几行) [一]从第3000行开始,显示1000行.即显示3000~3999行 cat filename | tail -n +3000 | head -n 1000 [二]显示1000行到3000行 cat filename| head -n 3000 | tail -n +1000 *注意两种方法的顺序 分解: tail -n 1000:显示最后1000行 tail -n +1000:从1000行开始显示,显示1000行以后的 head -n 1000

Eclipse 分屏显示同一个文件   场景 : 某个类很大,可能有数千行.当你想要将类开头部分与中间或者靠后的部分进行对比时,请follow如下步骤: Window -> Editor -> Toggle Split Editor (Ctrl + _) 或者 Toggle Split Editor (Ctrl + {) 另一种方法 : 直接按快捷键 Ctrl + Shift + [  或者 Ctrl + Shift + - Notice : 上下分屏 : Ctrl + Shift + - 左

1.mac的Finder显示所有文件: defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles -bool true killall Finder 2.mac不产生.DS_Store文件: defaults write com.apple.desktopservices DSDontWriteNetworkStores -bool true

<input type="file" />浏览时只显示指定文件类型 <input type="file" accept="application/msword" ><br><br>accept属性列表<br> 1.accept="application/msexcel"2.accept="application/msword"3.accept=&q

1. 搜索功能和Everything一样快和强大 具有 Everything 搜索快.搜索功能强等优点, 解决了不能方便选择搜索哪个文件夹, 解决了不能同一个画面进行预览等问题 2.文件直接显示到文件夹的层次结构中 非常直观,很有利于快速找文档 3. 很方便就可以指定要搜索的文件夹 因为集成了“Windows资源管理器”放在“目录栏” 4. 同一个画面的快速预览.嵌入预览 更方便排查以找到目标文档 5.快捷方式:让常用文件夹两步即可开始查找 点“快捷方式”按钮 双击打开创建好的文件夹快捷方式 6

在应用程序里打开终端, cd 你的文件夹名 ls -a 即可显示该文件夹下的所有隐藏文件   如果你想打开整个系统的隐藏文件可以在终端下输入以下命令: defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles -bool true 关闭显示隐藏功能: defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles -bool false

打开VS后不显示头文件源文件和所有以前分类的文件夹,*.h 和*.cpp都显示在同一个文件 点击右图红色指示显示所有文件夹按钮,就能恢复.

.选择文件[XP操作系统,不能用于Win2000或98],使用“UserAccounts.CommonDialog”对象向用户显示一个标准的“文件打开”对话框 Set objDialog = CreateObject("UserAccounts.CommonDialog") objDialog.Filter = "All Files|*.*"objDialog.InitialDir = "C:\"intResult = objDialog.Sho