SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法,能组装出类似人类基因组大小的de novo草图. 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads,新的版本减少了在图创建时的内存消耗,解决了contig组装时的重复区域的问题,增加了scaffold组装时的覆盖度和长度,改进了gap closing,更加适用于大型基因组组装. (SOAPdenovo是为了组装大型植物和动物基因组而设计的,同样也适用于组装细菌和真菌,组装大型基因组大小如人类时,可能需要150G内存

背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究全基因组? 确定基因组中缺失了什么:确定难以生化研究的基因和pathways:研究感兴趣的pathway通路中的每一个基因:研究基因组的非编码区域(introns内含子.promoters启动子.telomeres端粒等)的调控机理和结构特征:基因组提供了一个可以进行各种统计的大型数据库(provi

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的

参考:github,   https://github.com/liuxiaochen0625/MyBatis-Spring-Boot-master.git 从controller组装tk.mybatis.mapper.entity.Example 对象,操作起来较为麻烦,不符合我们日常书写习惯,因而改造一下. 调用方法: WhereBuilder builder = new WhereBuilder(UserInfo.class); Example example = builder.and(

缘起: 在组装echart页面的时候,遇到这样一个问题,它是一个需要在循环内层的时候,同时循环外层,在内层循环中就要将外层获取的值存入,导致了一种纠缠状态,费了老劲儿,终于得到如下解决.记录之,绿色为语句功能注释. /** * @desc 获取用户使用网络数据 * @param index_type * @param chatId */ function getNetWorkData(index_type,chatId,start,end) { // 传递三个参数,index_type为数据类型

http://www.365pcbuy.com/article-411.html 特别提示:此文已经于2016年10月12日更新!内容变动较大,请细细品鉴! 如何为客户推荐高性价比机型是我站的重要工作.极速站长-pc小虫从1995年2月安装自己第一台386DX/40电脑以来,21年来一直从事电脑软硬件工作,经历了整个家用电脑的发展历程,接触过上万台不同配置机器,精通各类电脑硬件.精通多种软件.服务器配置,拥有专利产品一项,热心传授知识.2003年pc小虫开办了成都第一个无盘网络培训班,2005年

随笔, 昨天领导让我给一台服务器做系统,本身作为开发的我有一些挑战.而且领导说的事,怎么着也得努努力试试不是? 下午去机房找到服务器本以为仅仅是装个系统完事,而且据我了解服务器本身有系统,以为拿着系统盘放进去双机安装就是了,领导说要做RAID,问我做哪个版本,还好我上午查了查关于做系统的资料,原来共事的同事提起了RAID5,上午查阅了以下相关资料,在领导说的时候毫不犹疑的说了做RAID5~其实我都不知道怎么做,主要是不知道为什么选RAID5 说说自己的特殊情况吧,本身因为BOIS中未关闭PXE

iCore3双核心应用开发平台基于iCore3双核心板,包含ARM.FPGA.7寸液晶屏.双通道数字示波器.任意波发生器.电压表等模块,是一款专为电子爱好者设计的综合性电子学习系统. [视频简介]本视频主要介绍了iCore3与开发平台的扩展板组装和拆卸方法 银杏科技优酷视频发布区: http://i.youku.com/gingko8

package com.xjts.cipher.util;import java.io.File;import java.io.FileWriter;import java.io.IOException;import java.io.StringWriter;import java.util.ArrayList;import java.util.HashMap;import java.util.LinkedHashMap;import java.util.List;import java.uti

使用UDP数据包发送文件时,由于UDP数据包大小的限制,一个文件要放在几个UDP数据包里面发送,这就需要把一个文件分割成若干部分,分别放进若干个UDP数据包里面,在接收端,收到这些UDP数据包以后,再对文件进行组装,从而得到一个完整的文件. 定义的相关变量: // 要分割的文件 public static RandomAccessFile raf_split; // 要合并的文件 public static RandomAccessFile raf_merge; // 文件长度 public s

单分子测序reads(PB)的混合纠错和denovo组装 我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇 原文链接:Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads 简介:PBcR里面有一种自纠算法(PacBioToCA),纠错的核心本质就是多重序列比对,为了加快比对速度使用了MHAP算法(MinHash).三代的错误分布不是完全随机的,不要以为错误是均匀分布的!!! 摘要: PB技术可以

Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing 好好读读,算法系列的好文章! Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing - NATURE BIOTECHNOLOGY marbl/MHAP  - Github MinHash Alignme

组装sql字符串,丢给exec sp_executesql执行 exec sp_executesql N'exec sp_executesql N''select * from TESTTEST.dbo.Employees where Title=@title'', N''@title varchar(30)'', @title=''Employee''' 注意:这里是执行一个带有输入参数的sql语句,用两层exec sp_executesql嵌套实现

PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因组测序应该是PacBio的拿手好戏,因为它这么贵(貌似是二代的10倍),但它的核心优势就是长,还有无偏向性:这在科研上可就立马变成香饽饽了,现在用纯二代技术根本就发不了基因组的文章了,稍微高端点的分析都会用上三代的技术. Fully characterize g

主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集合,我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法. 为了提高计算速度,它有一些后台代码是使用C来实现的,为了方便一些简单的前端是用Python编写的. Falcon不是一个傻瓜的组装工具(除了很小的基因组),为了得到最好的结果,你可能需要了解各种分布式计算系统和一些基本的基因组组装理论.FAQ

Falcon软件的组装流程 为了错误校正,将原始子reads进行overlap 预组装和错误校正 错误校正后reads的overlap检测 overlap的过滤 从overlap构建图 从图构建contigs 几个解释: sub-reads是啥?为什么要进行错误校正?校正的原理是什么?length_cutoff和length_cutoff_pre分别是什么意思,为什么要设置这两个参数? sub-reads就是机器出来的reads经过处理后的子reads,方便软件处理: 因为第三代测序是单分子测序

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装. 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装.long insert library; preprocessed; Overlap-Layout-Consensus algorithm 混合de novo组装.combination of PacBio and short read d

申请了好久的mac mini,部门终于给买下来了.没想到,买回来之后的组装还是折腾了我们一把.  因为先前没用过mac mini,以为它和普通的台式机一样,买回来就能直接到显示器上用了.结果买回来mac mini才发现原来它自带的线不能直接连到普通显示器上,自带的是一根hdmi转dvi-d的线,一头可以插在mac mini的hdmi口上,另外一头按说是该插显示器上的,但dvi-d那头是母口.我们的显示器那边有两个口,一个vga,一个dvi-d,都是母口,所以没办法直接连上.  我先是去附近一个电

自从上一篇文章到现在已经有将近一个月的时间,我将精力放在了前端页面分解与组装,和angularjs如何与jquery.bootstrap.D3等一系列其他类库结合使用的经验总结上.由于公司新招了一些员工,对于我而言快速的做出demo页面用以示范,是让新人快速上手的最佳方案.即使这段时间工作较忙,写这样大段文字的时间确实不好找,但我依然必须勤做记录,否则灵感如昙花一现转瞬即逝,如何带领新人,推动项目?故而我只能知无不言,把我所关注过的大小重点都记录下来. 那么接下来我先讲讲用angularjs如何