当我们进行群体遗传分析时,得到vcf后,可利用plink进行主成分(PCA)分析: 一.软件安装 1 conda install plink 二.使用流程 第一步:将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out testacc --const-fid --allow-extra-chr 2 3 4 # --vcf vcf 或者vcf.gz 5 # --recode 输出格式 6 # --out 输入前缀 7

首先,引入子进程模块 var process = require('child_process'); 执行shell命令 调用该模块暴露出来的方法exec process.exec('shutdown -h now',function (error, stdout, stderr) { if (error !== null) { console.log('exec error: ' + error); } });//回调函数非必须! 执行.sh脚本 很多时候需要多个命令来完成一项工作,而这个工作

loadrunner调用plink,远程linux执行shell命令   脚本: Action() {   char* cmd; cmd = lr_eval_string("C:\\\"Program Files (x86)\"\\Hp\\LoadRunner\\bin\\plink.exe -ssh -l 用户名 -pw 密码 192.168.75.130 \"mkdir\ \/root\/testplink\"");          //在

python调用shell命令方法 1.os.system(cmd) 缺点:不能获取返回值 2.os.popen(cmd) 要得到命令的输出内容,只需再调用下read()或readlines()等  例:a=os.popen(cmd).read() 3.commands 模块,其实也是对popen的封装. 此模块主要有如下方法:commands.getstatusoutput(cmd) 返回(status, output).commands.getoutput(cmd) 只返回输出结果comma

Awk中调用shell命令 需求 在awk中,有时候需要调用linux系统中命令,如计算字符串的MD5值,并保存下来. 方法参考 call a shell command from inside awk and pass some awk variables to the shell command cmd=sprintf("md5sum %s | cut -f2,2", url); #printf("command %s\n", cmd); cmd | getli

有时候难免需要直接调用Shell命令来完成一些比较简单的操作,比如mount一个文件系统之类的.那么我们使用Python如何调用Linux的Shell命令?下面来介绍几种常用的方法: 1. os 模块 1.1. os模块的exec方法族 Python的exec系统方法同Unix的exec系统调用是一致的.这些方法适用于在子进程中调用外部程序的情况,因为外部程序会替换当前进程的代码,不会返回.( 这个看了点 help(os)  --> search "exec" 的相关介绍,但是没

转载自:http://blog.csdn.net/chdhust/article/details/7951576 如何在C语言中调用shell命令 在linux操作系统中,很多shell命令使用起来非常简单,这些shell命令的程序实现已经被底层实现好.有时候需要在程序中调用shell命令,这样可以就不用在控制台上手动输入shell命令了,下面就以三个函数为例来讲解如何在C语言中调用shell命令. 1.system(执行shell 命令) 相关函数 fork,execve,waitpid,po

#!/usr/bin/python是告诉操作系统执行这个脚本的时候,调用/usr/bin下的python解释器: #!/usr/bin/env python这种用法是为了防止操作系统用户没有将python装在默认的/usr/bin路径里. python调用shell命令的方法有许多 1.1   os.system(command)        在一个子shell中运行command命令,并返回command命令执行完毕后的退出状态.这实际上是使用C标准库函数system()实现的.这个函数在执

在python程序中调用shell命令,是件很酷且常用的事情…… 1. os.system(command) 此函数会启动子进程,在子进程中执行command,并返回command命令执行完毕后的退出状态,如果command有执行内容,会在标准输出显示.这实际上是使用C标准库函数system()实现的. 缺点:这个函数在执行command命令时需要重新打开一个终端,并且无法保存command命令的执行结果. 实例:os.system('ls -l *') 2. os.popen(command,

最近根据老大要求,将数据进行同步备份,结合第三方提供的工具.第三方服务其实是有python demo的,本想研究下实际的python sdk搞个demo开发的,但是发现有些组建装起来确实头大,而且本公司线上的python版本也确实够低只能另想办法. 最终确定方案如下:利用第三方提供的相关管理工具(当然是Linux下的),通过python调用系统工具(本人对shell在这方面不是特别感冒,当然文本处理除外),然后将脚本输出重定向到日志文件中,方便检查文件上传成功或失败的具体情况处理. 那么就会设计

subprocess模块 根据Python官方文档说明,subprocess模块用于取代上面这些模块.有一个用Python实现的并行ssh工具—mssh,代码很简短,不过很有意思,它在线程中调用subprocess启动子进程来干活. >>> from subprocess import call >>> call(["ls", "-l"]) subprocess与system相比的优势是它更灵活(你可以得到标准输出,标准错误,“真

