之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一.安装 1 wget http://sourceforge.net/projec

抛出异常 Oracle有三种类型的异常错误: 1． 预定义(Predefined)异常 ORACLE预定义的异常情况大约有24个.对这种异常情况的处理,无需在程序中定义,由ORACLE自动将其引发. 2． 非预定义(Predefined)异常 即其他标准的ORACLE错误.对这种异常情况的处理,需要用户在程序中定义,然后由ORACLE自动将其引发. 3． 用户定义(User_define)异常 程序执行过程中,出现编程人员认为的非正常情况.对这种异常情况的处理,需要用户在程序中定义,然后显式地在

shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute.除此之外,还能提取SNP和样本,同样的,也能去除SNP和样本.下面简单介绍这两个功能. 一.提取SNP 提取SNP用到“--include-snp”参数,具体命令为: time shapeit \ -convert \ --input-haps data.phased \ --output-haps data.phased.subset \ --include-snp include_marker.site 其中,in

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

建立一棵二叉树,每个接单存放单词以及指向一个链表的指针,以及指向左右节点的指针.链表内存放行号以及指向下一个链表节点的指针. 每录入一个单词,先寻找二叉树,再寻找它的链表,分别将单词和行号插入二叉树和链表,这样,每一个单词自然就有一个属于它的行号链表. 最后打印. 代码如下: #include<stdio.h> #include<string.h> #include<ctype.h> #include<stdlib.h> #define MAXWORD 10

目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SNP/INDEL 分析和全基因组比对 遗传图谱构建 转座子(TE)检测和重复序列屏蔽 基因预测和注释 转录因子(TF)鉴定 非编码RNA鉴定 转录组组装和豇豆物种形成分析 抗病基因鉴定 全基因组复制分析 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome seque

参考: Hail Hail - Tutorial  windows也可以安装:Spark在Windows下的环境搭建 spark-2.2.0-bin-hadoop2.7 - Hail依赖的平台,并行处理 google cloud platform - 云平台 Broad's data cluster set-up tool 对Google cloud SDK的一个简单的wrap,方便操作. cloudtools is a small collection of command line tool

SNP问题大集锦 [2017-01-19]       最近小编对基因检测很感兴趣,也跟风去测了一下,这一测不要紧,吓得小编几天没睡着觉,这不,检测报告上称小编的减肥能力弱,虽然小编一家都是胖子,唯有小编一个瘦子,原本以为是基因发生了突变,然并卵,是未到时候...... 难过之后小编恢复了理智,凭什么你说小编减肥能力弱,小编表示不服,仔细读了报告后发现,原来是这些SNP位点搞的鬼,又是SNP! 话说小编最近收到许多关于SNP的问题,现整理如下: 1.什么是SNP? 单核苷酸多态性(single

定义 主要指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA 序列多态性. 在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性.即:在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象. 首先来看看多态性(polymorphism)的英文解释 Polymorphism the quality or state of existing in or assuming different forms: such as: a variation in a

oracle有三种类型的异常错误: 预定义 ( Predefined )错误, 非预定义 ( Predefined )错误, 用户定义(User_define) 错误 预定义 ( Predefined )错误 ORACLE 预定义的异常情况大约有 24 个.对这种异常情况的处理,无需在程序中定义,由 ORACLE 自动 将其引发. 错误号 异常错误信息名称 说明 ORA-0001 Dup_val_on_index 试图破坏一个唯一性限制 ORA-0051 Timeout-on-resource

1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq > test_2.sai bwa sampe ref.fa -r "@RG\tID:<ID>\tLB:<LIBRARY_NAME>\tSM:<SAMPLE_NAME>\tPL:ILLUMINA" test_1.sai test_2.sai test_1

5.1 异常处理概念 5.1.1 预定义的异常处理 5.1.2 非预定义的异常处理 5.1.3 用户自定义的异常处理 5.1.4  用户定义的异常处理 5.2 异常错误传播 5.2.1 在执行部分引发异常错误 5.2.2 在声明部分引发异常错误 5.3 异常错误处理编程 5.4  在 PL/SQL 中使用 SQLCODE, SQLERRM异常处理函数 即使是写得最好的PL/SQL程序也会遇到错误或未预料到的事件.一个优秀的程序都应该能够正确处理各种出错情况,并尽可能从错误中恢复.任何ORACLE

