SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一, 安装: 首先在家目录下, 下载安装包 wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/s

HashMap,ArrayMap,SparseArray源码分析及性能对比 jjlanbupt 关注 2016.06.03 20:19* 字数 2165 阅读 7967评论 13喜欢 43 ArrayMap及SparseArray是android的系统API,是专门为移动设备而定制的.用于在一定情况下取代HashMap而达到节省内存的目的. 一.源码分析(由于篇幅限制,源码分析部分会放在单独的文章中)二.实现原理及数据结构对比 三.性能测试对比四.总结 一.源码分析稍后会在下一篇文章中补充(都写

文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇文献,解读这篇文献对我们使用RNAseq

图表 1 Thermal框架 随着SoC性能的快速提升,功耗也极大提高,带来的负面影响是SoC的温度提高很快,甚至有可能造成物理损坏.同时功耗浪费也降低了电池寿命. 从上图可知,Thermal框架可以分为Thermal Core.Thermal Governor.Thermal Cooling.Thermal Driver以及Thermal Device Tree五大部分. Thermal Core作为User Space和Kernel的接口,同时也是Thermal框架的中枢.Thermal D

在给客户的应用程序维护的过程中,我注意到在高负载下的一些性能问题.理论上,增加对应用程序的负载会使性能等比率的下降.然而,我认为性能下降的比率远远高于负载的增加.我也发现,性能可以通过改变应用程序的逻辑来提升,甚至达到极限.为了更详细的了解这一点,我们需要做一些性能分析... 在给客户进行应用程序维护的过程中,我注意到一些关于高负载条件下的性能问题.理论上,增加对应用程序的负载会使性能有所下降,但是我认为性能下降的比率远远高于负载的增加,同时我也发现,性能可以通过改变应用程序的逻辑来提升.为了更

1.synchronized加同步格式: synchronized(需要一个任意的对象(锁)){ 代码块中放操作共享数据的代码. } synchromized缺陷synchronized是java中的一个关键字,也就是说是java语言的内置的特性. 如果一个代码块被synchronized修饰,当一个线程获取了对应的锁,并执行代码块时,其他线程只能一直等待,等待获取锁的线程释放锁,而这里获取锁的线程释放锁只会有两种情况: (1)获取锁的线程执行完了改代码块,然后线程释放对锁的占有 (2)线程执行

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

https://www.cnblogs.com/bradleon/p/6827109.html 文章里写得非常好,需详细看.尤其是arima的举例! 可以看到:ARIMA本质上是error和t-?时刻数据差分的线性模型!!! ARIMA模型全称为自回归积分滑动平均模型(Autoregressive Integrated Moving Average Model,简记ARIMA),是由博克思(Box)和詹金斯(Jenkins)于70年代初提出一著名时间序列(Time-series Approach

Illumina的SNP芯片原理 Illumina的SNP生物芯片的优势在于: 第1,它的检测通量很大,一次可以检测几十万到几百万个SNP位点 第2,它的检测准确性很高,它的准确性可以达到99.9%以上 第3,它的检测的费用相对低廉,大约一个90万位点的芯片(每个样本的)检测费用在一.两千人民币 Illumina的生物芯片系统,主要是由:芯片.扫描仪.和分析软件组成. Illumina的生物芯片,由2部分组成:第1是玻璃基片,第2是微珠. 这个玻璃基片,它的大小和一张普通的载玻片差不多大小,它起

简介 MetaQ是一款高性能的消息中间件,经过几年的发展,已经非常成熟稳定,历经多年双11的零点峰值压测,表现堪称完美. MetaQ当前最新最稳定的稳本是3.x系统,MetaQ 3.x重新设计和实现,比之前的版本更优秀.虽然MetaQ借鉴了linkedin 的消息中间件kafak思想,但已经是青出于蓝而胜于蓝. 本文不对MetaQ做全面的介绍,只选择高性能这点来分析. 性能测试对比图 以上测试图片,来自消息测中间件试团队 @以夕 妹子的性能测试结果 核心功能 MetaQ作为一款消息中间件,消息中

对于Android这种手持设备来说,通常不会带有太大的内存,而且一般用户都是长时间不重启手机,所以编写程序的时候必须要非常小心的使用内存,尽量避免有内存泄露的问题出现.通常分析程序中潜在内存泄露的问题是一件很有难度的工作,一般都是由团队中的资深工程师负责,而且随着程序代码量的提高,难度还会逐步加大. 今天要介绍一个在Eclipse中使用的内存分析工具——MAT(Eclipse Memory Analyzer,主页在http://www.eclipse.org/mat/).它是一个功能非常丰富的J

近几天在性能测试过程中,发现loadrunner Controller经常报 Server “**” has shut down the connection prematurely .概率很高,现象很奇怪.网上有很多说法,各有不同,但貌似都不正确,只能靠自己追踪.根据经验仔细分析,发现可能跟下列因素有关: (1)loadrunner客户端服务器网卡资源不足: (2)tcp/ip或者http connection keepalive连接超时时间设置太长,造成无连接可用: (3)应用服务端有问题.

