本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤.如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling,那么可以考虑下面的标准 QD< 2.0 || FS> 60.0 || MQ< 40.0 || MQRankSum <−12.5 || ReadPosRankSum <−8.0 QUAL<30.0||QD<2.0||FS

当表格记录比较多时,常常会有重复数据,而重复记录往往只希望保存一条,因此需要把多余的删除:在 Excel 中,删除重复数据有两种方法,一种是用"删除重复数据"删除,另一种是用"高级筛选"删除:其中前者删除重复数据后会在表格末尾留下空行,而后者不会.如果只想查看重复数据而不必删除,可以给重复数据标记颜色突出显示,这样会一目了然.另外,还可以用公式统计每条重复数据有几条或筛选出重复数据.以下是Excel删除重复数据及用公式筛选重复项并标记颜色的具体操作方法,操作中所用版

哈代-温伯格平衡定律(Hardy-Weinberg equilibrium),即HW平衡,是指对于一个大且随机交配的种群,基因频率和基因型频率在没有迁移.突变和选择的条件下会保持不变. 它是建立在一个理想的群体模式上的,有四个假设前提:1.群体无限大:2.随机婚配:3.没有突变:4.没有大规模迁移和选择因素的影响.其结论是群体中的基因频率和基因型频率在逐代传递中保持不变. 实际上这种理想群体的条件不可能完全满足,但经过数学推导,在一个群体中,基因频率和基因型频率在每一代都是恒定的,即使未达到平衡

在exce中删除空行和空列的方法有很多,相对而言删除空行较为简单,只需进行筛选,将空白行筛选出来,删除即可,但要删除空列比较困难.因为你不能按列进行筛选删除.Excel中没有这个功能.当然你可以用另外一种方法,就是按列进行排序将空白列排序在一起,然后删除,但这种方法面临着列的顺序被打乱的问题,吃力不讨好.本文将利用Excel中强大VBA功能来完成. 假设要删除如下图中的空白行或空白列: 文件->选项->自定义功能区->主选项卡->开发工具 插入按钮 表单控件或者ActiveX控件都

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据: --ld rs123 rs134: R-sq = 0.0313386       D' = 1 Haplotype Frequency Expectation under LE --------- --------- -------------------- TG 0 0.022549 CG 0

随着数据量的增长,需要扩容满足使用.今天测试下glusterfs磁盘扩容的具体步骤 1.扩容 之前用的2台计算机的分布式复制卷.需要同时之两个服务器增加一块磁盘并格式化,挂载并扩容 热添加磁盘 echo "- - -" >/sys/class/scsi_host/host0/scan echo "- - -" >/sys/class/scsi_host/host1/scan echo "- - -" >/sys/class/sc

例:假设员工表中有若干记录重复,请删除重复的记录(某企业面试题) ------模拟建表 create table employee( e_id varchar2(20) primary key, e_name varchar2(50) not null, e_sex char(2) check(e_sex in('男','女')), e_age integer ) insert into employee values('e001','Frank_Lei','男',20); insert int

本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图. 本文使用自己的数据,因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易,但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”,我替你们趟了... 一 载入R包 数据 数据为内置CEUData保存后,进行了“细微”的处理(去掉SNP碱基之间的“/”),这种基因型文件很常见: library("LDheatmap

目录 简介 AVL的特性 AVL的构建 AVL的搜索 AVL的插入 AVL的删除 简介 平衡二叉搜索树是一种特殊的二叉搜索树.为什么会有平衡二叉搜索树呢? 考虑一下二叉搜索树的特殊情况,如果一个二叉搜索树所有的节点都是右节点,那么这个二叉搜索树将会退化成为链表.从而导致搜索的时间复杂度变为O(n),其中n是二叉搜索树的节点个数. 而平衡二叉搜索树正是为了解决这个问题而产生的,它通过限制树的高度,从而将时间复杂度降低为O(logn). AVL的特性 在讨论AVL的特性之前,我们先介绍一个概念叫做平

django是基于python的一个web框架,大致结构如下: 在pycharm,python2.7,django1.8,mysql都装好的情况下,现在开始django的初试: 一.基础启动django项目: 1.打开pycharm新建一个django的project,有的pycharm没有创建django的选项,则打开pycharm下面的控制台,进入想要创建项目的根目录下,输入django-admin.py startproject firstSite(firstSite为你自己创建的文件名)

原文地址 https://www.cnblogs.com/younShieh/p/10945264.html     前几天在刷即刻的时候发现了一个GitHub上的项目,该项目名为“learn x in y minutes”,这个名称就很简明扼要——“y分钟学习xxx”,一看就很牛.对于这种大神级别的人物我是非常憧憬的,怀着欣喜和敬畏的心态,点下了star,然后我就把网页关了...不要问我为什么不趁热学习一下,毕竟众所周知,收藏就等于学会了嘛.     n天后的今天,我终于想起来有这么一个伟大的

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C#代码基础语法 对新手的帮助很大,可以尝试多看看然后在敲敲 // 单行注释以 // 开始 /* 多行注释是这样的 */ /// <summary> /// XML文档注释 /// </summary> // 声明应用用到的命名空间 using System; using System.Collections.Generic; using System.Data.Entity; using System.Dynamic; using System.IO; using System.

