这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

有很多概念需要明确区分: 人有23对染色体,其中22对常染色体autosome,另外一对为性染色体sex chromosome,XX为女,XY为男. 染色体区带命名:在标示一特定的带时需要包括4项:①染色体号:②臂的符号:③区号:④在该区内的带号. 1p22表示为1号染色体短臂2区2带. 等位基因其实是一个集合,在同一个locus出现得基因型互为等位基因.Aa不能叫等位基因,正确的逻辑是:A和a是一组等位基因.由等位基因可以定义纯合和杂合. 二倍体与多倍体细胞的某些染色体上,在同一基因座上有相同

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一.安装 1 wget http://sourceforge.net/projec

1. 准备文件: ref.fa ref.gtf或者gff3,最好是gtf3,可将gff3转化为gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGene.txt (软件来自http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/) gtfToGenePred.dms -genePredExt  ref.gtf SP_refGene.txt &

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面

Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进化速度上的差异(因为编码蛋白质基因和早期进化基因的发现)). Sequencing 需要以下两种策略叠加: 1.Pooled genome sequence strategies :测同一物种的不同个体,不同个体叠加. 2.representative genome assembly approac

SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一, 安装: 首先在家目录下, 下载安装包 wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/s

前面了解了jdk容器中的两种List,回忆一下怎么从list中取值(也就是做查询),是通过index索引位置对不对,由于存入list的元素时安装插入顺序存储的,所以index索引也就是插入的次序. Map呢是这样一种容器,它可以存储两个元素键和值,根据键这个关键字可以明确且唯一的查出一个值,这个过程很像查字典,考虑一下使用什么样的数据结构才能实现这种效果呢?   1.自己实现一个Map        先来看一下jdk中map的定义:      public interface Map<K,V>

由于之前一直在看directx11龙书学习,因此sdk一直用的Microsoft DirectX SDK (June 2010) 版本,最近在stackoverflow上问dx11相关问题时,一直被大神吐槽为何还用已经废弃的directx sdk,由于directx sdk现在已经和windows sdk合并到一起了,只能去下windows sdk了.为了方便索性直接换了vs 2015社区版,里面自带了(windows sdk),既然sdk换了最新的,effect框架也要换最新的啊(Effect

  转:http://blog.csdn.net/leonwei/article/details/8212800 effect其实整合了shader和render state的控制两大部分内容 9.1 effect文件基本框架 part1 :shader state包括全局变量 shader数据结构定义,shader的实现 part2 :texture and sampler state,这个通常是全局变量,用于shader中,通常要定义在shader的实现之前 part3 其他的render

1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq > test_2.sai bwa sampe ref.fa -r "@RG\tID:<ID>\tLB:<LIBRARY_NAME>\tSM:<SAMPLE_NAME>\tPL:ILLUMINA" test_1.sai test_2.sai test_1

今天想把玩一下tp5,结果怎么都无法访问,每次都是报500错误,我把错误提示都打开看到下面的错误 require(): open_basedir restriction in effect. File(/mnt/hgfs/root/tp5/thinkphp/start.php) is not within the allowed path(s): (/mnt/hgfs/root/tp5/public/:/tmp/:/proc/) 1,我是php7 ,php.ini里面的open_basedir

在linux服务器部署thinkphp5的时候PHP报了这个错误, 如下: Warning: require(): open_basedir restriction in effect. File(/www/wwwroot/zhuyuyun/thinkphp/start.php) is not within the allowed path(s): (/www/wwwroot/zhuyuyun/public/:/tmp/:/proc/) in /www/wwwroot/zhuyuyun/publ

新安装的 lnmp 环境,将项目放上报 require(): open_basedir restriction in effect. File 的错误! 错误日志显示,访问脚本不在 open_basedir的限定目录里面,配置open_basedir 一般会在php.ini 或 nginx 配置文件里面. 发现 fastcgi.conf 中配置了open_basedir $document_root指向的是网站跟目录 /home/www/yii/web,我的项目用的是php2.0 框架需要解析

LNMP 1.4或更高版本如果不想用防跨目录或者修改.user.ini的防跨目录的目录还需要将 /usr/local/nginx/conf/fastcgi.conf 里面的fastcgi_param PHP_ADMIN_VALUE "open_basedir=$document_root/:/tmp/:/proc/"; 在该行行前添加 # 或删除改行,需要重启nginx. 出现此类问题一般为open_basedir的问题(open_basedir的值来设置限制访问的目录或删除来移除防跨

如下: 出现问题的原因: 查看问题描述以及资料,发现是php open_basedir 配置的问题,PHP不能引入其授权目录上级及其以上的文件: 一般情况下是不会出现这种问题的,之所以出现这个问题绝大多数情况是由于服务器的原因,为了安全才做了这样的限制! 解决方法: 我首先要申明的是,下面的方法适合所有报“PHP报:require(): open_basedir restriction in effect”错误的项目,并不仅仅只是适合thinkphp5的人.只要你的PHP报此错误都可以得到解决.

读<Effect Java中文版> 译者序 序 前言 第1章引言 1   第2章创建和销毁对象 4 第1条:考虑用静态工厂方法代替构造函数 4 第2条:使用私有构造函数强化singleton属性 8 第3条:通过私有构造函数强化不可实例化的能力 10 第4条:避免创建重复的对象 11 第5条:消除过期的对象引用 14 第6条:避免使用终结函数 17   第3章对于所有对象都通用的方法 21 第7条:在改写equals的时候请遵守通用约定 21 第8条:改写equals时总是要改写hashCod

最近在研究Echarts的相关案例,毕竟现在大数据比较流行,比较了D3.js.superset等相关的图表插件,还是觉得echarts更简单上手些. 本文是以原生JS为基础,如果使用Vue.js的话,只需把相关配置放到method函数中,或者放在computed属性中,毕竟参数配置都是固定的,换汤不换药,话不多说,先上效果图: 本案例需要引用的JS文件有:echarts.js(echarts官方资源).china.js(中国地图的配置),相关配置文件已打包至Github,如需使用,clone下载

生命组学: 细菌和其他物种比,容易发生基因漂移,duplication和重排. 泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene,研究其调控机制(即通过一维发现特殊三维结构,再利用一维结构解释特殊结构的形成机制eg:基因保守与保守空间结构vs非保守空间结构,同时找两种不同结构的物理位置分布),并向应用上扩展. 重测序与泛基因组的差异在于,重测序是将新测得的genome与referencegenome比较,辨别其中的差异,而泛基因组是将同一个物种中不

报错: [error] 12321#0: *92386 FastCGI sent in stderr: "PHP message: PHP Warning: Unknown: open_basedir restriction in effect. File(XXX) is not within the allowed path(s): (XXX:/tmp/:/proc/) in Unknown on line 0 PHP message: PHP Warning: Unknown: failed