snakemake是一个用来编写任务流程的工具,用python编写的,因此其执行的流程脚本也比较通俗易懂,易于理解. 一.从一个简单的例子开始 1.安装snakemake 安装snakemake的方法有多种,snakemake官方推荐的是conda,安装方法如下: conda install -c bioconda snakemake 2.一个简单的snakemake脚本 虽然snakemake广泛的应用于生物信息方面的流程编写,但是snakemake的应用并不局限于编写生物信息学的流程,这里以

查询所有的pid并杀死. jps -l | grep bdcsc2-native-demo | awk '{print $1}' | xargs kill -9 KISS:keep it short and simple! 1. 符号:` ` 名称:反引号,上分隔符 位置:反引号(`)这个字符一般在键盘的左上角,数字1的左边,不要将其同单引号(’)混淆 作用:反引号括起来的字符串被shell解释为命令行,在执行时,shell首先执行该命令行,并以它的标准输出结果取代整个反引号(包括两个反引号)部

镇场诗:---大梦谁觉,水月中建博客.百千磨难,才知世事无常.---今持佛语,技术无量愿学.愿尽所学,铸一良心博客.------------------------------------------ 1 base code use master drop database helloworld --创建一个数据库 create database helloworld --用helloworld1这个数据库 use helloworld --创建一个表格FoJiaTeacher create t

宏                                                      说明 $(ConfigurationName)            当前项目配置的名称(例如,“Debug|Any CPU”). $(OutDir)                              输出文件目录的路径,相对于项目目录.这解析为“输出目录”属性的值.它包括尾部的反斜杠“\”. $(DevEnvDir)                         Visual

宏 说明 $(ConfigurationName) 当前项目配置的名称(例如,“Debug|Any CPU”). $(OutDir) 输出文件目录的路径,相对于项目目录.这解析为“输出目录”属性的值.它包括尾部的反斜杠“\”. $(DevEnvDir) Visual Studio 2005 的安装目录(定义为驱动器 + 路径):包括尾部的反斜杠“\”. $(PlatformName) 当前目标平台的名称.例如“AnyCPU”. $(ProjectDir) 项目的目录(定义为驱动器 + 路径):包

在shell脚本中使用三类命令: unix命令 概念:管道.重定向.backtick 流程控制 1 unix命令 echo "some text":在屏幕上输出信息 ls:文件列表 wc -l file wc -w file wc -c file:计算文件的行数(line).单词数(word).字符数(character). cp sourcefile destfile:文件拷贝 mv oldname newname:重命名文件或移动文件 rm file:删除文件 grep 'patt

Linux 在一个命令行上执行多个命令 1. [ ; ] 如果被分号(;)所分隔的命令会连续的执行下去,就算是错误的命令也会继续执行后面的命令. 2. [ && ] 如果命令被 && 所分隔,那么命令也会一直执行下去,但是中间有错误的命令存在就不会执行后面的命令,没错就直行至完为止. 3. [ || ] 如果每个命令被双竖线 || 所分隔,那么一遇到可以执行成功的命令就会停止执行后面的命令,而不管后面的命令是否正确与否.如果执行到错误的命令就是继续执行后一个命令,一直执行到

对于单个命令执行我想大多数人都是明了的,也就是在一个命令行上执行一条命令.那对于在一行上执行多个命令怎么办呢,其实也很简单,只需在各命令之间加上特殊命令符号,我们常规使用到的有3个特殊命令符号. 1. [ ; ] 如果被分号(;)所分隔的命令会连续的执行下去,就算是错误的命令也会继续执行后面的命令. [root@localhost etc]# lld ; echo "ok" ; lok -bash: lld: command not found ok -bash: lok: comma

前一个activity跳转到后一个activity设置code: Intent intent=new Intent(MainActivity.this,ActivityTwo.class); startActivityForResult(intent,0x123); 重写前一个activity的onActivityResult方法: @Override protected void onActivityResult(int requestCode,int resultCode,Intent da

很多情况下,我们需要保存程序/命令的输出到本地,常用的一种方法是重定向,这也是一种很好的方法.但有个问题,如果你想要做后续操作,比如要统计输出的行数等,重定向就有困难了. 这时候,tee 命令就派上用场啦~ tee 语法格式: $ tee [OPTIONS] [FILE] 这个命令有 4 个主要选项,配合这些选项可以将结果存储在一个或者多个文件中.4 个选项介绍如下: Options: Name Description -a or –append 用于在现有文件的末尾追加写入数据 -i or –

Linux下find命令在目录结构中搜索文件,并执行指定的操作.Linux下find命令提供了相当多的查找条件,功能很强大.由于find具有强大的功能,所以它的选项也很多,其中大部分选项都值得我们花时间来了解一下.即使系统中含有网络文件系统( NFS),find命令在该文件系统中同样有效,只你具有相应的权限. 在运行一个非常消耗资源的find命令时,很多人都倾向于把它放在后台执行,因为遍历一个大的文件系统可能会花费很长的时间(这里是指30G字节以上的文件系统). 1．命令格式: find pat

