前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习.这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧. 1. 导入数据,创建Seurat对象 library(Seurat) library(tidyverse) testdf=read.table("test_20210105.txt",head

想要的效果 如上是silverlight版本.原理是设定一个调色板,为256的渐变色(存在一个png文件中,宽度为256,高度为1),然后针对要处理的距离矩阵图形,取图片中每个像素的Alpha值作为索引,对应到调色板的颜色.每个像素处理之后,则形成上面的热度图.该图主要表达了一个数据分布的密度. 网络上有一个Gildor.HeatmapDemos工程,我主要参考了SL版本.要注意elipseRadius,如果过小,即每个圆彼此不相交,则看不到热度效果,所以代码设置初始值为100.(上图的数值初始

甘特图小伙伴们都非常的熟悉,首先小编简单的向各位小伙伴介绍一下什么是甘特图,甘特图内在思想简单,即以图示的方式通过活动列表和时间刻度形象地表示出任何特定项目的活动顺序与持续时间.基本是一条线条图,横轴表示时间,纵轴表示活动(项目),线条表示在整个期间上计划和实际的活动完成情况.它直观地表明任务计划在什么时候进行,及实际进展与计划要求的对比.管理者由此可便利地弄清一项任务(项目)还剩下哪些工作要做,并可评估工作进度. 还记得在软考的时候,甘特图经常和PERT图放在一起,考察我们,既然提到了PERT

一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 2)pheatmap(data,clustering_distance_rows = "correlation")#聚类线长度优化 3)pheatmap(data

Cell Ranger是一个"傻瓜"软件,你只需提供原始的fastq文件,它就会返回feature-barcode表达矩阵.为啥不说是gene-cell,举个例子,cell hashing数据得到的矩阵还有tag行,而列也不能肯定就是一个cell,可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是10xgenomics提供的官方比对定量软件,有四个子命令,我只用过cellranger count,另外三个cellranger mkfastq.cellranger aggr.cellra

                                                        先来看看成果图: OK,开始画图: 实验背景声明:在脑影像分析中,我们首先构建脑网络,然后使用双样本t对比两组人的连接差异,然后使用以上的图进行可视化,一般红色连接代表显著升高,绿色代表显著下降.(非必须,根据实际需求设计,如上图中红色代表相应的连接差异与HAMD抑郁量表评分显著相关,绿色表示不相关).这里呢,我们研究了一组病人以及年龄性别匹配的健康被试的fMRI的数据,首先进行fMR

之前一直是用semPlot这个包给来进行结构方程模型的路径绘制,自从用了tidySEM这个包后就发现之前那个包不香了,今天就给大家分享一下tidySEM. 这个包的很大特点就是所有的画图原始都是存在数据框中的,这样以来我们就可以像编辑excel一样改变图中元素的位置,非常的个性化. 例子说明 画图之前我们需要有一个画图的对象fit,也就是你的拟合成功的SEM模型 第二步是要将这个对象的图中的可以编辑的节点通过get_nodes(fit)得到,或者通过get_edges(fit)得到可以编辑的边

表达矩阵 要做两两样本的相关性散点图,并计算标明相关系数. 编写函数要点: 直接在aes中传参是不行的 线性回归表达式 函数 方法1:用!!ensym myplot <- function(indata, inx, iny){ nms <- names(indata) x <- nms[inx] y <- nms[iny] regression <- paste0(x, " ~ ", y) dat.lm <- lm(as.formula(regres

MySQL Workbench 是一款专为MySQL设计的ER/数据库建模工具.你可以用MySQL Workbench设计和创建新的数据库图示,建立数据库文档,以及进行复杂的MySQL 迁移.这里介绍使用MySQL Workbench画E-R图. 方法/步骤 在开始菜单里找到软件,点击打开

用rose画UML图(用例图,活动图) 首先,安装rose2003,电脑从win8升到win10以后,发现win10并不支持rose2003的安装,换了rose2007以后,发现也不可以. 解决途径:在虚拟机中安装(我装的是win xp的系统,安装的是rose2003). 如果需要安装包,可以联系我.此外,还有Visio2013的安装包等.都有用过,不过还是觉得rose最好用了. 然后开始贴图吧!毕设做的电商购物系统的UML设计图.   用例图: 1.用户用例模型 2.系统管理员用例模型 3.订

最近在用python中的matplotlib画折线图,遇到了坐标轴 "数字+刻度" 混合显示.标题中文显示.批量处理等诸多问题.通过学习解决了,来记录下.如有错误或不足之处,望请指正. 一.最简单的基本框架如下:已知x,y,画出折线图并保存.此时x和y均为数字. # -*- coding: utf-8 -*- import matplotlib.pyplot as plt #引入matplotlib的pyplot子库,用于画简单的2D图 import random x= range(0