5.1 异常处理概念 5.1.1 预定义的异常处理 5.1.2 非预定义的异常处理 5.1.3 用户自定义的异常处理 5.1.4  用户定义的异常处理 5.2 异常错误传播 5.2.1 在执行部分引发异常错误 5.2.2 在声明部分引发异常错误 5.3 异常错误处理编程 5.4  在 PL/SQL 中使用 SQLCODE, SQLERRM异常处理函数 即使是写得最好的PL/SQL程序也会遇到错误或未预料到的事件.一个优秀的程序都应该能够正确处理各种出错情况,并尽可能从错误中恢复.任何ORACLE

分类: Oracle 5.1 异常处理概念 5.1.1 预定义的异常处理 5.1.2 非预定义的异常处理 5.1.3 用户自定义的异常处理 5.1.4 用户定义的异常处理 5.2 异常错误传播 5.2.1 在执行部分引发异常错误 5.2.2 在声明部分引发异常错误 5.3 异常错误处理编程 5.4 在 PL/SQL 中使用 SQLCODE, SQLERRM异常处理函数 即使是写得最好的PL/SQL程序也会遇到错误或未预料到的事件.一个优秀的程序都应该能够正确处理各种出错情况,并尽可能从错误中恢复

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因

一.概述异常分成三大类:预定义异常.非预定义异常.自定义异常处理方法分为:直接抛出异常.内部块处理异常.游标处理异常 预定义异常:由PL/SQL定义的异常.由于它们已在standard包中预定义了,因此,这些预定义异常可以直接在程序中使用,而不必再定义部分声明. 非预定义异常:用于处理预定义异常所不能处理的Oracle错误. 自定义异常:用户自定义的异常,需要在定义部分声明后才能在可执行部分使用.用户自定义异常对应的错误不一定是Oracle错误,例如它可能是一个数据错误. 三种异常中,预定义与非

一.概述 1.sql语言特点 sql语言采用集合操作方式,对数据的处理是成组进行的,而不是一条一条处理,听过使用集合操作方式,可以家加快数据的处理速度. 执行sql语句时每次只能发送并处理一条语句.如果要降低语句发送和处理次数,可以使用pl/sql 执行sql语句时,用户只需要知道其逻辑含义,而不需要关心sql语句的具体执行步骤 使用sql时,既可以采用交互方式执行,也可以嵌入到高级语言中执行. 2.语言分类 数据查询语言(select语句):用于检索数据库数据.在select语句的功能和语法最

-- 1. 使用一个变量 declare -- Local variables here v_name ); begin -- Test statements here select t.user_name into v_name from pay_mer_order t ; dbms_output.put_line(v_name); end; -- 2. 使用多个变量 declare -- Local variables here v_name ); v_trans_no ); v_app_c

--创建表空间--create tablespace ts_namedatafile 'd:\test\ts_name.dbf' size 100mautoextend on --调整表空间大小--alter database datafile 'd:\test\ts_name.dbf' resize 1m --改变表空间的读写状态--alter tablespace ts_name read onlyalter tablespace ts_name read write --删除表空间--dr

ORACLE PL/SQL编程详解 编程详解 SQL语言只是访问.操作数据库的语言,并不是一种具有流程控制的程序设计语言,而只有程序设计语言才能用于应用软件的开发.PL /SQL是一种高级数据库程序设计语言,该语言专门用于在各种环境下对ORACLE数据库进行访问.由于该语言集成于数据库服务器中,所以PL/SQL代码可以对数据进行快速高效的处理.除此之外,可以在ORACLE数据库的某些客户端工具中,使用PL/SQL语言也是该语言的一个特点.本章的主要内容是讨论引入PL/SQL语言的必要性和该语言的

一.游标 1. 使用游标 要求: 打印出 80 部门的所有的员工的工资: salary: xxx declare --1. 定义游标 cursor salary_cursor is select salary from employees where department_id = 80; v_salary employees.salary%type; begin --2. 打开游标 open salary_cursor; --3. 提取游标 fetch salary_cursor into v