200 ? "200px" : this.width)!important;} --> 介绍 我们可以利用管道将一个命令的“标准输出”作为另一个命令的“标准输入”:但是这里的标准输出都是数据流,但是某些命令的输入只接收参数命令不接收数据流,那么这种一般的方法就无法实现,这里就需要借助xargs命令.xargs可以将数据流转换成命令参数作为标准输入的参数,接下来就来详细了解xargs的用法. 多行转换 [root@localhost test]# cat test 在当前的test

Linux下find命令在目录结构中搜索文件,并执行指定的操作.Linux下find命令提供了相当多的查找条件,功能很强大.由于find具有强大的功能,所以它的选项也很多,其中大部分选项都值得我们花时间来了解一下.即使系统中含有网络文件系统( NFS),find命令在该文件系统中同样有效,只你具有相应的权限. 在运行一个非常消耗资源的find命令时,很多人都倾向于把它放在后台执行,因为遍历一个大的文件系统可能会花费很长的时间(这里是指30G字节以上的文件系统). 1．命令格式: find pat

Linux 下find命令在目录结构中搜索文件,并执行指定的操作.Linux下find命令提供了相当多的查找条件,功能很强大.由于find具有强大的功能,所 以它的选项也很多,其中大部分选项都值得我们花时间来了解一下.即使系统中含有网络文件系统( NFS),find命令在该文件系统中同样有效,只你具有 相应的权限. 在运行一个非常消耗资源的find命令时,很多人都倾向于把它放在后台执行,因为遍历一个大的文件系统可能会花费很长的时间(这里是指 30G字节以上的文件系统). 1．命令格式: find

原文网址:http://www.cnblogs.com/peida/archive/2012/11/13/2767374.html Linux下find命令在目录结构中搜索文件,并执行指定的操作.Linux下find命令提供了相当多的查找条件,功能很强大.由于find具有强大的功能,所以它的选项也很多,其中大部分选项都值得我们花时间来了解一下.即使系统中含有网络文件系统( NFS),find命令在该文件系统中同样有效,只你具有相应的权限. 在运行一个非常消耗资源的find命令时,很多人都倾向于把

1．命令格式: find pathname -options [-print -exec -ok ...] 2．命令功能: 用于在文件树种查找文件,并作出相应的处理 3．命令参数: pathname: find命令所查找的目录路径.例如用.来表示当前目录,用/来表示系统根目录. -print: find命令将匹配的文件输出到标准输出. -exec: find命令对匹配的文件执行该参数所给出的shell命令.相应命令的形式为'command' {  } \;,注意{   }和\:之间的空格. -o

namespace test4 {/* 4．写一个控制台应用程序,接收一个长度大于3的字符串,完成下列功能: 1)输出字符串的长度. 2)输出字符串中第一个出现字母a的位置. 3)在字符串的第3个字符后面插入子串"hello",输出新字符串. 4)将字符串"hello"替换为"me",输出新字符串. 5)以字符"m"为分隔符,将字符串分离,并输出分离后的字符串. */ class Program { static void M

package com.llh.demo; import java.util.Scanner; /** * * @author llh * */ public class Test { /* * 将任意一个十进制数数字转换为二进制形式,并输出转换后的结果(使用数组存储) */ public static void main(String[] args) { Scanner sc = new Scanner(System.in); System.out.println("请输入一个十进制数:&qu

1.当前日期 select DATE_SUB(curdate(),INTERVAL 0 DAY) ; 2.明天日期select DATE_SUB(curdate(),INTERVAL -1 DAY) ; 3.昨天日期 select DATE_SUB(curdate(),INTERVAL 1 DAY); 4.前一个小时时间 select date_sub(now(), interval 1 hour); 5.后一个小时时间 select date_sub(now(), interval -1 ho

一个命令的输出可以作为下一个命令的输入,下一个命令的输出又会传递给下一个命令 我们通常使用管道和子shell的方法来组合多个命令的输出 格式 $ cmd1 |cmd2 | cmd3 这里的3个组合命令,cmd1的输出传递给cmd2,cmd2的输出传递给cmd3,最终出现在显示器或者文件中 示例 1.组合命令 Linux:/usr/local/sbin # ls |tail  >out1.txt Linux:/usr/local/sbin # cat out1.txt first.sh input

Shell 命令行 从日志文件中根据将符合内容的日志输出到另一个文件 前面我写了一篇博文Shell 从日志文件中选择时间段内的日志输出到另一个文件,利用循环实现了我想要实现的内容. 但是用这个脚本的同事很郁闷,因为执行时间比较长,越大的文件越长.于是找我,问我能不能实现一个更快的方案. 我想了一下,觉得之前的设计是脱裤子放屁,明明有更加简单的实现方法. 想办法获得我要截取的内容的开始的行号,然后再想办法获得我想截取的文件的结尾的行号,然后用两个行号来进行截断文件并输出.就可以实现这个效果了. 不