相机拍的图,电脑上画的图,word里的文字,电脑屏幕,手机屏幕,相机屏幕显示大小一切的一切都搞明白了! 先说图片X×dpi=点数dotX是图片实际尺寸,简单点,我们只算图片的高吧,比如说拍了张图片144×144 72dpi,那么它的实际高就是144÷72=2吋dpi是每吋点数,在相机拍出一张图片之后它的dpi就确定了(右键属性摘要里就能看),比如最常见的72dpi,还说上面提到的144×144 72dpi的图片,72dpi的意思是说如果也按照72dpi打印图片的话打印出来还是高2吋(X)的可是我

虽然最后做成PPT里的图表会被要求用EXCEL画,但当我们只是在分析的过程中,想看看数据的走势,直接在SAS里画会比EXCEL画便捷的多. 修改起来也会更加的简单,,不用不断的修改程序然后刷新EXCEL里的透视表,,甚至有时还是需要重新插入图表等等麻烦的操作. 以下将介绍折线图(PROC GPLOT的用法): 先看代码: AXIS1 ORDER=(1990 TO 2012 BY 5) MINOR=(NUMBER=1);AXIS2 ORDER=(13000 TO 20000 BY 1000) MI

在线画时序图的网站:https://www.websequencediagrams.com/ 该网站提供拖拉图形和编写脚本代码2个方式来制作时序图,同时提供多种显示风格. 实例: 1.脚本代码: title Automated test data generation tool parallel {     user->+tool: Open program     tool-->-user: Return login interface     user->+tool: Log in

总结2015搭建日志,监控,ci,前端路由,数据平台,画的图与界面 - hugo - ITeye技术网站 极分享:高质分享+专业互助=没有难做的软件+没有不得已的加班 极分享:高质分享+专业互助=没有难做的软件+没有不得已的加班

近期为发小论文一直在研究作业调度问题,好不easy把数据搞出来了,结果又被画甘特图给难住了,查了各种资料.anygantt,highchart.Jfree chart等都试了,效果都不咋好.无意中留意到网上实用matlab画甘特图的,自己改动了一下.感觉画出的图还能够.感觉还是matlab好用啊.代码简单,函数库强大.废话少说直接上代码. %fileName:mt06_final.mt06 %fileDescription:create a gatt chart whith the data g

雷达图常用于对多项指标的全面分析.例如:HR想要比较两个应聘者的综合素质,用雷达图分别画出来,就可以进行直观的比较. 用Matplotlib画雷达图需要使用极坐标体系,可点击此链接,查看对极坐标体系的介绍:https://www.cnblogs.com/kallan/p/6738577.html. 下面,我们从五个方面(编程能力,沟通技能,专业知识,团队协作,工具掌握)来对路人甲和路人乙进行比较. 代码如下: import numpy as np from matplotlib import p

这里利用Jake Vanderplas所著的<Python数据科学手册>一书中的数据,学习画图. 数据地址:https://raw.githubusercontent.com/jakevdp/data-CDCbirths/master/births.csv 准备工作:先导入matplotlib和pandas,用pandas读取csv文件,然后创建一个图像和一个坐标轴 import pandas as pd from matplotlib import pyplot as plt birth=p

工作需要在线画各种UML图,类图.协作图.用例图等等,调查了一些在线画UML图的工具,有的做的很好但要收费,例如:http://www.gliffy.com/,发现现在免费好用的是ProcessOn:http://www.processon.com/,挺不错的,基本满足我的需求,推荐一下(推广费打我卡上). 上面一些图是我随便在线画的,仅供参考.

在跟踪spring源码的时候,看见网上的博客好多使用了idea自带的展示类继承关系图的功能,这个地方使用了idea的diagrams-show diagram,就可以显示类的继承图,很神奇的样子,记录一下这个功能:同时idea也继承一个插件plantuml,可以画时序图和类图等: 1.打开preference-找到plugin 2.点击browse repositories 3.安装后重启,点击file-new 4.建完以后编写对应调用关系即可,注意箭头代表调用方向

画时序图工具TimingDesigner 9.2 安装指导 先上文件下载链接:http://bbs.eetop.cn/viewthread.php?tid=250446&;highlight=timing%2Bde%24igner 安装.破解方法:一.安装1)解压“TimingDesigner_v9.2_win.zip”后有两个文件:“td.win32.td92.exe”和“TDlic.dat”:2)安装“td.win32.td92.exe”到C盘或D盘,此处选择安装目录为“D:\Program