1.system(执行shell 命令) 相关函数 fork,execve,waitpid,popen表头文件 #include<stdlib.h>定义函数 int system(const char * string);函数说明 system()会调用fork()产生子进程,由子进程来调用/bin/sh-cstring来执行参数string字符串所代表的命令,此命令执行完后随即返回原调用的进程.在调用system()期间SIGCHLD 信号会被暂时搁置,SIGINT和SIGQUIT 信号则会

本文档介绍的是在 linux 系统环境下 linux-C 调用 shell 命令实验步骤,和文档压缩包一起的“iTOP-开发板-MiniLinux-SHELL_V1.0.zip”是 c 程序源码.Linux 系统的 shell 作为操作系统的外壳,为用户提供使用操作系统的接口.它是命令语言.命令解释程序及程序设计语言的统称,它解释由用户输入的命令并且把它们送到内核.如下图所示,解压“iTOP-开发板-MiniLinux-SHELL_V1.0.zip”,将解压后文件内的shellls.c 使用 S

linux系统下进入python交互式环境: 一.os 模块 1.1.os模块的exec方法簇: python交互界面中: In [1]: import os In [2]: os.exec os.execl os.execlp os.execv os.execvp os.execle os.execlpe os.execve os.execvpe In [2]: os.execl? Type: function String form: <function execl at 0xb73673e

近日项目中有这样一个需求:系统中的外币资金调度完成以后,要将调度信息生成一个Txt文件,然后将这个Txt文件发送到另外一个系统(Kondor)中.生成文件自然使用OutputStreamWirter了,发送文件有两种方式,一种是用写个一个类似于FTP功能的程序,另外一种就是使用Java来调用Shell,在Shell中完成文件的发送操作.我们选择后一种,即当完成外币资金的调度工作后,用Java的OutputStreamWriter来生成一个Txt文件,然后用Java来调用Shell脚本,在Shel

preface: 忙于近期的任务,须要用到libsvm的一些命令.如在终端执行java svm_train train_file model_file. pythonsubset.py file train_num train_file test_file等命令.但file的准备又是通过python写好的.file须要是libsvm可以接受的格式.故用python写好特征.转为libsvm可以接受的格式.生成file,然后在终端调用训练.故想着直接在python代码里面直接执行终端的命令.博友博

本文转自:http://www.jb51.net/article/37404.htm 1.system(执行shell 命令)相关函数 fork,execve,waitpid,popen表头文件 #include<stdlib.h>定义函数 int system(const char * string);函数说明 system()会调用fork()产生子进程,由子进程来调用/bin/sh-cstring来执行参数string字符串所代表的命令,此命令执行完后随即返回原调用的进程.在调用syst

前言 说明的是,本博文,是在以下的博文基础上,立足于它们,致力于我的大数据领域! http://kongcodecenter.iteye.com/blog/1231177 http://blog.csdn.net/u010376788/article/details/51337312 http://blog.csdn.net/arkblue/article/details/7897396 第一种:普通做法 首先,编号写WordCount.scala程序. 然后,打成jar包,命名为WC.jar.

在Python中,调用:subprocess.Popen(cmd, stdout = PIPE, stderr = PIPE, shell= true)的时候,如果调用的shell命令本身在执行之后会突然出现很多输出,则这个时候可能会导致hang在那里,表现就是卡死了,程序也不往下走,也不会报错... 原因就是: PIPE本身可容纳的量比较小,所以程序会卡死,所以一大堆内容输出过来的时候,会导致PIPE不足够处理这些内容,因此需要将输出内容定位到其他地方,例如临时文件等,所以.需要将subpro

from:awk 调用 shell 命令的两种方法:system 与 print shell 向awk传递命令,这样使用即可: awk -v  ...  但反过来呢?awk调用外部命令,同时也传参呢? awk 中使用的 shell 命令,有 2 种方法: 一.使用所以 system() awk 程序中我们可以使用 system() 函数去调用 shell 命令如:awk 'BEGIN{system("echo abc")}' fileecho abc 就会做为 “命令行”,由 shel

记录 python 调用 shell 命令的方法 加载 os 模块, 使用 os 类 import os; os.system("ls /");