原理 GWAS 的主要方法学依据是归纳法中的共变法,是探究复杂因果关系最主要的科学思维和方法.所谓共变法,是通过考察被研究现象发生变化的若干场合中,确定是否只有一个情况发生相应变化,如果是,那么这个发生了相应变化的情况与被研究现象之间存在因果联系.GWAS是利用连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)的原理来识别分子标记(SNP.InDel.CNV)与目标性状之间相关性的分析方法. 需要理解什么是连锁不平衡. 连锁平衡:不同基因座上的等位基因随机组合,不同基因座的等位基因

前言 数据库的查询执行,毋庸置疑是程序员必备技能之一,然而数据库查询执行的过程绚烂多彩,却是很少被人了解,今天哥哥要带你装逼带你飞,深入一下这sql查询的来龙去脉,为查询的性能优化处理打个基础,或许面试你也会遇到,预防不跪还是看看吧. 这篇博客,摒弃查询优化性能,作为其基础,只针对查询流程讲解剖析. 本片博客阐述的过程为 1.上一个标识过的sql语句,展示查询执行的流程 2.上一个流程图 3.做一个例子逐步深入分析,帮助理解 4.做一个装逼的总结 sql查询语句的处理步骤,代码清单 --查询组合

js语法技巧:if(a>=5)  alert();  可以改写成下边语句:  a>=5&&alert(); 在下文中会用到这种写法 // for循环删除后面重复的 速度最快,可用倒序计算可加快速度 var uniqueFor = function(arr) { for (var i = 0; i < arr.length - 1; i++) { var item = arr[i]; for(var j = i+1; j < arr.length; j++ ) { i

注意:笔者经过实验和查阅资料,已在原作基础上做了部分更改.更改不代表原作观点,查看原作请点击下方链接. 原文出处: 作者:张龙豪 链接:http://www.cnblogs.com/knowledgesea/p/4177830.html 前言 数据库的查询执行,毋庸置疑是程序员必备技能之一,然而数据库查询执行的过程绚烂多彩,却是很少被人了解,今天哥哥要带你装逼带你飞,深入一下这sql查询的来龙去脉,为查询的性能优化处理打个基础,或许面试你也会遇到,预防不跪还是看看吧. 这篇博客,摒弃查询优化性能

英文名:Genetic architecture of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum 中文名:疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析 期刊:Nature Genetics影响因子:29.352一.研究背景以青蒿素为主的联合疗法一直以来都是治疗疟疾的有效方法,值得关注的是横跨亚洲到非洲都出现了对一线药物的抗药性.阻止出现更高水平的抗药性以及阻止抗药性扩散到非洲刻不容缓.为了更好同抗药性进行斗争,了解遗传因素在抗药性的混合和传播中的作用非常重要

006年的OSDI有两篇google的论文,分别是BigTable和Chubby.Chubby是一个分布式锁服务,基于Paxos算法:BigTable是一个用于管理结构化数据的分布式存储系统,构建在GFS.Chubby.SSTable等google技术之上.相当多的google应用使用了BigTable,比如Google Earth和Google Analytics,因此它和GFS.MapReduce并称为谷歌技术"三宝". 与GFS和MapReduce的论文相比,我觉得BigTabl

近来公司redmine服务器表现很糟糕,在16核,64GRAM的机器上,压测结果竟然只有每秒5~7个请求,部分页面一个都出不来. 以下是我对Redmine性能优化方案: redmine服务器性能问题排查与优化建议:   以下建议的方案是基于redmine运行期的log文件中的render耗时.activerecord耗时,linux系统性能指标采样与 mysql 性能指标采样分析,以及redmine在不同web server下的benchmark而得:   一. 问题排查与定量分析 通过分析re

[1]为什么需要平衡二叉树? 矛盾是推进事物向前发展的源动力. 那么平衡二叉树是从哪里来?肯定是有矛盾存在的.请看程来师的分析: [2]什么是平衡二叉树? 平衡二叉树的基本认识: [3]平衡二叉树的构建原理 平衡二叉树的形成肯定是有一定规律可循的,那么平衡二叉树的“生长”原理是什么呢? 请看程老师下面的构建示例以及详细讲解: 关于平衡二叉树的旋转分为以下四种情况: [4]平衡二叉树的实现 平衡二叉树的实现代码如下: #include <iostream> using namespace std