我将从成本分析.制程分析.用户体验三个方面来回答楼主的问题.GFF的触摸屏从字面上翻译过来,就是一层玻璃cover,两层film构成的触摸屏.其中,玻璃cover作为整个手机的coverlens,从外部保护设备,而两层film是作为ITOsensor来实现触控的.OGS是将手机的ITOsensor直接和coverlens整合到一起,一个玻璃就完成了所有的设计. 所以从成本分析上,我个人认为少了两层ITO film,OGS的物料成本会略低于GF,但ITO-film的成本也不贵,我暂且认为这两种触摸

一.内存划分 将内存划分为六大部分,分别是PC寄存器.JAVA虚拟机栈.JAVA堆.方法区.运行时常量池以及本地方法栈. 1.PC寄存器(线程独有):全称是程序计数寄存器,它记载着每一个线程当前运行的JAVA方法的地址, 如果是当前执行的是本地方法,则程序计数器会是一个空地址.它的作用就是用来支持多线程,线程的阻塞.恢复. 挂起等一系列操作,直观的想象一下,要是没有记住每个线程当前运行的位置,又如何恢复呢.依据这一点, 每一个线程都有一个PC寄存器,也就是说PC寄存器是线程独有的. 2.JAVA

1.什么是AWStats AWStats是一款功能强大且功能强大的免费工具,可以图形方式生成高级Web,流媒体,ftp或邮件服务器统计信息.此日志分析器用作CGI或命令行, 并在几个图形网页中显示您的日志包含的所有可能信息. 它使用部分信息文件来经常快速地处理大型日志文件.它可以分析来自所有主要服务器工具的日志文件,如Apache日志文件(NCSA组合/ XLF / ELF日志格式或通用/ CLF日志格式),WebStar,IIS(W3C日志格式)以及许多其他Web,代理,wap,流服务器,邮件

一 :概述 ELF全称Executable and Linkable Format,可执行连接格式,ELF格式的文件用于存储Linux程序.ELF文件(目标文件)格式主要三种: (1)可重定向文件:文件保存着代码和适当的数据,用来和其他的目标文件一起来创建一个可执行文件或者是一个共享目标文件. (目标文件或者静态库文件,即linux通常后缀为.a和.o的文件) (2)可执行文件:文件保存着一个用来执行的程序.(例如bash,gcc等) (3)共享目标文件:共享库.文件保存着代码和合适的数据,用来

本篇文章内容来自2016年TOP100summitWalmartLabs实验室广告平台首席工程师.架构师粟迪夫的案例分享. 编辑:Cynthia 粟迪夫:WalmartLabs实验室广告平台首席工程师.架构师 在大数据平台架构设计.消息中间件.分布式系统等领域有丰富经验. 作为技术负责人,帮助多家企业搭建了大数据平台和分布式系统. 目前主导WMX大数据平台.广告效益分析系统和实时数据管道的开发. 导读:作为世界上最大的商品零售商,沃尔玛每天都投放大量的广告.产生大量的商品交易,生成大量数据,需要

一.引言: 中文分词一直是自然语言处理的一个痛处,早在08年的时候,就曾经有项目涉及到相关的应用(Lunce构建全文搜索引擎),那时的痛,没想到5年后的今天依然存在,切分效果.扩展支持.业务应用等方面依然不甚理想.收费的版本不提了,原因自不必言表,开源版本中,发现之前曾经活跃的版本,大多已经没落(好几年没更新了),存活下来的寥寥无几.我是一个守旧的人,评估版本的选择有些保守,至少目前为止,只看1.0正式版本之后的版本,0.XX的不在考虑范围之内,用了一个周末的时间,对比了十多款的样子,个人感觉源

MySQL到Greenplum迁移分析 1 数据类型对比   MySQL PostgreSQL comments 数值类型 TINYINT SMALLINT gp中无zerofill属性及unsigned类型,所以为了数据不越界需使用大一精度的数据类型匹配 SMALLINT SMALLINT MEDIUMINT INTEGER INT|INTEGER INTEGER BIGINT BIGINT TINYINT UNSIGNED SMALLINT SMALLINT UNSIGNED INTEGER

缓冲器溢出攻击实验题目: 下边的代码摘自<黑客攻防技术宝典——系统实战篇(第 2 版)>2.5 节,攻击该代码,获得root 权限,实现相应的效果. strcpy(little_array,argv[ } 实验步骤: 1) 首 先 确 保 系 统 禁 用 了 ASLR ( Address space layout randomization ). cat /proc/sys/kernel/randomize_va_space 2) 利用 find_start 函数可以找出 ESP 的地址. #